[日本語] English
万見
- EMDB-11007: Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11007
タイトルStructure of replicating SARS-CoV-2 polymerase
マップデータMain composite map used in refinement.
試料
  • 複合体: RNA-dependent RNA polymerase complex consisting of nsp12, nsp8, nsp7 and duplex RNA.
    • 複合体: nsp12
      • タンパク質・ペプチド: nsp12
    • 複合体: duplex RNA
      • RNA: RNA product
    • 複合体: nsp8, nsp7
      • タンパク質・ペプチド: nsp8
      • タンパク質・ペプチド: nsp7
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity, producing 3'-phosphomonoesters / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3C様プロテアーゼ / host cell endosome / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / : / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / ヘリカーゼ / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / copper ion binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. ...RNA-dependent RNA polymerase, SARS-CoV-like / Nonstructural protein 14, betacoronavirus / NSP15, NendoU domain, coronavirus / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / : / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Lipocalin signature. / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Sarbecovirus Nsp3c-N domain profile. / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus SUD-C domain / Betacoronavirus replicase NSP3, N-terminal / NSP1 globular domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 2, SARS-CoV-like / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Coronavirus 3Ecto domain profile. / : / Betacoronavirus Nsp3e group 2-specific marker (G2M) domain profile. / NSP1, C-terminal domain, betacoronavirus / Betacoronavirus Nsp3c-M domain profile. / NSP1, globular domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus replicase NSP1 / Betacoronavirus single-stranded poly(A) binding domain / Betacoronavirus (BetaCoV) Nsp1 C-terminal domain profile. / Betacoronavirus Nsp3c-C domain profile. / Betacoronavirus Nsp3e nucleic acid-binding (NAB) domain profile. / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein 6, betacoronavirus / Betacoronavirus nucleic acid-binding (NAB) / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / : / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Hillen HS / Kokic G / Farnung L / Dienemann C / Tegunov D / Cramer P
資金援助 ドイツ, 6件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)FOR2848 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1 39072994 ドイツ
European Research Council (ERC)TRANSREGULON ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP2191 ドイツ
Volkswagen Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase.
著者: Hauke S Hillen / Goran Kokic / Lucas Farnung / Christian Dienemann / Dimitry Tegunov / Patrick Cramer /
要旨: The new coronavirus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) uses an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) for the replication of its genome and the transcription of its genes. ...The new coronavirus severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) uses an RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) for the replication of its genome and the transcription of its genes. Here we present a cryo-electron microscopy structure of the SARS-CoV-2 RdRp in an active form that mimics the replicating enzyme. The structure comprises the viral proteins non-structural protein 12 (nsp12), nsp8 and nsp7, and more than two turns of RNA template-product duplex. The active-site cleft of nsp12 binds to the first turn of RNA and mediates RdRp activity with conserved residues. Two copies of nsp8 bind to opposite sides of the cleft and position the second turn of RNA. Long helical extensions in nsp8 protrude along exiting RNA, forming positively charged 'sliding poles'. These sliding poles can account for the known processivity of RdRp that is required for replicating the long genome of coronaviruses. Our results enable a detailed analysis of the inhibitory mechanisms that underlie the antiviral activity of substances such as remdesivir, a drug for the treatment of coronavirus disease 2019 (COVID-19).
履歴
登録2020年5月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月13日-
マップ公開2020年5月13日-
更新2020年8月19日-
現状2020年8月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6yyt
  • 表面レベル: 3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11007.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main composite map used in refinement.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度
表面レベル登録者による: 3 / ムービー #1: 3
最小 - 最大-15.586838 - 28.571186
平均 (標準偏差)0.016349854 (±0.9739434)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 200.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8340.8340.834
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z200.160200.160200.160
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-15.58728.5710.016

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_11007_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
マスク #2

ファイルemd_11007_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Map2 nsp8b focus half map 2.

ファイルemd_11007_additional_1.map
注釈Map2_nsp8b focus half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Map2 nsp8b focus half map 1.

ファイルemd_11007_additional_2.map
注釈Map2_nsp8b focus half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Map2 nsp8b class half map 1.

ファイルemd_11007_additional_3.map
注釈Map2_nsp8b _class half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Map1 core half map 2.

ファイルemd_11007_half_map_1.map
注釈Map1_core half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Map1 core half map 1.

ファイルemd_11007_half_map_2.map
注釈Map1_core half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : RNA-dependent RNA polymerase complex consisting of nsp12, nsp8, n...

全体名称: RNA-dependent RNA polymerase complex consisting of nsp12, nsp8, nsp7 and duplex RNA.
要素
  • 複合体: RNA-dependent RNA polymerase complex consisting of nsp12, nsp8, nsp7 and duplex RNA.
    • 複合体: nsp12
      • タンパク質・ペプチド: nsp12
    • 複合体: duplex RNA
      • RNA: RNA product
    • 複合体: nsp8, nsp7
      • タンパク質・ペプチド: nsp8
      • タンパク質・ペプチド: nsp7
  • リガンド: ZINC ION

-
超分子 #1: RNA-dependent RNA polymerase complex consisting of nsp12, nsp8, n...

