jV マニュアル & 使用例

Version 4.1,   21 December 2011

「jV」は、木下賢吾(東北大学大学院情報科学研究科)と中村春木(大阪大学蛋白質研究所)により、日本蛋白質構造データバンク(PDBj)の活動の一環として、独立行政法人科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(JST-NBDC)と大阪大学の支援を受けて開発されているプログラムです。

英語版オリジナルマニュアルはこちら。 ユーザーガイドはこちら(PDF)。 jVホームページはこちら(英語版日本語版)。

当サイトの内容は、上記リンク先のオリジナルマニュアルやユーザーガイドの内容に、使用実例などを追加してまとめ、翻訳したものです。

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15. トラブルシューティング

英語版ページ(jV wiki)もご参照下さい。

15.1. アップレット証明書エラー

JRE6 Update15(1.6.0_15), JRE6 Update16(1.6.0_16) をお使いの場合、以下のエラーが発生しjVの表示ができなくなることがあります。JRE6 Update17(1.6.0_17)以降をお使いください。

    Error:java.io.IOException:Cannot find certificates for JNLPAppletLauncher class
    

15.2. JOGLライブラリの干渉

JOGLライブラリが見つからないことが原因で、Java Web Start版jVの起動や、jVアプレットの参照に失敗している場合、以下の手順を試してみて下さい。

15.2.1. キャッシュファイルを消去する

JRE6 Update15(1.6.0_15) または JRE6 Update16(1.6.0_16) の環境において、サーバに置かれたJOGLファイルの方が新しい場合、以前にキャッシュされたJOGLファイルが問題を引き起こします。 その場合は、以下の手順によりキャッシュファイルを消去して下さい。なお、可能であれば JRE6 Update17(1.6.0_17)以降のバージョンにupdateを行うことをお勧めします。

1. [Java Preferences]を開く
[Java Preferences]アイコンをダブルクリックして[Java Preferences]ウインドウを開きます。[Java Preferences]は以下の場所にあります。
Mac OS X バージョン 場所
10.4 [Applications](アプリケーション)-[Utilities](ユーティリティ)-[Java]-[J2SE 5.0]
10.5(Java for Mac OS X 10.5 Update 4 インストール前) [Applications](アプリケーション)-[Utilities](ユーティリティ)-[Java]
10.5(Java for Mac OS X 10.5 Update 4 以降インストール後) [Applications](アプリケーション)-[Utilities](ユーティリティ)
10.6 [Applications](アプリケーション)-[Utilities](ユーティリティ)
表示される [Java Preferences] の内容は Mac OS X 10.4 と 10.5 以降で異なります。10.4 では最初に表示される[General](基本)タブを、10.5以降では[Network](ネットワーク)タブを選択します。
Mac OS X 10.4 Mac OS X 10.5以降
Mac OS X 10.4 の Java Preferences ウインドウ Mac OS X 10.5, 10.6 の Java Preferences ウインドウ

Mac OS X 10.5, 10.6 の Java Preferences ウインドウ Network タブ
Windows XPの場合は以下の場所にあります。
  1. [コントロールパネル] の [Java] をダブルクリック→[Java コントロールパネル]が開く
    Windows XPのコントロールパネル
  2. [基本] タブをクリック(恐らく最初に表示されるタブが[基本])
    Windows XPのJavaコントロールパネル
  3. [設定(S)..]ボタンをクリック→[一時ファイルの設定]が開く
  4. [ファイルの削除(D)..]ボタンをクリック→[一時ファイルの削除]が開く
    Windows XPの一時ファイルの設定
2. 「Delete Files...」(ファイルの削除...)ボタンをクリック
削除項目の詳細を確認する「Delete Temporary Files」(一時ファイルの削除)ウインドウが表示されます。
Windows XPの一時ファイルの削除
3. 「OK」(了解)ボタンをクリック
全てのチェック項目がONになった既定状態のまま「OK」(了解)ボタンをクリックします。
4. [Restore Defaults] ボタンをクリック
上記の操作に加え、Javaの設定をデフォルトに戻す操作も必要となる場合があります。この操作によりJavaの設定がデフォルトに戻ります(下図は Mac OS X 10.6 の場合)。
Java Preferences の Restore Defaultsボタン

15.2.2. ローカル環境のJOGLをアンインストールする

ローカルに異なるバージョンのJOGLライブラリがインストールされているとJava Web Startテクノロジーにおいて干渉が発生し問題が生じます。このような場合はローカルにインストールされたJOGLファイルを消去して下さい。JOGLファイルの場所はOSによって異なります。

