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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34546 | |||||||||||||||
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タイトル | State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4) | |||||||||||||||
マップデータ | State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4) | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Monoclonal antibodies (モノクローナル抗体) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / IMMUNE SYSTEM (免疫系) | |||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.54 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Rencilin CF / Ansari MY / Chatterjee A / Deshpande S / Mukherjee S / Singh R / Jayatheertha S / Reddy PM / Das P / Hingankar N ...Rencilin CF / Ansari MY / Chatterjee A / Deshpande S / Mukherjee S / Singh R / Jayatheertha S / Reddy PM / Das P / Hingankar N / Rathore D / Varadarajan R / Bhattacharya J / Dutta S | |||||||||||||||
資金援助 | インド, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4): State - I 著者: Rencilin CF / Ansari MY / Chatterjee A / Deshpande S / Mukherjee S / Singh R / Jayatheertha S / Reddy PM / Das P / Hingankar N / Rathore D / Varadarajan R / Bhattacharya J / Dutta S | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34546.map.gz | 132.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34546-v30.xml emd-34546.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34546_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34546.png | 56.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34546.cif.gz | 4.2 KB | ||
その他 | emd_34546_half_map_1.map.gz emd_34546_half_map_2.map.gz | 114.1 MB 114.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34546 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34546 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 144.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4): Half-map1
ファイル | emd_34546_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4): Half-map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4): Half-map2
ファイル | emd_34546_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | State - I: Spike 2-up RBD with THSC20.HVTR04 (Fab4): Half-map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR04 (Fab4) [...
全体 | 名称: Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR04 (Fab4) [State I - 2-up RBD] |
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要素 |
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-超分子 #1: Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR04 (Fab4) [...
超分子 | 名称: Wuhan SARS-CoV-2 Spike trimer complex with THSC20.HVTR04 (Fab4) [State I - 2-up RBD] タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-超分子 #2: THSC20.HVTR04 (Fab4)
超分子 | 名称: THSC20.HVTR04 (Fab4) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Wuhan SARS-CoV-2 Spike Protein
超分子 | 名称: Wuhan SARS-CoV-2 Spike Protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) 株: Wuhan |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.75 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |