ニュース (2009年11月24日):
2009年11月25日（水）から、PDBjのデータ検索システムxPSSSは、PDBj Mineに統合されます。

2009年10月14日より、PDBjで開発してまいりましたデータ検索システムを、従来のNative XML-DBを利用する方法（xPSSS）から、 RDB (PostgreSQL)を利用する方式に変更し、PDBj Mineという名称で運営を始めております。

2009年11月25日午前9時以降は、これまでのデータ検索ビューア「xPSSS」に対するアクセスは、自動的にPDBj Mineへのアクセスに切り替わります。ただし、PDBj MineはRDBですので、XQueryと XPathを用いた検索は実施できません。そのため、xPSSSは今後とも稼働を続け、XQueryとXPath による検索は、従来通りxPSSSサーバxPSSS、http://service.pdbj.org/xPSSS/にて行われるようにしております。

ニュース (2009年10月22日):
2009年10月22日（木）から、PDBjでは、主要なページおよびデータ登録に関するページについて、繁体中国語のページを公開しました。

ニュース (2009年10月9日):
2009年10月14日（水）から、wwPDBでは、毎週のデータアプデートを、原則として、日本時間の毎水曜日午前9時（UTC0時）に行います。
このデータ更新は、米国のRCSB-PDB、欧州のPDBe、PDBjにおいて、同時刻に行われます。

ニュース (2009年10月9日):
2009年10月14日（水）から、PDBjにおけるデータ検索システムとして新たに開発した「PDBj Mine」の稼動を始めます。
PDBj Mineは、relational DBを用いているため、XPath/XQueryの利用はできなくなります。また、これまでの検索システム「xPSSS」も、しばらくの間はご利用できます。

ニュース (2009年9月25日):
wwPDBのFTPサイトについての変更がありましたので、wwPDBのページに、"The advisory notice"として掲載されております。 （2009年9月25日）

ニュース (2009年5月27日):
PDB登録の主要ページに日本語版を追加しました。

ニュース (2009年3月18日):
PDBアーカイブ バージョン3.15が公開されました

新しく標準化と拡張がされたバージョンのPDBアーカイブがftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://ftp.wwpdb.org/で公開されました。

2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15準拠で、それ以降に公開されたファイルはバージョン3.2準拠で公開されます。

本アーカイブ公開前のタイムスタンプ スナップショットは、ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://snapshots.rcsb.org/の20090316ディレクトリからから入手できます。

wwPDBのFTPのローカルコピーを作成しているユーザーは、アーカイブ全体をダウンロードする必要があります。手順は PDBjウェブサイトの “PDB Archive/Snapshot Archive” または、http://www.wwpdb.org/downloads.htmlをご覧ください。また、PDBjのFTPサイトからローカルコピーを作成しているユーザーは、2009-01-23のニュースも併せてご覧ください。

これらのデータは、世界中のユーザーにデータを正確かつ詳細に提供する上での、 wwPDBの継続的コミットメントを反映しています。 本リリースには、ポリマーやそれに結合するリガンドの化学, 生物学的会合状態, リガンドや金属イオンの結合サイトに関する改善や拡張が含まれています。概要はwwPDBのウェブサイトで提供されています。

ご質問は、PDBjの 「お問い合わせ」またはinfo@wwpdb.orgにお寄せください。

ニュース (2009年2月13日):
PDBアーカイブバージョン3.15が、2009年3月18日に公開されます

wwPDBは、2009年3月18日 (日本時間) の更新で、新たに標準化し拡張されたバージョンのPDBアーカイブをftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://ftp.wwpdb.org/で公開します。

2008年12月2日以前に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.15に準拠します。それ以降に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.20に準拠します。フォーマットに関する文書はhttp://www.wwpdb.org/docs.htmlをご覧ください。

本リリース前のタイムスタンプスナップショットは、ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://snapshot.wwpdb.org/から入手可能となる予定です。

wwPDBのFTPのローカルコピーを作成しているユーザーは、アーカイブ全体をダウンロードする必要があります。手順は PDBjウェブサイトの “PDB Archive/Snapshot Archive” または、http://www.wwpdb.org/downloads.htmlをご覧ください。また、PDBjのFTPサイトからローカルコピーを作成しているユーザーは、2009-01-23のニュースも併せてご覧ください。

