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日本蛋白质结构数据库（PDBj: Protein Data Bank Japan），与美国结构生物信息学研究合作组织（RCSB）以及欧洲生物信息学研究所（EBI）共同合作，在对国际性的蛋白质，核糖以及糖等生物大分子的立体结构档案文件实行维护的同时，还提供了各种衍生数据库和结构解析应用软件工具。PDBj是由独立行政法人科学技术振兴机构生物信息发展中心（JST-BIRD)提供支援，大阪大学蛋白质研究所具体实施的。

• 总负责人
  • 中村 春木 （大阪大学蛋白质研究所，教授）
• PDBj数据库管理维护
  • 中川 敦史 （大阪大学蛋白质研究所，教授）
  • 松浦 孝范 （大阪大学蛋白质研究所，特聘研究员，客座副教授）
  • 五十岚 令子 （科学技术振兴机构）
  • 见学 有美子 （科学技术振兴机构）
  • 松浦 KANNA （科学技术振兴机构）
  • 井上 真由美 （大阪大学蛋白质研究所）
  • 陈 旻瑜 （大阪大学蛋白质研究所）
• PDBj技术发展和服务
  • Standley, M.Daron （科学技术振兴机构，研究员，大阪大学临床医工学融合研究教育中心，特聘副教授）
  • 金城 玲 （大阪大学蛋白质研究所，客座副教授）
  • 岩崎 宪治 （大阪大学蛋白质研究所，副教授）
  • 铃木 博文 （大阪大学蛋白质研究所）
  • 山下 铃子 （科学技术振兴机构）
  • 镰田 知佐 （科学技术振兴机构）
  • 清水 有希子 （科学技术振兴机构）
  • 工藤 高裕 （大阪大学蛋白质研究所）
• BMRB数据库管理维护
  • 藤原 敏道 （大阪大学蛋白质研究所，教授）
  • 阿久津 秀雄 （大阪大学蛋白质研究所，客座教授）
  • 中谷 英一 （科学技术振兴机构）
  • 原野 阳子 （大阪大学蛋白质研究所）
• 九州大学生体防御医学研究所
  • 藤 博幸 （九州大学生体防御医学研究所，教授）（for ASH）
• 共同研究
  • 轮湖 博 （早稻田大学社会科学部，教授）（for ProMode）
  • 伊藤 畅聪 （东京医科齿科大学大学院，教授）
  • 木下 贤吾 （东京大学医科学研究所，副教授）（for eF-site）