ニュース (2010年8月19日):
PDF形式の構造検証レポートについて

wwwPDBメンバーは、構造データの編集処理の一環として、分子構造データや実験的データの検証結果を含む詳細なレポートを、登録者に提供します。 これらの文書は、どのwwPDB編集拠点からでもPDFファイルとして利用できますので、登録者による再検討や登録者間の情報共有が、これまで以上に容易になります。

PDB検証レポートによって、登録された構造の質の評価が得られる一方で、座標ファイルの秘匿性は確保されますので、 論文雑誌の編集者や査読者は、論文投稿や査読の一環として、登録者に対してレポートを要求して頂くよう、お願い致します。 レポートには日付やwwPDBの編集処理拠点のロゴが記載され、PDB編集拠点に関係なく、本質的に同一の情報が収録されています。 （レポートの例：RCSB PDB | PDBe | PDBj). 検証レポートは、X線, NMR, 電子顕微鏡, 小角散乱に関するValidation Task Forceからの提案を受けて、 また、wwPDBが登録及び編集手順をさらに開発するに伴って、継続的に発展・改善されます。

PDBによる検証レポートは、国際結晶学連合 (IUCr) の論文に投稿する際の投稿規定で既に要求されており、 最近出版された記事（Nature Structural & Molecular Biology）でも説明されています。

御質問等は、PDBjの「お問い合わせ」または info@wwpdb.orgにお寄せ下さい。

ニュース (2010年7月13日):
PDBj が開発しておりますフリーの分子グラフィックス・ビューア: jVの最新版（jV3.8)がリリースされました。displayatom on/off のコマンド機能が追加され、多様な表示が容易にできるようになっております。どうぞ、こちらからダウンロードしてお使いください。

ニュース (2010年7月1日):
2010年8月9日(月)、10日(火）に、「ライフサイエンス・データベース講習会 in 名大」を名古屋大学情報文化学部棟にて開催いたしました。セミナー資料は、過去の講習会のページをご覧ください。

ニュース (2010年6月30日):
NMR距離制限情報ファイル バージョン2 が公開されました。

ニュース (2010年5月19日):
jVの最新版(jV3.7.1)が公開されました。

ニュース (2010年5月7日):
PDBj WebサーバおよびPDBj FTPサーバ（PDBMLplusを含む各種PDBデータファイルのファイルサーバ）を変更しました（PDBj FTPサーバの新IPアドレスは 133.1.158.142 です。Webサーバ、FTPサーバとも通常のホスト名でのアクセスについては特に変更の必要はありません）。

ニュース (2010年5月6日):
登録者に送付する構造検証レポートをPDF形式で提供します

構造データ編集の一環として、wwPDBメンバーは登録者に対して、分子構造や実験データの確認結果を含む詳細な検証レポートを提供しています。2010年5月17日より、これらの文書はwwPDB編集拠点からPDF形式で提供され、登録者による再検討や登録者間の情報共有が、これまで以上に容易になります。

PDBによる検証レポートでは登録構造の質に関する検証を提供する一方、座標ファイルの秘匿性は確保されます。したがって、論文雑誌の編集者や査読者には論文投稿や査読の一環として、登録者に対してレポートを要求することをお勧めします。PDBによる検証レポートは、国際結晶学連合 (IUCr) の論文に投稿する際の投稿規定で既に要求されています (Baker et al. (2010) Acta Cryst. F66: 112参照)。レポートには日付とwwPDB編集拠点のロゴが表示されており、PDB編集拠点に関係なく、本質的に同一の情報が収録されています。検証レポートは、X線, NMR, 電子顕微鏡, 小角散乱に関するValidation Task Forceからの勧告を受けて、また、我々の更なる登録編集手順の開発に伴って継続的に開発・拡張されます。

御質問等は、PDBjの「お問い合わせ」または info@wwpdb.orgにお寄せ下さい。

ニュース (2010年5月6日):
NMR距離制限情報ファイル バージョン2が、2010年6月30日から提供されます

2010年6月30日 (水) より、wwPDB FTPアーカイブ (ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/, ftp://ftp.wwpdb.org/, ftp://ftp.ebi.ac.uk/) に新しいNMR距離制限情報ファイルが追加されます。NMR距離制限情報ファイル バージョン2はNMR-STAR 3.1フォーマットで提供され、現在のwwPDBアーカイブに含まれるNMR座標ファイルと同じ原子命名法で表現されています。登録されたデータを含む、これまでのNMR距離制限情報ファイル (バージョン1) も引き続き提供され、NMRエントリの公開に合わせて更新されます。

