• PDB:2HYD
• PDB:2EY4
• PDB:2R9R
• PDB:2QTS
• PDB:2H7E
• PDB:2GY7
• PDB:2GVJ
• PDB:2GVG
• PDB:1ZCD
• PDB:1YF2
• PDB:1XNX
• PDB:1RWT
• PDB:2GIS
• PDB:2CYP
• PDB:1XIP
• PDB:1WMI
• PDB:1ULH
• PDB:1UJ1
• PDB:1PRC
• PDB:1MXR

生物学的機能による分類

目次

• DNAと染色体
• DNAの複製
• DNAの修復
• DNAの組換え
• 転写(DNAからRNAへ)
• 翻訳(RNAからタンパク質へ)
• 遺伝子発現の制御
• 生体膜と低分子の輸送
• タンパク質輸送
• 細胞内輸送・仕分け
• ミトコンドリア
• 葉緑体
• 信号伝達
• 細胞骨格
• 細胞周期と細胞死
• 細胞分裂
• 細胞結合・細胞接着
• 生殖細胞
• 多細胞生物の発生
• ガン
• 免疫系・血液
• 病原体・感染症
• その他

DNAと染色体

• DNA [なし（合成）]: PDB:1BNA
• ヒト・テロメアDNA（22塩基、１本鎖） [ヒト]: PDB:1KF1
• リボヌクレオチド還元酵素R2 [大腸菌]: PDB:1MXR
• 真核生物Rad54のクロマチン再構築ドメイン [ゼブラ・フィッシュ]: PDB:1Z3I
• ヌクレオソーム（ヌクレオソームコア／DNA 複合体） [アフリカツメガエル]: PDB:1ZBB
• ４番リジントリメチル化ヒストン3(H3K4me3) / 転写因子(BPTF)のPHDフィンガーリンカーブロモドメイン 複合体 [ヒト]: PDB:2F6J
• ヒストン修飾タンパク質WRD5/ヒストンH3 複合体 [ヒト]: PDB:2H13
• CIA-ヒストンH3-H4複合体 [ヒト]: PDB:2IO5
• FtsK(C端)の六量体 [Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)]: PDB:2IUU

DNAの複製

• 複製終結蛋白質(Tus)／DNA複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1ECR
• ヒト・テロメアDNA（22塩基、１本鎖） [ヒト]: PDB:1KF1
• DNAプライマーゼ機能を持つポリメラーゼ [Sulfolobus islandicus（古細菌）]: PDB:1RNI
• SV40-ラージT抗原 [Simian virus 40 (ウイルス)]: PDB:1SVM
• クランプローダー(RFC)とDNAクランプ(PCNA)複合体 [パン酵母]: PDB:1SXJ
• Taqポリメラーゼ（DNA合成酵素）/DNA 複合体 [好熱菌]: PDB:1TAU
• 真核生物Rad54のクロマチン再構築ドメイン [ゼブラ・フィッシュ]: PDB:1Z3I
• テロメア反復部　結合タンパク質 [シロイヌナズナ]: PDB:2AJE
• クロモソームDNA結合蛋白質 ADA2αのSWIRMドメイン [ヒト]: PDB:2AQE
• キノロン耐性発現５残基反復蛋白質 MfpA [ヒト型結核菌（細菌）]: PDB:2BM4
• DNAヘリカーゼ6量体/DNA 複合体 [ウシ パピローマウイルス I型]: PDB:2GXA
• CIA-ヒストンH3-H4複合体 [ヒト]: PDB:2IO5
• 大腸菌DNAポリメラーゼβサブユニット [大腸菌]: PDB:2POL
• 大腸菌DNAポリメラーゼβサブユニットとDNAの複合体 [大腸菌]: PDB:3BEP

