PDBアーカイブ

PDBアーカイブはwwPDB FTPサイトの完全なミラーであるpdb.protein.osaka-u.ac.jpからrsyncまたはFTPプロトコルを使用して入手できます。

FTPプロトコルを使用する場合

お好みのFTPクライアントソフトウェアを使って、ftp://pdb.protein.osaka-u.ac.jp/にアクセスしてください。

rsyncプロトコルを使用する場合

rsyncプロトコルは、PDBアーカイブの全体/一部のミラーリングを行う際に便利です。以下のコマンドを実行することで、エントリー・ポイントを確認することができます。

rsync pdb.protein.osaka-u.ac.jp::

ftp Top level of ftp tree approximately 86 GB ( /pub/pdb )
ftp_data Data directory within ftp archive approximately 86 GB ( /pub/pdb/data )
ftp_derived Derived data directory within ftp archive approximately 553 MB ( /pub/pdb/derived_data )
ftp_doc Doc directory within ftp archive approximately 251 MB ( /pub/pdb/doc )

PDBフォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -a pdb.protein.osaka-u.ac.jp::ftp_data/structures/divided/pdb/ ./pdb

PDB exchange (mmCIF) フォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -a pdb.protein.osaka-u.ac.jp::ftp_data/structures/divided/mmCIF/ ./mmCIF

PDBMLフォーマットのファイルをダウンロードする場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -a pdb.protein.osaka-u.ac.jp::ftp_data/structures/divided/XML/ ./XML

スナップショットアーカイブ

毎年最初のリリースおよびremediationの直前のFTPアーカイブをスナップショットアーカイブとしてwwPDBで公開しております。PDBjでは、pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jpからrsyncまたはFTPプロトコルを使用して入手できます。

FTPプロトコルを使用する場合

お好みのFTPクライアントソフトウェアを使って、ftp://pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp/にアクセスしてください。

rsyncプロトコルを使用する場合

rsyncプロトコルは、スナップアーカイブの全体/一部のミラーリングを行う際に便利です。以下のコマンドを実行することで、エントリー・ポイントを確認することができます。

rsync pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp::

all            	Entire Snapshots archive
20050106       	January 6, 2005 snapshot
20060103       	January 3, 2006 snapshot
20070102       	January 2, 2007 snapshot
20070731       	July 31, 2007 snapshot
20080107       	January 7, 2008 snapshot
20090105       	January 5, 2009 snapshot
20090316       	March 16, 2009 snapshot

2005-01-06のスナップショットをダウンロードして20050106_snapshotディレクトリに保存する場合、以下のrsyncコマンドを実行します。

rsync -a pdbjsnap.protein.osaka-u.ac.jp::20050106 20050106_snapshot