NMR距離制限情報ファイル バージョン2は、PDBeとthe Centre for Molecular and Biomolecular Informatics/Institute for Molecules and Materials at the Radboud University Nijmegenの協力の下、BMRBによってwwPDB向けに策定されました。

NMR距離制限情報は、これまでのフォーマット (バージョン1) から解析され、ソフトウェアパッケージWattos　(BMRB and CMBI/IMM), FormatConverterとNMRStarExport (PDBe), CCPNフレームワークを用いて座標と一致させます。

この複雑なプロセスは、解析や変換過程によってNMR距離制限情報 バージョン2ファイルにおけるわずかなデータの改変や損失の可能性をもたらすかもしれません。PDB座標ファイルとNMR距離制限情報　バージョン1ファイルは基礎的参照データでありつづけます。

NMR距離制限情報 バージョン2ファイルを生成するプロセスについての詳細は、参考1-3をご覧下さい。

wwPDB FTPサーバーの変更

NMR距離制限情報 バージョン2ファイルの最初の公開に伴い、約5625個 (310 MB) の新規ファイルがwwPDB FTPサイトに追加されます。新規PDBエントリのNMR距離制限情報 バージョン2ファイルは、PDBエントリが公開された後に処理されて入手可能となります。新規PDBエントリのNMR距離制限情報 バージョン1ファイルは、引き続き毎週公開されます。

NMR距離制限情報 バージョン1ファイルは、.mrの拡張子を用いて “1abc.mr.gz” (PDB IDが1abcの場合) と命名されています。NMR距離制限情報 バージョン2ファイルは、“1abc_mr.str.gz” と命名され、NMR-STAR (3.1) データフォーマットであることを明示します。全てのNMR距離制限情報ファイルはGNU gzipプログラムで圧縮されています。

NMR距離制限情報 バージョン2ファイルは、4文字のPDB IDからとった中間の2文字でグループ分けされた新しいディレクトリに収容されます:
ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/data/structures/divided/nmr_restraints_v2/

全てのデータファイルは、単一ディレクトリにシンボリックリンクされます:
ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/data/structures/all/nmr_restraints_v2/

NMR距離制限情報 バージョン1ファイルは、現在のディレクトリ構造のまま変更はありません。

御質問等は、PDBjの「お問い合わせ」または info@wwpdb.orgにお寄せ下さい。

参考

1. JF Doreleijers, A Nederveen, W Vranken, J Lin, AM Bonvin, R Kaptein, JL Markley, and EL Ulrich (2005). BioMagResBank databases DOCR and FRED containing converted and filtered sets of experimental NMR restraints and coordinates from over 500 protein PDB structures. J. Biomol. NMR 32, 1-12.
2. WF Vranken, W Boucher, TJ Stevens, RH Fogh, A Pajon, M Llinas, EL Ulrich, JL Markley, J Ionides, and ED Laue (2005). The CCPN data model for NMR spectroscopy: development of a software pipeline. Proteins 59, 687-696.
3. JF Doreleijers, WF Vranken, C Schulte, J Lin, JR Wedell, CJ Penkett, GW Vuister, G Vriend, JL Markley, and EL Ulrich (2009). The NMR Restraints Grid at BMRB for 5,266 Protein and Nucleic Acid PDB Entries. J Biomol. NMR 45, 389-396.