DNAの修復

• インテインPI-SceIホーミングエンドヌクレアーゼ [パン酵母（Saccharomyces cerevisiae）]: PDB:1DFA
• ヒト8-オキソグアニンDNAグリコシラーゼ (hOGG1、損傷DNA修復酵素)/DNA複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1EBM
• DNA修復酵素 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1EWN
• インテインPI-SceIホーミングエンドヌクレアーゼ/DNA 複合体 [パン酵母]: PDB:1LWS
• アデニンDNAグリコシラーゼ(MutY)と損傷DNA複合体 [Bacillus stearothermophilus（好熱性細菌）]: PDB:1RRQ
• 制限酵素EcoRV/DNA 複合体（DNA切断前、Mg2+イオンなし） [大腸菌]: PDB:1RVA
• 制限酵素EcoRV/DNA 複合体（DNA切断後、Mg2+イオンあり） [大腸菌]: PDB:1RVC
• Taqポリメラーゼ（DNA合成酵素）/DNA 複合体 [好熱菌]: PDB:1TAU
• デオキシリボジピリミジン 光回復酵素／DNA複合体 [Synechococcus sp. PCC 6301 (藍藻)]: PDB:1TEZ
• DNA修復酵素複合体RecBCD [大腸菌]: PDB:1W36
• SUMO1共役チミンDNAグリコシラーゼ [ヒト]: PDB:1WYW
• 真核生物Rad54のクロマチン再構築ドメイン [ゼブラ・フィッシュ]: PDB:1Z3I
• 転写 - 修復　共役因子 [大腸菌]: PDB:2EYQ
• UvrABC DNA修復機構 の Bサブユニット（UvrB）／DNA鎖 複合体 [Bacillus caldotenax（細菌）]: PDB:2FDC
• RNAリガーゼRnl2／AMP 複合体 [バクテリオファージT4（ウイルス）]: PDB:2HVQ
• CIA-ヒストンH3-H4複合体 [ヒト]: PDB:2IO5
• シスプラチン／DNA複合体 [なし]: PDB:5BNA

DNAの組換え

• δγ解離酵素とDNAの複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1GDT
• ガンマデルタT細胞受容体／MHC T22複合体 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1YPZ
• 真核生物Rad54のクロマチン再構築ドメイン [ゼブラ・フィッシュ]: PDB:1Z3I
• インテグロンインテグラーゼとattC配列の複合体 [Vibrio cholelae]: PDB:2A3V
• 制限酵素Ecl18kI-DNA 複合体 [Enterobacter cloaceae (エンテロバクター菌)]: PDB:2FQZ
• FtsK(C端)の六量体 [Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)]: PDB:2IUU
• IS608トランスポサーゼTnpAとDNAの複合体 [ピロリ菌]: PDB:2VJV

転写(DNAからRNAへ)

