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万見
- EMDB-39724: A homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus (UL... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39724
タイトルA homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus (UL78) revealed by cryo-EM
マップデータ
試料
  • 複合体: A homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus revealed by cryo-EM
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein UL78
キーワードhuman cytomegalovirus (HCMV) / UL78 / homotrimeric architecture / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 生体膜 / Uncharacterized protein UL78
機能・相同性情報
生物種Human cytomegalovirus(strain Merlin) (HHV-5) (ウイルス) / Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Chen Y / Li Y / Zhou Q / Cong Z / Lin S / Yan J / Chen X / Yang D / Ying T / Wang M-W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82073904 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2024
タイトル: A homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus revealed by cryo-EM.
著者: Yanyan Chen / Yang Li / Qingtong Zhou / Zhaotong Cong / Shi Lin / Jiahui Yan / Xianyue Chen / Dehua Yang / Tianlei Ying / Ming-Wei Wang /
履歴
登録2024年4月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39724.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39724.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å		1.07 Å/pix.
x 256 pix.
= 274.176 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.071 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.26
最小 - 最大-1.4093099 - 2.0259163
平均 (標準偏差)-0.0003830122 (±0.04126706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 274.176 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_39724_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_39724_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : A homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus rev...

全体名称: A homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus revealed by cryo-EM
要素
  • 複合体: A homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus revealed by cryo-EM
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein UL78

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超分子 #1: A homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus rev...

超分子名称: A homotrimeric GPCR architecture of the human cytomegalovirus revealed by cryo-EM
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus(strain Merlin) (HHV-5) (ウイルス)

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分子 #1: Uncharacterized protein UL78

分子名称: Uncharacterized protein UL78 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human cytomegalovirus (strain AD169) (ヘルペスウイルス)
分子量理論値: 31.873582 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: SADRAASDLL IGMFGSVSLV NLLTIIGCLW VLRVTRPPVS VMIFTWNLVL SQFFSILATM LSKGIMLRGA LNLSLCRLVL FVDDVGLYS TALFFLFLIL DRLSAISYGR DLWHHETREN AGVALYAVAF AWVLSIVAAV PTAATGSLDY RWLGCQIPIQ Y AAVDLTIK ...文字列:
SADRAASDLL IGMFGSVSLV NLLTIIGCLW VLRVTRPPVS VMIFTWNLVL SQFFSILATM LSKGIMLRGA LNLSLCRLVL FVDDVGLYS TALFFLFLIL DRLSAISYGR DLWHHETREN AGVALYAVAF AWVLSIVAAV PTAATGSLDY RWLGCQIPIQ Y AAVDLTIK MWFLLGAPMI AVLANVVELA YSDRRDHVWS YVGRVCTFYV TCLMLFVPYY CFRVLRGVLQ PASAAGTGFG IM DYVELAT RTLLTMRLGI LPLFIIAFFS REPTKDLDDS FDYLVERC

UniProtKB: Uncharacterized protein UL78

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 85264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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