これらのデータは、世界中のユーザーにデータを正確かつ詳細に提供する上で、 wwPDBの継続的コミットメントを反映しています。

ご質問は、PDBjの 「お問い合わせ」またはinfo@wwpdb.orgにお寄せください。

ニュース (2009年1月23日):
FTPサイトのディレクトリ構造を変更します

「ダウンロード」のページでもお知らせしておりますとおり、remediation project適用前の20070731スナップショットは当面の間上記URLで入手可能としておりました。同スナップショットは、現在ではPDBjスナップショットサイトから入手可能であることから、同スナップショットを削除した上で、以下のとおりディレクトリ構造を変更致します。

変更前

現在のPDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/

2009-01-27以降

現在のPDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/20070731/

なお、バージョン3.15アーカイブの公開後は以下のように変更されます。

バージョン3.15 PDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/20070731/

現在のftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/は、変更後のftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/へのシンボリックリンクとして、当面の間維持されます。PDBjのPDBアーカイブを利用したサービス/ソフトウェア等を提供されている方におかれましては、お手数をおかけ致しますが、何卒ご理解の上、対応戴きますようお願い致します。

バージョン3.15アーカイブの公開時期については、後日お知らせ致します。

ニュース (2008年12月8日):
PDBアーカイブバージョン3.15が公開されます

PDBアーカイブの新しく標準化されたバージョンが、2009年初頭にftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://ftp.wwpdb.org/で公開されます。2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15として再リリースされます。このリリースによって、全ての既存ファイルは上書きされる予定です。このリリース前のスナップショットは、新バージョンの公開後にftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://snapshots.rcsb.org/から入手できます。

文書に関してはhttp://www.wwpdb.org/docs.htmlをご覧下さい。

ご質問は、info@wwpdb.orgにお寄せ下さい。

ニュース (2008年11月25日):
PDBフォーマットガイド バージョン3.2に準拠したファイルがファイルがリリースされます

2008-12-02 (日本時間2008-12-03) 以降、新規公開/更新される全てのPDBエントリーは、PDBフォーマットガイド バージョン3.2 (PDF | HTML) に準拠したものとなります。本フォーマットには、部位や会合に関する注釈が含まれ、に2007年に導入されたChemical Component Dictionaryに基づく命名法が使用されています。

バージョン3.2変更点ガイド (PDF)には、3.1からの変更の要点がまとめられています。

本件に関するご質問は、info@wwpdb.orgにお問い合わせ下さい。

ニュース (2008年9月16日):
PDBフォーマットガイド バージョン3.2が公開されました

wwPDBの編集者は、データの処理および編集に関係する詳細や手順を明確にするために協力してきました。その成果が、PDBファイルのフォーマットをより完全に説明するPDBフォーマットガイド バージョン3.2です。本文書はPDF形式およびHTML形式で提供されています。また、本文書には、変更の要点をまとめた 付随文書が添えられています。

今後数か月のうちに、wwPDBによってリリースされたすべてのファイルが、本文書に基づくフォーマットに移行します。詳細は、本ウェブサイトおよびwww.wwpdb.orgでご案内致します。

ニュース (2008年7月7日):
2008年6月11日に、第8回日本蛋白質科学会年会にて、ランチョンセミナー「PDBj: Protein Data Bank Japan」を開催いたしました。セミナー資料は、過去の講習会のページをご覧ください。

ニュース (2008年4月2日):
David S. Goodsell博士が、RCSB-PDBのWeb pageに毎月掲載しております「今月の分子（Molecule of the Month: MOM）」の記事を、PDBj のスタッフが日本語に翻訳し、PDBj のページから公開することになりました。

ニュース (2008年3月4日):
2008年3月3日に、PDBj講習会を大阪大学中之島センターで開催いたしました。 詳細については、過去の講習会のページをご覧ください。

ニュース (2007年12月20日):
rsyncによるPDBアーカイブのダウンロードサービスを始めました。

remediated fileについて、rsyncによるPDBアーカイブの配布を開始します。rsyncは、差分符号化を使ってデータ転送量を最小化し、遠隔地間のファイルやディレクトリの同期を行うアプリケーションソフトウェアです。PDBアーカイブの取得については、PDBアーカイブについてのページをご覧ください。