• 性決定（Sxl）蛋白質／RNA複合体 [キイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）]: PDB:1B7F
• Trp RNA結合減衰蛋白質(TRAP)／RNA複合体 [バシラス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus、好熱性細菌）]: PDB:1C9S
• TATAボックス結合タンパク質（TBP）／DNA複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1CDW
• カタボライト遺伝子活性化蛋白質(CAP)/DNA複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1CGP
• 哺乳類のポリAポリメラーゼ [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1F5A
• 転写因子c-Fos-c-Jun / DNA 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FOS
• Oct4/Sox2/DNA 複合体 [ハツカネズミ（マウス、Mus musculus）、ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1GT0
• DNA依存性RNAポリメラーゼII [パン酵母]: PDB:1I6H
• mRNAデキャッピング酵素Dcp1p [パン酵母]: PDB:1Q67
• 転写因子IIB/RNAポリメラーゼII複合体 [パン酵母]: PDB:1R5U
• 20S-プロテアソーム [パン酵母]: PDB:1RYP
• RNAポリメラーゼII／転写複合体 [パン酵母]: PDB:1SFO
• SV40-ラージT抗原 [Simian virus 40 (ウイルス)]: PDB:1SVM
• グループI自己スプライシングイントロン／エクソン複合体 [ヒト]: PDB:1U6B
• 菌類のガレクチン CGL2 [Coprinopsis cinerea (ヒトヨタケ)]: PDB:1UL9
• セリン/アルギニンリッチ(SR)蛋白質リン酸化酵素 SRPK1 / ペプチド複合体 [ヒト]: PDB:1WBP
• 核受容体CAR/逆作用薬複合体 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1XNX
• グループIリボザイム（自己スプライシングイントロン）／産生物複合体 [バクテリオファージ トゥウォート（ウイルス）]: PDB:1Y0Q
• 核内受容体mSF-1/PG(リガンド)の複合体 [マウス]: PDB:1YMT
• 転写活性化因子GCN4/DNA 複合体 [パン酵母]: PDB:1YSA
• 核受容体hLRH-1/SHPのNR box1モチーフ 複合体 [ヒト]: PDB:1YUC
• 最小RISC構造を作るヒト・アルゴノート2 [Pyrococcus furiosus (好熱性古細菌)]: PDB:1Z25
• 転写因子Zif268のジンクフィンガー（DNA結合部位）/DNA 複合体 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1ZAA
• ヒト肝臓受容体ホモログ蛋白質のDNA結合ドメイン(hLRH-1 DBD)と2本鎖DNAの複合体 [ヒト]: PDB:2A66
• mRNA脱キャップ化酵素 Dcp2p [分裂酵母 Schizosaccharomyces pombe]: PDB:2A6T
• Ca2+/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼ-II(CaMKII) [線虫]: PDB:2BDW
• DNA依存性RNAポリメラーゼ/Tagetitoxin 複合体 [Thermus thermophilus（好熱性細菌）]: PDB:2BE5
• RNA干渉タンパク質（アルゴノート）のPiwiドメイン／siRNA様物質 複合体 [Archaeoglobus fulgidus（好熱性古細菌）]: PDB:2BGG
• 転写 - 修復　共役因子 [大腸菌]: PDB:2EYQ
• Dicer [ランブル鞭毛虫]: PDB:2FFL
• 転写制御因子CSL-Notch-Mastermind/DNA 複合体 [線虫]: PDB:2FO1
• ミトコンドリアRNA結合タンパク質(MRP1/MRP2)-RNA複合体 [Trypanosoma brucei（アフリカ睡眠病病原虫）]: PDB:2GJE
• H/ACA ボックス　リボ核タンパク質複合体 [Pyrococcus furiosus (好熱性古細菌)]: PDB:2HVY
• CIA-ヒストンH3-H4複合体 [ヒト]: PDB:2IO5
• レチノイン酸受容体／レチノイン酸複合体 [ヒト]: PDB:2LBD

翻訳(RNAからタンパク質へ)

• シャペロニン(GroEL-GroES)/ADP複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1AON
• Trp RNA結合減衰蛋白質(TRAP)／RNA複合体 [バシラス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus、好熱性細菌）]: PDB:1C9S
• リボソーム・リサイクリング因子（RRF） [Thermotoga maritima（好熱性細菌）]: PDB:1DD5
• 真核生物のポリペプチド鎖終結因子eRF1 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1DT9
• 運搬RNA（フェニルアラニン） [パン酵母（Saccharomyces cerevisiae）]: PDB:1EHZ
• アルギニルtRNA合成酵素／tRNA／アルギニン 複合体 [パン酵母（Saccharomyces cerevisiae）]: PDB:1F7U
• CCA付加酵素 [Archaeoglobus fulgidus (古細菌)]: PDB:1UET
• トリプトファン-tRNA合成酵素（mini TrpRS） [ヒト]: PDB:1ULH
• リボソーム・シャペロントリガー因子／50Sリボソーム複合体 [大腸菌]: PDB:1W26
• 古細菌のRrp4エクソソーム [Archaeoglobus fulgidus (古細菌) ]: PDB:2BA0
• RNase Z / tRNA(Thr) 複合体 [枯草菌]: PDB:2FK6
• チアミンピロリン酸特異性リボスイッチ [大腸菌（細菌）]: PDB:2GDI
• RNA: S-アデノシルメチオニン　リボスイッチ [好熱性細菌]: PDB:2GIS

