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万見
- EMDB-44416: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44416
タイトルBinned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
マップデータBinned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
試料
  • 細胞: Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailandensis
キーワードstationary phase / CELL CYCLE (細胞周期)
生物種Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Khanna K / Welch MD
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM127108 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM139166 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM139168 米国
引用ジャーナル: MicroPubl Biol / 年: 2024
タイトル: Cryo-electron tomography of stationary phase .
著者: Kanika Khanna / Matthew D Welch /
要旨: species belonging to the pseudomallei group include significant human and animal pathogens as well as the non-pathogenic species . These bacteria co-opt the host cell machinery for their ... species belonging to the pseudomallei group include significant human and animal pathogens as well as the non-pathogenic species . These bacteria co-opt the host cell machinery for their replication and spread between host cells. Thus, it is of interest to understand the structural features of these cells that contribute to host cell colonization and virulence. This study provides high-resolution cryo-electron tomograms of stationary phase . It reveals the presence of compact nucleoids and storage granules, as well as examples of the type III secretion system and chemoreceptor arrays. The data can be used to investigate the near-atomic structure of stationary-phase bacterial macromolecules, such as ribosomes.
履歴
登録2024年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月1日-
マップ公開2024年5月1日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_44416.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44416.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 227 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
ボクセルのサイズX=Y=Z: 14.9 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)3.0523577 (±18.726956999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-114
サイズ10241024227
Spacing10241024227
セルA: 15257.6 Å / B: 15257.6 Å / C: 3382.2998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis

ファイルemd_44416_additional_1.map
注釈Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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注釈Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
投影像・断面図
軸ZYX

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投影像・断面図
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注釈Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
投影像・断面図
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注釈Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
投影像・断面図
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投影像・断面図
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投影像・断面図
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投影像・断面図
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投影像・断面図
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注釈Binned tomogram of stationary phase Burkholderia thailandensis
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投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailan...

全体名称: Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailandensis
要素
  • 細胞: Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailandensis

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超分子 #1: Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailan...

超分子名称: Cryo-electron tomography of stationary phase Burkholderia thailandensis
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Burkholderia thailandensis E264 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.1 / 集束イオンビーム - 時間: 1800 / 集束イオンビーム - 温度: 93 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 2000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Aquilos 2. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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