jV マニュアル & 使用例

• 3.1. PDBファイルを読み込む
• 3.2. 画像を動かす
• 3.3. メニュー操作
• 3.4. jVを終了する

3.1. PDBファイルを読み込む

インターネットに接続できる環境があり、表示したい分子のPDB IDが分かっている場合、最も簡単に分子を表示する方法は以下の通りです。

1. メニューバーの [File]-[Open - Remote]-[PDB ID] を開いてクリック→以下のような画面が表示される。
   
2. (1)PDB IDを入力し、(2)「OK」ボタンをクリック。
   
3. 指定したPDBエントリーの情報が読み込まれ、分子構造が表示される。
   

   詳しくは「7.1.2 リモートファイルを開く」も参照して下さい。

   ローカルにあるPDBファイル等を読み込むこともできます。詳しくは「7.1.1 ローカルファイルを開く」も参照して下さい。

   コマンドでファイルを読み込むこともできます。詳しくは load コマンドを参照して下さい。

3.2. 画像を動かす

立体構造表示エリアで「左ドラッグ」のマウス操作を行うと、画像をX軸（左右方向）やY軸（上下方向）を軸とした回転操作を行うことができます。「Shiftキー（またはAltキー）を押しながら左ドラッグ」を行うと、画像をZ軸（奥行き方向）に沿って移動することができます。「右ドラッグ」を行うと、画像をX軸方向やY軸方向に移動することができます。右ボタンがないMacintosh環境ではCommandキーを押しながらドラッグすれば右ドラッグに相当する操作を行うことができます。マウス操作について詳しくは「6. マウス操作」を参照下さい。

動作	マウス操作
	Windows, Linux	Mac OS X
X軸（左右方向軸）回転 Y軸（上下方向軸）回転	左ドラッグ	ドラッグ
Z軸（奥行き方向軸）回転	Shift ＋ 右ドラッグ（左右方向）	Shift ＋ Command ＋ ドラッグ（左右方向）
X軸（左右）方向に移動 Y軸（上下）方向に移動	右ドラッグ	Command ＋ ドラッグ
Z軸（奥行き）方向に移動（拡大縮小）	Shift ＋ 左ドラッグ	Shift ＋ ドラッグ

3.3. メニュー操作

表示方法や配色の変更、保存操作などはメニュー操作により行うことができます。スタンドアロン（JARバイナリ）版の場合はアプリケーションのメニューを利用します。

Windowsの場合	Macの場合

アプレット版の場合は画面を構造表示エリアを右クリック（Macの場合はCommand + クリック）すると表示されるポップアップメニューを利用します。

基本的なメニュー操作は以下の通りです。詳細はメニュー操作を参照下さい。

操作内容	メニュー操作
静止画像の保存	[File]-[Save]-[PNG/JPEG]
表示方法の変更	[File]-[Display]-[Wireframe/Backbone/Sticks/Spacefill/Ball&Stick/Ribbons/Cartoon]
配色の変更	[File]-[Colors]-[Monochrome/CPK/Shapely/Group/Chain/Temperature/Structure/Charge/Amino]

分子の一部だけを表示したり、一部だけを異なる表示にしたりするなどより複雑な操作を行うにはコマンドをご利用下さい。

3.4. jVを終了する

メニューの[File][Exit]、またはコマンドexitを実行すればjVは終了します。