遺伝子発現の制御

• Trp RNA結合減衰蛋白質(TRAP)／RNA複合体 [バシラス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus、好熱性細菌）]: PDB:1C9S
• カタボライト遺伝子活性化蛋白質(CAP)/DNA複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1CGP
• Metリプレッサー／オペレーター複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1CMA
• リボヌクレアーゼA/阻害剤(RI) 複合体 [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1DFJ
• アンドロゲン受容体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1E3G
• Gal6ブレオマイシン加水分解酵素 [パン酵母（Saccharomyces cerevisiae）]: PDB:1GCB
• Oct4/Sox2/DNA 複合体 [ハツカネズミ（マウス、Mus musculus）、ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1GT0
• ラクトースリプレッサー [大腸菌]: PDB:1LBI
• YibKメチル基転移酵素（結び目蛋白質）/阻害剤(AdoHcy)複合体 [インフルエンザ菌（細菌）]: PDB:1MXI
• 転写因子IIB/RNAポリメラーゼII複合体 [パン酵母]: PDB:1R5U
• トリプトファン オペロン リプレッサ/オペレータ複合体 [大腸菌]: PDB:1TRO
• アルゴノート（RNA干渉蛋白質） [Pyrococcus furiosus（好熱性古細菌）]: PDB:1U04
• trp-RNA 結合　転写減衰タンパク質　（トリプトファンとの複合体） [枯草菌]: PDB:1WAP
• 核受容体CAR/逆作用薬複合体 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1XNX
• 核内受容体mSF-1/PG(リガンド)の複合体 [マウス]: PDB:1YMT
• 核受容体hLRH-1/SHPのNR box1モチーフ 複合体 [ヒト]: PDB:1YUC
• ヒト肝臓受容体ホモログ蛋白質のDNA結合ドメイン(hLRH-1 DBD)と2本鎖DNAの複合体 [ヒト]: PDB:2A66
• mRNA脱キャップ化酵素 Dcp2p [分裂酵母 Schizosaccharomyces pombe]: PDB:2A6T
• DNA依存性RNAポリメラーゼ/Tagetitoxin 複合体 [Thermus thermophilus（好熱性細菌）]: PDB:2BE5
• RNA干渉タンパク質（アルゴノート）のPiwiドメイン／siRNA様物質 複合体 [Archaeoglobus fulgidus（好熱性古細菌）]: PDB:2BGG
• リボヌクレアーゼ阻害タンパク質(RI) [ブタ]: PDB:2BNH
• リポ酸タンパク質リン酸化酵素(Lpl) [Thermoplasma acidophilum（好熱性古細菌）]: PDB:2C8M
• Cbf5-Nop10-Gar1複合体（プソイドウリジン化酵素の一部） [Pyrococcus furiosus（好熱性古細菌）]: PDB:2EY4
• RNase III (D44N) と二重鎖RNAの複合体 [Aquifex aeolicus（好熱性細菌）]: PDB:2EZ6
• ４番リジントリメチル化ヒストン3(H3K4me3) / 転写因子(BPTF)のPHDフィンガーリンカーブロモドメイン 複合体 [ヒト]: PDB:2F6J
• Dicer [ランブル鞭毛虫]: PDB:2FFL
• 転写制御因子CSL-Notch-Mastermind/DNA 複合体 [線虫]: PDB:2FO1
• チアミンピロリン酸特異性リボスイッチ [大腸菌（細菌）]: PDB:2GDI
• RNA: S-アデノシルメチオニン　リボスイッチ [好熱性細菌]: PDB:2GIS
• ヒストンリジン脱メチル化酵素LSD1 [ヒト]: PDB:2H94
• CIA-ヒストンH3-H4複合体 [ヒト]: PDB:2IO5
• エキソンジャンクション複合体 [ヒト]: PDB:2J0S
• レチノイン酸受容体／レチノイン酸複合体 [ヒト]: PDB:2LBD
• ユビキチン様蛋白質複合体 [ヒト]: PDB:2NVU
• イノシトール要求タンパク質-1(Ire1) [酵母]: PDB:2RIO

