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日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan)は、JST-BIRDの支援を受け、米国RCSBおよび欧州EBIと協力して、生体高分子の立体構造データベースを国際的に統一化されたアーカイブとして運営するとともに、様々な解析ツールを提供しております。
修正データについて
wwPDBのデータ修正プロジェクトについて2007年8月1日から、修正された PDB アーカイブが正規アーカイブとして運用を始めました。PDBアーカイブが修正され、2007年8月1日からwwPDB（国際蛋白質構造データバンク）のFTPサイトftp://ftp.wwpdb.org/ および、我々PDBj（日本蛋白質構造データバンク）のFTPサイト ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/ から公開され、正規運用を始めました。 この新たに運用を始めたPDBアーカイブの全てのデータは、wwPDBのデータ修正プロジェクトの一環として、IUPAC（国際純正・応用化学連合）命名法に従う化合物の記述の標準化等を含む、新しい特徴をもっています。詳細については、このページの「wwPDBのデータ修正プロジェクト (Remediation Project) について」をご覧下さい。 また、このPDBjのデータ閲覧システム (xPSSS) で閲覧される全てのデータは、この修正されたPDBアーカイブデータ（version 3.1）に基づいています。 この修正されたPDBデータを扱うことが可能な種々のソフトウェアツールは、http://remediation.wwpdb.org/software.htmlから入手できます。PDBjが開発しておりますグラフィックス・ビューアjV3.5 (http://www.pdbj.org/PDBjViewer/index_j.html) も、この修正されたPDBデータ(version 3.1)を直接読み、分子構造を表示することができますし、従来の書式のPDBデータ（version 2.3)も同時に扱えます。 原子名称を修正PDBデータ書式（version 3.1）から従来のPDBデータ書式（version 2.3）へ変換するツールは、http://util.wwpdb.org/から提供されています。 従来の書式のPDBデータ（version 2.3)は、2007年7月31日付けのものを最後に、アプデートは行われませんが、引き続きしばらくの間、ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/ にてダウンロード可能です。また、このウェブページから、各PDBIDを指定して各種の書式のファイルをダウンロードすることもできます。従来の書式のPDBデータ (Version 2.3 : 2007年7月31日以降は、アプデートされません。）のダウンロードについてftpサイト: ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/
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