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FTP Archive/rsync Service

修正データについて

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日本蛋白質構造データバンク（PDBj: Protein Data Bank Japan)は、JST-BIRDの支援を受け、米国RCSBおよび欧州EBIと協力して、生体高分子の立体構造データベースを国際的に統一化されたアーカイブとして運営するとともに、様々な解析ツールを提供しております。

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PDBアーカイブはwwPDB FTPサイトの完全なミラーであるftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/からrsyncまたはFTPプロトコルを使用して入手できます。年次スナップショットは、PDBj snashotサイト (PDB Archive Snapshotサイトのミラーサイト) から入手できます。remediation project適用前の最終スナップショットは20070731です。20070731スナップショットは、当面の間 ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/pub/pdb/からも入手することができます。

FTPプロトコルを使用する場合

お好みのFTPクライアントソフトウェアを使って、ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/v3/にアクセスしてください。

rsyncプロトコルを使用する場合

rsyncプロトコルは、PDBアーカイブの全体/一部のミラーリングを行う際に便利です。以下のコマンドを実行することで、エントリー・ポイントを確認することができます。

rsync pdb.protein.osaka-u.ac.jp::

ftp Top level of ftp tree approximately 55 GB
( /v3/pub/pdb )
ftp_data Data directory within ftp archive approximately 54.5 GB
( /v3/pub/pdb/data )
ftp_derived Derived data directory within ftp archive approximately 88 MB
( /v3/pub/pdb/derived_data )
ftp_doc Doc directory within ftp archive approximately 211 MB
( /v3/pub/pdb/doc )
ftp_software Software directory within ftp archive approximately 16 MB
( /v3/pub/pdb/software )

PDB exchange (mmCIF) フォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -a pdb.protein.osaka-u.ac.jp::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ ./mmCIF

PDBMLフォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -a pdb.protein.osaka-u.ac.jp::ftp_data/structures/divided/XML/ ./XML

PDBフォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -a pdb.protein.osaka-u.ac.jp::ftp_data/structures/divided/pdb/ ./pdb