Mac OS X の場合
[Macintosh HD]-[Library]-[Java]-[Extensions]フォルダを開き、下記のファイルがあればそれらを削除して下さい。この操作には管理者権限が必要です。
  • jogl.jar
  • gluegen-rt.jar
  • libjogl.jnilib
  • libjogl_awt.jnilib
  • libjogl_cg.jnilib
  • libgluegen-rt.jnilib
Windows の場合
JREがインストールされているフォルダ(通常は C:¥Program Files¥Java¥jre6)配下に以下のファイルがあれば削除して下さい。
  • ¥lib¥ext¥jogl.jar
  • ¥lib¥ext¥gluegen-rt.jar
  • ¥bin¥jogl.dll
  • ¥bin¥jogl_cg.dll
  • ¥bin¥jogl_awt.dll
  • ¥bin¥gluegen-rt.dll
Linux の場合
JREがインストールされているフォルダ(通常は /usr/java/jdk1.6.0_17/jre)配下に以下のファイルがあれば削除して下さい。<arch> はプロセッサのアーキテクチャを示す文字(例:i386)です。
  • /lib/ext/jogl.jar
  • /lib/ext/gluegen-rt.jar
  • /lib/<arch>/libjogl.so
  • /lib/<arch>/libjogl_cg.so
  • /lib/<arch>/libjogl_awt.so
  • /lib/<arch>/libjogl_drihack.so
  • /lib/<arch>/libgluegen-rt.so

15.3. Internet ExplorerによるjVアプレットの閲覧

jVアプレットを含むウェブページをInternet Explorerで閲覧する際、元々インストールされていたJOGLライブラリの動作において問題が発生することがあります(特にWindows Vistaで)。その場合はウェブブラウザにFirefoxをお使い下さい。

15.4. クラスが見つからない(次世代Java Plug-inとアプレットランチャーに関する問題)

次世代Java Plug-inが利用できるJRE6 Update21(1.6.0_21)以降の環境でjVアプレットとアプレットランチャーを使ったページを閲覧する際、そのページのhtmlコードが旧Java Plug-in用のコードで記述されていた場合、下記のエラーが発生することがあります。

Error: Class not found: org.pdbj.viewer.gui.ViewerApplet
  

この問題を回避するには以下の方法があります。

旧/次世代Java Plug-in用アプレットランチャーの動作
OS ブラウザ JREのバージョン
JRE6 Update20以前 JRE6 Update21以降
次世代 次世代
Windows Internet Explorer ×
Firefox 3.6以降 × ×
Mac OS X Safari ×
Firefox 3.6以降 ×
Linux Firefox 3.6以降 × ×
  • ○:正常に動作する
  • △:次世代Javaプラグインを無効にすれば正常に動作する
  • ×:正常に動作しない
  • −:Mac OS X用のJRE6 Update21はまだ存在しない

15.5. MacのFirefox/Safari/Google Chromeでアプレットが表示されない

以下の環境において、jVアプレットが表示されません。ご不便をおかけし恐縮ですが、ブラウザをダウングレードしていただくか、あるいは下記以外の環境(OperaCaminoシイラなど他のブラウザ)で閲覧頂きますようお願いします。

OS
Mac OS X 10.5 update 4 以降
ブラウザ
下記いずれか。
  • Firefox 6.0以降
  • Safari 5.1以降
  • Google Chrome
原因
Java Plug-inタイプの選択 Java Preferencesで旧Java Plug-in/新Java Plug-inのどちらを使うかの設定が行えますが(「自分のプロセス内」だと新、「ブラウザプロセス内」だと旧)、Safari 5.1、Firefox 6.0.1、Google Chrome ではこの設定に関係なく、常に新Java Plug-inが使われます。ところが、Macの新Java Plug-inではJOGLやJava3D のような技術がサポートされていないため1、jVアプレットが表示できなくなっています。
  1. Java for Mac OS X 10.6 Update 2 and 10.5 Update 7 Release Notes: New and Noteworthy

15.6. Macでアプレットが表示されない

以下のJava for Mac OS X Updateを適用した環境(JRE6 Update29 (1.6.0_29))では、あらゆるブラウザでjVアプレットが表示できなくなります。

OS
  • Java for Mac OS X 10.7 Update 1
  • Java for Mac OS X 10.6 Update 6
ブラウザ
依存性なし(全てのブラウザ)。
jVバージョン
4.0以前
原因
当Updateの適用により、次世代Java Plug-inしか使えなくなります(Java Preferences で、旧Java Plug-in と 次世代Java Plug-in のどちらを使うか設定する項目がなくなっています)。ところが、Mac用次世代Java Plug-inはJOGL未対応でしたので、jVアプレットを表示できなくなっていました。
備考
  • jV 4.1にてMac用次世代Java Plug-inに対応する新JOGLが使えるようになり、上記問題が発生するMac環境でもjVアプレットが表示できるようになりました。但し、コマンドエリアが表示できない制約があります。
  • jV 4.1が動作するにはJRE6 (1.6)以降の環境が必要となったため、Java 1.5以前で動作しているMac OS X 10.4などではjV 4.1をお使いいただけません。Java 1.5以前の環境では、jV 4.0+旧Java Plug-in型のhtmlコードで記述したappletをお使い下さい。
  1. Java for Mac OS X 10.7 Update 1 and 10.6 Update 6 Release Notes: Known and Resolved Issues

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