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日本蛋白质结构数据库（PDBj: Protein Data Bank Japan), 由JST-NBDC和大阪大学提供支援，与美国的RCSB, BMRB和欧洲PDBe共同合作，在对国际性的生物大分子立体结构数据库的PDB档案文件进行维护的同时，还提供各种结构解析的应用工具。