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日本蛋白質結構資料庫（PDBj: Protein Data Bank Japan), 由JST-NBDC和大阪大學提供支持，與美國的RCSB, BMRB和歐洲PDBe共同合作，在對國際性的生物大分子立體結構資料庫的PDB檔案文件進行維護的同時，還提供各種結構解析的應用軟體。