生体膜と低分子の輸送

• KcsAカリウム・イオンチャネル [放線菌（Streptomyces lividans）]: PDB:1BL8
• レチノール結合タンパク質 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1BRP
• カルモジュリン [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1CLL
• トランスフェリン（鉄輸送蛋白質）受容体(TfR) [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1CX8
• 鉄輸送蛋白質 フェリチン のH鎖（Lys86をGlnに置き換えた変異体） [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FHA
• 鉄輸送蛋白質 セロトランスフェリン（血清トランスフェリン） [ブタ（Sus scrofa）]: PDB:1H76
• 筋小胞体/小胞体カルシウムATPアーゼ1 [ウサギ]: PDB:1IWO
• ヒト心臓・トロポニン Ca2+飽和型 [ヒト]: PDB:1J1D
• 水チャネル・アクアポリン1 [ウシ]: PDB:1J4N
• カルシウムイオンによって開いたK+チャネル [メタン菌（古細菌）]: PDB:1LNQ
• アポリポタンパク質E3のLDL受容体結合ドメイン [ヒト]: PDB:1LPE
• ミオグロビン [マッコウクジラ]: PDB:1MBN
• 低比重リポ蛋白質(LDL)受容体（細胞外ドメイン） [ヒト]: PDB:1N7D
• アセチルコリン受容体 [ゴマフシビレエイ]: PDB:1OED
• 電位依存性カリウム・イオンチャネル KvAP [Aeropyrum pernix (好熱性古細菌)]: PDB:1ORQ
• 内向き整流性カリウム・イオンチャネル KirBac1.1 [Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)]: PDB:1P7B
• ホスホポリン [大腸菌]: PDB:1PHO
• 水チャネル・アクアポリン０ [ヒツジ]: PDB:1SOR
• ESCRT-II複合体 [パン酵母]: PDB:1U5T
• 血清アルブミン前駆体 [ヒト]: PDB:1UOR
• ポリン膜タンパク質 MspA [恥垢菌（Mycobacterium smegmatis、細菌）]: PDB:1UUN
• カルシウム・ポンプ [ウサギ]: PDB:1VFP
• ゴルジ体局在化因子TRAPP中のBet3p蛋白質 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1WC8
• グルタミン酸輸送体類似蛋白質 [好熱菌（古細菌）]: PDB:1XFH
• バクテリア・センサリーロドプシン（細菌感覚ロドプシン） [アナベナ（藍藻）]: PDB:1XIO
• ヌクレオポリン蛋白質Nup159のN末端ドメイン [パン酵母]: PDB:1XIP
• 酸化型αヘモグロビン/αヘモグロビン安定化タンパク質(AHSP) 複合体 [ヒト]: PDB:1Z8U
• ナトリウムイオン/水素イオン 逆輸送体 [大腸菌]: PDB:1ZCD
• カリウムイオンチャネル KcsA [放線菌]: PDB:1ZWI
• NaKチャネル [セレウス菌　Bacillus cereus]: PDB:2AHY
• CorA Mg2+輸送体 [Thermotoga maritima （好熱性細菌）]: PDB:2BBJ
• ペリプラズム結合タンパク質 [百日咳菌（細菌）]: PDB:2F5X
• Rab11/FIP2(RBD領域)複合体 [ヒト]: PDB:2GZD
• ABC輸送体 Sav1866 [黄色ブドウ球菌]: PDB:2HYD
• 機械刺激受容イオンチャネル [結核菌 (細菌)]: PDB:2OAR
• 外膜ポリンD2(OprD) [緑膿菌]: PDB:2ODJ
• ABC輸送体ModBC/ModA複合体 [Archaeoglobus fulgidus (好熱性古細菌)]: PDB:2ONK
• 酸感受性イオンチャネル ASIC1 [ニワトリ]: PDB:2QTS
• パドルキメラカリウムイオンチャネル [ラット]: PDB:2R9R
• 薬物排出ポンプ TolC [大腸菌]: PDB:2VDD
• 筋小胞体カルシウム・ポンプ [ウサギ]: PDB:2ZBD