ニュース (2009年11月24日):
2009年11月25日（水）から、PDBjのデータ検索システムxPSSSは、PDBj Mineに統合されます。

2009年10月14日より、PDBjで開発してまいりましたデータ検索システムを、従来のNative XML-DBを利用する方法（xPSSS）から、 RDB (PostgreSQL)を利用する方式に変更し、PDBj Mineという名称で運営を始めております。

2009年11月25日午前9時以降は、これまでのデータ検索ビューア「xPSSS」に対するアクセスは、自動的にPDBj Mineへのアクセスに切り替わります。ただし、PDBj MineはRDBですので、XQueryと XPathを用いた検索は実施できません。そのため、xPSSSは今後とも稼働を続け、XQueryとXPath による検索は、従来通りxPSSSサーバxPSSS、http://service.pdbj.org/xPSSS/にて行われるようにしております。

ニュース (2009年10月22日):
2009年10月22日（木）から、PDBjでは、主要なページおよびデータ登録に関するページについて、繁体中国語のページを公開しました。

ニュース (2009年10月9日):
2009年10月14日（水）から、wwPDBでは、毎週のデータアプデートを、原則として、日本時間の毎水曜日午前9時（UTC0時）に行います。
このデータ更新は、米国のRCSB-PDB、欧州のPDBe、PDBjにおいて、同時刻に行われます。

ニュース (2009年10月9日):
2009年10月14日（水）から、PDBjにおけるデータ検索システムとして新たに開発した「PDBj Mine」の稼動を始めます。
PDBj Mineは、relational DBを用いているため、XPath/XQueryの利用はできなくなります。また、これまでの検索システム「xPSSS」も、しばらくの間はご利用できます。

ニュース (2009年9月25日):
wwPDBのFTPサイトについての変更がありましたので、wwPDBのページに、"The advisory notice"として掲載されております。 （2009年9月25日）

ニュース (2009年5月27日):
PDB登録の主要ページに日本語版を追加しました。

ニュース (2009年3月18日):
PDBアーカイブ バージョン3.15が公開されました

新しく標準化と拡張がされたバージョンのPDBアーカイブがftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://ftp.wwpdb.org/で公開されました。

2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15準拠で、それ以降に公開されたファイルはバージョン3.2準拠で公開されます。

本アーカイブ公開前のタイムスタンプ スナップショットは、ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://snapshots.rcsb.org/の20090316ディレクトリからから入手できます。

wwPDBのFTPのローカルコピーを作成しているユーザーは、アーカイブ全体をダウンロードする必要があります。手順は PDBjウェブサイトの “PDB Archive/Snapshot Archive” または、http://www.wwpdb.org/downloads.htmlをご覧ください。また、PDBjのFTPサイトからローカルコピーを作成しているユーザーは、2009-01-23のニュースも併せてご覧ください。

これらのデータは、世界中のユーザーにデータを正確かつ詳細に提供する上での、 wwPDBの継続的コミットメントを反映しています。 本リリースには、ポリマーやそれに結合するリガンドの化学, 生物学的会合状態, リガンドや金属イオンの結合サイトに関する改善や拡張が含まれています。概要はwwPDBのウェブサイトで提供されています。

ご質問は、PDBjの 「お問い合わせ」またはinfo@wwpdb.orgにお寄せください。

ニュース (2009年2月13日):
PDBアーカイブバージョン3.15が、2009年3月18日に公開されます

wwPDBは、2009年3月18日 (日本時間) の更新で、新たに標準化し拡張されたバージョンのPDBアーカイブをftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://ftp.wwpdb.org/で公開します。

2008年12月2日以前に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.15に準拠します。それ以降に公開されたファイルは、PDBフォーマット バージョン3.20に準拠します。フォーマットに関する文書はhttp://www.wwpdb.org/docs.htmlをご覧ください。

本リリース前のタイムスタンプスナップショットは、ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://snapshot.wwpdb.org/から入手可能となる予定です。

wwPDBのFTPのローカルコピーを作成しているユーザーは、アーカイブ全体をダウンロードする必要があります。手順は PDBjウェブサイトの “PDB Archive/Snapshot Archive” または、http://www.wwpdb.org/downloads.htmlをご覧ください。また、PDBjのFTPサイトからローカルコピーを作成しているユーザーは、2009-01-23のニュースも併せてご覧ください。

これらのデータは、世界中のユーザーにデータを正確かつ詳細に提供する上で、 wwPDBの継続的コミットメントを反映しています。

ご質問は、PDBjの 「お問い合わせ」またはinfo@wwpdb.orgにお寄せください。

ニュース (2009年1月23日):
FTPサイトのディレクトリ構造を変更します

「ダウンロード」のページでもお知らせしておりますとおり、remediation project適用前の20070731スナップショットは当面の間上記URLで入手可能としておりました。同スナップショットは、現在ではPDBjスナップショットサイトから入手可能であることから、同スナップショットを削除した上で、以下のとおりディレクトリ構造を変更致します。

