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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42003 | |||||||||
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タイトル | KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex State B Body 2: RELION Multi-body Refinement of KCTD5(BTB)/Cullin3(NTD) | |||||||||
マップデータ | KCTD5:Cullin3:GBetaGamma StateB Relion Multibody of Bottom: Full Map | |||||||||
試料 |
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キーワード | cullin family protein / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process / CYTOSOLIC PROTEIN (細胞質基質) | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen DM / Narayanan N / Kuntz DA / Prive GG | |||||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Structure and dynamics of a pentameric KCTD5/CUL3/Gβγ E3 ubiquitin ligase complex. 著者: Duc Minh Nguyen / Deanna H Rath / Dominic Devost / Darlaine Pétrin / Robert Rizk / Alan X Ji / Naveen Narayanan / Darren Yong / Andrew Zhai / Douglas A Kuntz / Maha U Q Mian / Neil C Pomroy ...著者: Duc Minh Nguyen / Deanna H Rath / Dominic Devost / Darlaine Pétrin / Robert Rizk / Alan X Ji / Naveen Narayanan / Darren Yong / Andrew Zhai / Douglas A Kuntz / Maha U Q Mian / Neil C Pomroy / Alexander F A Keszei / Samir Benlekbir / Mohammad T Mazhab-Jafari / John L Rubinstein / Terence E Hébert / Gilbert G Privé / 要旨: Heterotrimeric G proteins can be regulated by posttranslational modifications, including ubiquitylation. KCTD5, a pentameric substrate receptor protein consisting of an N-terminal BTB domain and a C- ...Heterotrimeric G proteins can be regulated by posttranslational modifications, including ubiquitylation. KCTD5, a pentameric substrate receptor protein consisting of an N-terminal BTB domain and a C-terminal domain, engages CUL3 to form the central scaffold of a cullin-RING E3 ligase complex (CRL3) that ubiquitylates Gβγ and reduces Gβγ protein levels in cells. The cryo-EM structure of a 5:5:5 KCTD5/CUL3/Gβγ assembly reveals a highly dynamic complex with rotations of over 60° between the KCTD5/CUL3 and KCTD5/Gβγ moieties of the structure. CRL3 engages the E3 ligase ARIH1 to ubiquitylate Gβγ in an E3-E3 superassembly, and extension of the structure to include full-length CUL3 with RBX1 and an ARIH1~ubiquitin conjugate reveals that some conformational states position the ARIH1~ubiquitin thioester bond to within 10 Å of lysine-23 of Gβ and likely represent priming complexes. Most previously described CRL/substrate structures have consisted of monovalent complexes and have involved flexible peptide substrates. The structure of the KCTD5/CUL3/Gβγ complex shows that the oligomerization of a substrate receptor can generate a polyvalent E3 ligase complex and that the internal dynamics of the substrate receptor can position a structured target for ubiquitylation in a CRL3 complex. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023 タイトル: Structure and dynamics of a pentameric KCTD5/Cullin3/G beta gamma E3 ubiquitin ligase complex 著者: Nguyen DM / Rath DH / Devost D / Petrin D / Rizk R / Ji AX / Narayanan N / Yong D / Zhai A / Kuntz DA / Mian MUQ / Pomroy NC / Keszei AFE / Benlekbir S / Mazhab-Jafari MT / Rubinstein JL / Hebert TE / Prive GG | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42003.map.gz | 86.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42003-v30.xml emd-42003.xml | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42003_fsc.xml | 11.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42003.png | 69.5 KB | ||
マスクデータ | emd_42003_msk_1.map | 129.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-42003.cif.gz | 4.7 KB | ||
その他 | emd_42003_half_map_1.map.gz emd_42003_half_map_2.map.gz | 87.3 MB 87.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42003 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42003 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 129.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | KCTD5:Cullin3:GBetaGamma StateB Relion Multibody of Bottom: Full Map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_42003_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: KCTD5:Cullin3:GBetaGamma StateB Relion Multibody of Bottom: Half Map...
ファイル | emd_42003_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | KCTD5:Cullin3:GBetaGamma StateB Relion Multibody of Bottom: Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: KCTD5:Cullin3:GBetaGamma StateB Relion Multibody of Bottom: Half map...
ファイル | emd_42003_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | KCTD5:Cullin3:GBetaGamma StateB Relion Multibody of Bottom: Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of substrate adaptor KCTD5 with Cullin-3 and substrate Gb...
全体 | 名称: Complex of substrate adaptor KCTD5 with Cullin-3 and substrate Gbeta-gamma |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of substrate adaptor KCTD5 with Cullin-3 and substrate Gb...
超分子 | 名称: Complex of substrate adaptor KCTD5 with Cullin-3 and substrate Gbeta-gamma タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.25 µm / 倍率(公称値): 75000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 7464 / 平均電子線量: 49.35 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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