+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3020 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The Molecular Basis for Flexibility in the Flexible Filamentous Plant Viruses | |||||||||
マップデータ | reconstruction of BaMV | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | helical polymer / cumulative disorder / plant viruses | |||||||||
機能・相同性 | Potex/carlavirus coat protein / カプシド / カプシド / structural molecule activity / Coat protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bamboo mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å | |||||||||
データ登録者 | DiMaio F / Chen CC / Yu X / Frenz B / Hsu YH / Lin NS / Egelman EH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015 タイトル: The molecular basis for flexibility in the flexible filamentous plant viruses. 著者: Frank DiMaio / Chun-Chieh Chen / Xiong Yu / Brandon Frenz / Yau-Heiu Hsu / Na-Sheng Lin / Edward H Egelman / 要旨: Flexible filamentous plant viruses cause more than half the viral crop damage in the world but are also potentially useful for biotechnology. Structural studies began more than 75 years ago but have ...Flexible filamentous plant viruses cause more than half the viral crop damage in the world but are also potentially useful for biotechnology. Structural studies began more than 75 years ago but have failed, owing to the virion's extreme flexibility. We have used cryo-EM to generate an atomic model for bamboo mosaic virus, which reveals flexible N- and C-terminal extensions that allow deformation while still maintaining structural integrity. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3020.map.gz | 11.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-3020-v30.xml emd-3020.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3020-deposit.jpg | 81.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3020 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3020 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3020.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | reconstruction of BaMV | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bamboo mosaic virus
全体 | 名称: Bamboo mosaic virus (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Bamboo mosaic virus
超分子 | 名称: Bamboo mosaic virus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
---|
-超分子 #1: Bamboo mosaic virus
超分子 | 名称: Bamboo mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 35286 / 生物種: Bamboo mosaic virus / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Chenopodium quinoa (キヌア) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
---|
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2014年11月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 1474 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each image |
---|---|
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.0 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 40.9 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider |
詳細 | IHRSR |