変更前

現在のPDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/

2009-01-27以降

現在のPDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/20070731/

なお、バージョン3.15アーカイブの公開後は以下のように変更されます。

バージョン3.15 PDBアーカイブ

ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/

remediation project適用前の20070731スナップショット

ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/20070731/

現在のftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/は、変更後のftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/へのシンボリックリンクとして、当面の間維持されます。PDBjのPDBアーカイブを利用したサービス/ソフトウェア等を提供されている方におかれましては、お手数をおかけ致しますが、何卒ご理解の上、対応戴きますようお願い致します。

バージョン3.15アーカイブの公開時期については、後日お知らせ致します。

ニュース (2008年12月8日):
PDBアーカイブバージョン3.15が公開されます

PDBアーカイブの新しく標準化されたバージョンが、2009年初頭にftp://ftp.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://ftp.wwpdb.org/で公開されます。2008年12月2日以前に公開されたファイルはPDBフォーマット バージョン3.15として再リリースされます。このリリースによって、全ての既存ファイルは上書きされる予定です。このリリース前のスナップショットは、新バージョンの公開後にftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/およびftp://snapshots.rcsb.org/から入手できます。

文書に関してはhttp://www.wwpdb.org/docs.htmlをご覧下さい。

ご質問は、info@wwpdb.orgにお寄せ下さい。

ニュース (2008年11月25日):
PDBフォーマットガイド バージョン3.2に準拠したファイルがファイルがリリースされます

2008-12-02 (日本時間2008-12-03) 以降、新規公開/更新される全てのPDBエントリーは、PDBフォーマットガイド バージョン3.2 (PDF | HTML) に準拠したものとなります。本フォーマットには、部位や会合に関する注釈が含まれ、に2007年に導入されたChemical Component Dictionaryに基づく命名法が使用されています。

バージョン3.2変更点ガイド (PDF)には、3.1からの変更の要点がまとめられています。

本件に関するご質問は、info@wwpdb.orgにお問い合わせ下さい。

ニュース (2008年9月16日):
PDBフォーマットガイド バージョン3.2が公開されました

wwPDBの編集者は、データの処理および編集に関係する詳細や手順を明確にするために協力してきました。その成果が、PDBファイルのフォーマットをより完全に説明するPDBフォーマットガイド バージョン3.2です。本文書はPDF形式およびHTML形式で提供されています。また、本文書には、変更の要点をまとめた 付随文書が添えられています。

今後数か月のうちに、wwPDBによってリリースされたすべてのファイルが、本文書に基づくフォーマットに移行します。詳細は、本ウェブサイトおよびwww.wwpdb.orgでご案内致します。

ニュース (2008年7月7日):
2008年6月11日に、第8回日本蛋白質科学会年会にて、ランチョンセミナー「PDBj: Protein Data Bank Japan」を開催いたしました。セミナー資料は、過去の講習会のページをご覧ください。

ニュース (2008年4月2日):
David S. Goodsell博士が、RCSB-PDBのWeb pageに毎月掲載しております「今月の分子（Molecule of the Month: MOM）」の記事を、PDBj のスタッフが日本語に翻訳し、PDBj のページから公開することになりました。

ニュース (2008年3月4日):
2008年3月3日に、PDBj講習会を大阪大学中之島センターで開催いたしました。 詳細については、過去の講習会のページをご覧ください。

ニュース (2007年12月20日):
rsyncによるPDBアーカイブのダウンロードサービスを始めました。

remediated fileについて、rsyncによるPDBアーカイブの配布を開始します。rsyncは、差分符号化を使ってデータ転送量を最小化し、遠隔地間のファイルやディレクトリの同期を行うアプリケーションソフトウェアです。PDBアーカイブの取得については、PDBアーカイブについてのページをご覧ください。

ニュース (2007年12月12日):
2008年2月1日より、PDBへの登録の際に構造因子データ (結晶構造解析の場合) または制限情報データ (NMR構造解析の場合) が必須となります。

