例017:特定の原子を操作する

キーワード:cpkloadselectspacefill原子表現

load ftp 1mbn PDB ID「1mbn」のデータを読み込みます。
ミオグロビン(PDB:1mbn)
select hem グループ「hem」に所属する原子を選択します。
[Display]-[Ball&Stick] 選択範囲(hemグループ)の各原子を棒球表現で表示します。
ミオグロビン(PDB:1mbn)
select iron 鉄原子(Fe)だけを選択します(select elemno=26、原子番号26の原子を選択としても同じ)。
cpk 選択範囲の原子(鉄原子)を空間充填表現(spacefill)で表示します。
ミオグロビン(PDB:1mbn)
select atomno=1217 原子の固有番号1217番の原子(酸素)を選択します。
原子の固有番号はPDBMLファイルの "PDBx:atom_siteCategory/PDBx:atom_site" 要素の id 属性の値で確認できます(原子表現も参照のこと)。
cpk 選択範囲の原子(酸素原子)を空間充填表現(spacefill)で表示します。
ミオグロビン(PDB:1mbn)