タンパク質輸送

• クラスリン重鎖 [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1B89
• β-PIXのDBLホモロジードメイン [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1BY1
• ユビキチンリガーゼ(E6AP)/ユビキチン結合酵素(UbcH7)複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1C4Z
• ロドプシン [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1F88
• 多剤排出輸送体 AcrB [大腸菌]: PDB:1IWG
• タンパク質輸送チャネル secY/secG/secE 複合体 [メタン菌（古細菌）]: PDB:1RH5
• シグナル認識粒子(SRP)/受容体(SR)複合体 [好熱菌（細菌）]: PDB:1RJ9
• ペリプラズム・シャペロンSkp [大腸菌]: PDB:1SG2
• 長鎖脂肪酸トランスポータ(FadL) [大腸菌]: PDB:1T16
• 低分子量G蛋白質Rab5/Rabaptin5 C末端ドメイン 複合体 [ヒト]: PDB:1TU3
• ESCRT-II複合体 [パン酵母]: PDB:1U5T
• アンフィフィシン（膜曲率センサー蛋白質）のBARドメイン [キイロショウジョウバエ]: PDB:1URU
• 糖脂質輸送タンパク質GLTP [ウシ]: PDB:1WBE
• ゴルジ体局在化因子TRAPP中のBet3p蛋白質 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1WC8
• ミオシンV / カルモジュリン 複合体 [ニワトリ]: PDB:2DFS
• 小胞被覆蛋白質　Sec13/31複合体 [酵母]: PDB:2PM7
• Sec13-Nup145C８量体 [ヒト(Sec13)、酵母(Nup145C)]: PDB:3BG0

細胞内輸送・仕分け

• ADPリボース化因子1とADPリボース化因子結合タンパク質GGA1の複合体 [マウス]: PDB:1J2J
• ミオシンV / カルモジュリン 複合体 [ニワトリ]: PDB:2DFS
• ミトコンドリアのタンパク質輸入受容体 TOM 70 [酵母菌]: PDB:2GW1
• Sec13-Nup145C８量体 [ヒト(Sec13)、酵母(Nup145C)]: PDB:3BG0

ミトコンドリア

• ATP合成酵素（F0部分） [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1C17
• ATP合成酵素（F1部分） [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1E79
• チトクロムc酸化酵素（酸化前、CO結合状態） [ウシ]: PDB:1OCO
• チトクロム cペルオキシダーゼ [パン酵母]: PDB:2CYP
• ミトコンドリアのタンパク質輸入受容体 TOM 70 [酵母菌]: PDB:2GW1
• アポトーシス制御因子　Bcl-2 homologous antagonist/killer(BAK) [ヒト]: PDB:2IMS
• チトクロムc酸化酵素（酸化後、過酸化物イオン結合状態） [ウシ]: PDB:2OCC

葉緑体

• ATP合成酵素（F0部分） [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1C17
• ATP合成酵素（F1部分） [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1E79
• 光化学系II [Synechococcus elongatus (藍藻)]: PDB:1FE1
• 光化学系I P700クロロフィルaアポタンパクA1 [Synechococcus elongatus（藍藻）]: PDB:1JB0
• 集光性タンパク質B-800/850 [Rhodopseudomonas acidophila（光合成細菌）]: PDB:1KZU
• 光合成反応中心 [Rhodopseudomonas viridis (紅色光合成細菌)]: PDB:1PRC
• 光化学系IIの集光性複合体 (LHC-II) [ほうれん草]: PDB:1RWT
• シアノバクテリア光化学系II [Thermosynechococcus elongatus (藍藻)]: PDB:1S5L
• チトクロムb6f複合体 [Mastigocladus laminosus (藍藻)]: PDB:1VF5
• DNA依存性RNAポリメラーゼ/Tagetitoxin 複合体 [Thermus thermophilus（好熱性細菌）]: PDB:2BE5