これらのデータはWorldwide Protein Data Bank (www.wwpdb.org)のメンバーサイト: PDBj (www.pdbj.org), RCSB PDB (www.pdb.org), MSD-EBI (www.ebi.ac.uk/msd), BMRB (www.bmrb.wisc.edu) で登録する必要があります。

データは、処理されて承認されると直ちに公開することができます。座標データと実験データの公開は、関連論文が出版されるまで公開を保留する場合 (HPUB) を含めて、1年を限度に保留することができます。

このポリシーは、「国際結晶学連合 生体高分子に関する委員会」や「NMRタスクフォース」を含むPDBユーザコミュニティからのコメントや勧告に基づいて制定され、wwPDB諮問会議で承認されたものです。

ニュース (2007年11月1日):
NMR構造解析データの新規登録は、ADIT-NMRから行ってください。ADITによるNMR構造解析データの新規登録は終了しました。

ニュース (2007年8月1日):
PDBアーカイブデータの修正が完了し、2007年8月1日からftp://ftp.wwpdb.org/および、PDBj ftp ミラーサイトftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/から、ご利用いただけます。

ニュース (2007年5月21日):
PDBjでは、EM Navigatorという電子顕微鏡構造検索サービスを開始いたしました。
また、XQuery生成を支援するXQueryアドバイサ（XQuad)を開発、公開しました。(xPSSSのページから利用できます。)

ニュース (2007年4月25日):
wwPDB (www.wwpdb.org)は、協力してPDBアーカイブデータの修正をするプロジェクトを行ってきましたが、このほど新たなデータセットを作成しテスト公開をすることになりました。

ニュース (2006年10月18日):
native XML-DBを用いて運用をしておりますxPSSS (xml-based Protein Structure Search Service)では、従来のXPathに加えて、XQueryによる検索サービスを開始いたしました。

ニュース (2006年10月14日):
PDBjでは、Gridの最新技術であるOpal-OPを利用し、Structure Navigator-RT 新version のWebサービス運用を開始いたしました。

ニュース (2006年8月11日):
Theoretical modelの編集方針および受付ポリシーが2006年8月15日より変更されます。詳細はこちらをご覧下さい。

ニュース (2006年4月21日):
4月21日(金) PDBjのトップページをリニューアルいたしました。

ニュース (2006年2月27日):
3D-insight, GDB, KEGG へのリンクをPDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果のリンクページに追加いたしました。

ニュース (2005年12月28日):
RCSB-PDB mirror site in Osaka University, Japan は2005年12月28日に終了致します。今後はPDBjのサイトをお使いください。

ニュース (2005年6月21日):
第２０回国際結晶学会 － 2005年8月23日-31日(イタリア、フローレンス）－
期間中、28・29ブースにてwwPDBメンバーと展示を行います。デモンストレーションとメンバーとのディスカッションを予定しておりますのでお立ち寄りください。

ニュース (2004年12月10日):
PDBjでは、Structure Navigatorという類似構造検索システムと、GASHと称する立体構造アラインメントのサービスを開始いたしました。

ニュース (2004年11月16日):
PDBj viewerの最新版であるjV3を公開いたしました。jV3は、windows 2000/XP, マッキントッシュOS-XおよびLinux環境で、appletやstand aloneでの利用が可能です。

ニュース (2004年11月12日):
PDBjでは、構造因子が同時に登録されている生体高分子に対し、xPSSSのSummary pageあるいはExperimental Details pageを通して、その電子密度マップを表示するサービスを開始いたしました。

ニュース (2004年9月1日) :
アミノ酸配列からホモログ蛋白質を探索するSequence Navigatorのサービスを開始いたしました。

ニュース (2004年7月30日) :
PDBデータ検索サービス(xPSSS)で、過去に登録されたTheoretical modelsの検索とダウンロードができるように改良いたしました。

ニュース (2004年6月23日) :
PDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果にあるFunctional Details Pageで、正しい鎖の名前が示されるように改良いたしました。

ニュース (2004年4月13日) :
Functional Details PageをPDBデータ検索サービス(xPSSS)の検索結果に追加いたしました。