超分子名称: RNA-dependent RNA polymerase complex consisting of nsp12, nsp8, nsp7 and duplex RNA.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 186 KDa

-
超分子 #2: nsp12

超分子名称: nsp12 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)

-
超分子 #3: duplex RNA

超分子名称: duplex RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

-
超分子 #4: nsp8, nsp7

超分子名称: nsp8, nsp7 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
分子 #1: nsp12

分子名称: nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 107.053227 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
配列文字列: SNASADAQSF LNRVCGVSAA RLTPCGTGTS TDVVYRAFDI YNDKVAGFAK FLKTNCCRFQ EKDEDDNLID SYFVVKRHTF SNYQHEETI YNLLKDCPAV AKHDFFKFRI DGDMVPHISR QRLTKYTMAD LVYALRHFDE GNCDTLKEIL VTYNCCDDDY F NKKDWYDF ...文字列:
SNASADAQSF LNRVCGVSAA RLTPCGTGTS TDVVYRAFDI YNDKVAGFAK FLKTNCCRFQ EKDEDDNLID SYFVVKRHTF SNYQHEETI YNLLKDCPAV AKHDFFKFRI DGDMVPHISR QRLTKYTMAD LVYALRHFDE GNCDTLKEIL VTYNCCDDDY F NKKDWYDF VENPDILRVY ANLGERVRQA LLKTVQFCDA MRNAGIVGVL TLDNQDLNGN WYDFGDFIQT TPGSGVPVVD SY YSLLMPI LTLTRALTAE SHVDTDLTKP YIKWDLLKYD FTEERLKLFD RYFKYWDQTY HPNCVNCLDD RCILHCANFN VLF STVFPP TSFGPLVRKI FVDGVPFVVS TGYHFRELGV VHNQDVNLHS SRLSFKELLV YAADPAMHAA SGNLLLDKRT TCFS VAALT NNVAFQTVKP GNFNKDFYDF AVSKGFFKEG SSVELKHFFF AQDGNAAISD YDYYRYNLPT MCDIRQLLFV VEVVD KYFD CYDGGCINAN QVIVNNLDKS AGFPFNKWGK ARLYYDSMSY EDQDALFAYT KRNVIPTITQ MNLKYAISAK NRARTV AGV SICSTMTNRQ FHQKLLKSIA ATRGATVVIG TSKFYGGWHN MLKTVYSDVE NPHLMGWDYP KCDRAMPNML RIMASLV LA RKHTTCCSLS HRFYRLANEC AQVLSEMVMC GGSLYVKPGG TSSGDATTAY ANSVFNICQA VTANVNALLS TDGNKIAD K YVRNLQHRLY ECLYRNRDVD TDFVNEFYAY LRKHFSMMIL SDDAVVCFNS TYASQGLVAS IKNFKSVLYY QNNVFMSEA KCWTETDLTK GPHEFCSQHT MLVKQGDDYV YLPYPDPSRI LGAGCFVDDI VKTDGTLMIE RFVSLAIDAY PLTKHPNQEY ADVFHLYLQ YIRKLHDELT GHMLDMYSVM LTNDNTSRYW EPEFYEAMYT PHTVLQ

-
分子 #2: nsp8

分子名称: nsp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 22.175309 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SNAAIASEFS SLPSYAAFAT AQEAYEQAVA NGDSEVVLKK LKKSLNVAKS EFDRDAAMQR KLEKMADQAM TQMYKQARSE DKRAKVTSA MQTMLFTMLR KLDNDALNNI INNARDGCVP LNIIPLTTAA KLMVVIPDYN TYKNTCDGTT FTYASALWEI Q QVVDADSK ...文字列:
SNAAIASEFS SLPSYAAFAT AQEAYEQAVA NGDSEVVLKK LKKSLNVAKS EFDRDAAMQR KLEKMADQAM TQMYKQARSE DKRAKVTSA MQTMLFTMLR KLDNDALNNI INNARDGCVP LNIIPLTTAA KLMVVIPDYN TYKNTCDGTT FTYASALWEI Q QVVDADSK IVQLSEISMD NSPNLAWPLI VTALRANSAV KLQ

-
分子 #3: nsp7

分子名称: nsp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 9.521062 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SNASKMSDVK CTSVVLLSVL QQLRVESSSK LWAQCVQLHN DILLAKDTTE AFEKMVSLLS VLLSMQGAVD INKLCEEMLD NRATLQ

-
分子 #4: RNA product

分子名称: RNA product / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 4
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.687372 KDa
配列文字列:
UUUUCAUGCU ACGCGUAG

-
分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes-NaOH
100.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
1.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
1.0 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.4 kPa / 詳細: 15 mA, Pelco EasyGlow
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8168 / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
詳細: Images were collected at 30 degree stage tilt. Non-superres.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 1300000
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.07 BETA)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6m71

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用した粒子像数: 418000

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6m71


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-930
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6yyt:
Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る