ニュース (2007年12月12日):
2008年2月1日より、PDBへの登録の際に構造因子データ (結晶構造解析の場合) または制限情報データ (NMR構造解析の場合) が必須となります。

これらのデータはWorldwide Protein Data Bank (www.wwpdb.org)のメンバーサイト: PDBj (www.pdbj.org), RCSB PDB (www.pdb.org), MSD-EBI (www.ebi.ac.uk/msd), BMRB (www.bmrb.wisc.edu) で登録する必要があります。

データは、処理されて承認されると直ちに公開することができます。座標データと実験データの公開は、関連論文が出版されるまで公開を保留する場合 (HPUB) を含めて、1年を限度に保留することができます。

このポリシーは、「国際結晶学連合 生体高分子に関する委員会」や「NMRタスクフォース」を含むPDBユーザコミュニティからのコメントや勧告に基づいて制定され、wwPDB諮問会議で承認されたものです。

ニュース (2007年11月1日):
NMR構造解析データの新規登録は、ADIT-NMRから行ってください。ADITによるNMR構造解析データの新規登録は終了しました。

ニュース (2007年8月1日):
PDBアーカイブデータの修正が完了し、2007年8月1日からftp://ftp.wwpdb.org/および、PDBj ftp ミラーサイトftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/から、ご利用いただけます。

ニュース (2007年5月21日):
PDBjでは、EM Navigatorという電子顕微鏡構造検索サービスを開始いたしました。
また、XQuery生成を支援するXQueryアドバイサ（XQuad)を開発、公開しました。(xPSSSのページから利用できます。)

ニュース (2007年4月25日):
wwPDB (www.wwpdb.org)は、協力してPDBアーカイブデータの修正をするプロジェクトを行ってきましたが、このほど新たなデータセットを作成しテスト公開をすることになりました。

ニュース (2006年10月18日):
native XML-DBを用いて運用をしておりますxPSSS (xml-based Protein Structure Search Service)では、従来のXPathに加えて、XQueryによる検索サービスを開始いたしました。

ニュース (2006年10月14日):
PDBjでは、Gridの最新技術であるOpal-OPを利用し、Structure Navigator-RT 新version のWebサービス運用を開始いたしました。

ニュース (2006年8月11日):
Theoretical modelの編集方針および受付ポリシーが2006年8月15日より変更されます。詳細はこちらをご覧下さい。

ニュース (2006年4月21日):
4月21日(金) PDBjのトップページをリニューアルいたしました。

ニュース (2006年2月27日):
3D-insight, GDB, KEGG へのリンクをPDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果のリンクページに追加いたしました。

ニュース (2005年12月28日):
RCSB-PDB mirror site in Osaka University, Japan は2005年12月28日に終了致します。今後はPDBjのサイトをお使いください。

ニュース (2005年6月21日):
第２０回国際結晶学会 － 2005年8月23日-31日(イタリア、フローレンス）－
期間中、28・29ブースにてwwPDBメンバーと展示を行います。デモンストレーションとメンバーとのディスカッションを予定しておりますのでお立ち寄りください。

ニュース (2004年12月10日):
PDBjでは、Structure Navigatorという類似構造検索システムと、GASHと称する立体構造アラインメントのサービスを開始いたしました。

ニュース (2004年11月16日):
PDBj viewerの最新版であるjV3を公開いたしました。jV3は、windows 2000/XP, マッキントッシュOS-XおよびLinux環境で、appletやstand aloneでの利用が可能です。

ニュース (2004年11月12日):
PDBjでは、構造因子が同時に登録されている生体高分子に対し、xPSSSのSummary pageあるいはExperimental Details pageを通して、その電子密度マップを表示するサービスを開始いたしました。

ニュース (2004年9月1日) :
アミノ酸配列からホモログ蛋白質を探索するSequence Navigatorのサービスを開始いたしました。

ニュース (2004年7月30日) :
PDBデータ検索サービス(xPSSS)で、過去に登録されたTheoretical modelsの検索とダウンロードができるように改良いたしました。

ニュース (2004年6月23日) :
PDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果にあるFunctional Details Pageで、正しい鎖の名前が示されるように改良いたしました。

ニュース (2004年4月13日) :
Functional Details PageをPDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果に追加いたしました。