信号伝達

• 蛋白質リン酸化酵素CheY/CheA複合体(バクテリア走化性) [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1A0O
• コラーゲン様モデルペプチド(T3-785ペプチド) [合成ペプチド (ヒト由来コラーゲン配列を含む)]: PDB:1BKV
• アンドロゲン受容体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1E3G
• MAPキナーゼ ERK2 [ドブネズミ（ラット、Rattus norvegicus）]: PDB:1ERK
• ロドプシン [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1F88
• サイクリンA/サイクリン依存性キナーゼ2(CDK-2) 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FIN
• Cdc42 / Cdc42GAP 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1GRN
• インターロイキン-1β [ヒト]: PDB:1I1B
• インターロイキン-1β変換酵素/活性阻害ペプチド 複合体 [ヒト]: PDB:1IBC
• インターロイキン-18 [ヒト]: PDB:1J0S
• ヒト心臓・トロポニン Ca2+飽和型 [ヒト]: PDB:1J1D
• ユビキチン・リガーゼ複合体 [パン酵母]: PDB:1LDD
• アセチルコリンエステラーゼとファシクリン2の複合体 [マウスとヘビ]: PDB:1MAH
• ヌクレオシド２リン酸リン酸化酵素(NDPキナーゼ) [キイロタマホコリカビ（細胞性粘菌）P105G変異体]: PDB:1NCL
• サイトカイン誘導型一酸化窒素合成酵素(iNOS)のヘムオキシゲナーゼドメイン [マウス]: PDB:1NOS
• アセチルコリン受容体 [ゴマフシビレエイ]: PDB:1OED
• 電位依存性カリウム・イオンチャネル KvAP [Aeropyrum pernix (好熱性古細菌)]: PDB:1ORQ
• ホスホリパーゼA2 [ヒト]: PDB:1POD
• シアル酸転移酵素CstII/CMP-NeuAc 複合体 [カンピロバクター (細菌)]: PDB:1RO7
• 神経成長因子(NGF)/受容体p75 複合体 [ヒト]: PDB:1SG1
• 低分子量G蛋白質Rab5/Rabaptin5 C末端ドメイン 複合体 [ヒト]: PDB:1TU3
• リン酸エステル加水分解酵素5（ホスホジエステラーゼ5、PDE5） [ヒト]: PDB:1UDT
• 菌類のガレクチン CGL2 [Coprinopsis cinerea (ヒトヨタケ)]: PDB:1UL9
• アデニル・サイクラーゼ／α、βメチレンATP複合体 [スピルリナ（藍藻）]: PDB:1WC0
• グルタミン酸輸送体類似蛋白質 [好熱菌（古細菌）]: PDB:1XFH
• ヒト胎盤ラクトゲン [ヒト]: PDB:1Z7C
• 神経伝達物質Na+/Cl-依存性輸送体の細菌相同体 [Aquifex aeolicus（好熱性細菌） VF5]: PDB:2A65
• 菌体密度感知タンパク質 SdiA [バクテリア(大腸菌)]: PDB:2AVX
• Rabex-5/ユビキチン複合体 [ヒト]: PDB:2C7N
• ウロキナーゼプラスミノゲン活性化因子（uPA）/可溶性受容体（suPAR）/受容体の抗体（ATN615）の複合体 [uPA,suPAR：ヒト　ATN615：ハツカネズミ（マウス）]: PDB:2FD6
• インテグリンBサブユニット細胞質ドメイン/タリンF3領域の複合体 [ニワトリ]: PDB:2H7E
• タンパク質脱リン酸化酵素2A(ヘテロ三量体ホロ酵素) [ヒト]: PDB:2IAE
• タンパク質脱リン酸化酵素2A [ヒト]: PDB:2NPP
• タンパク質脱リン酸化酵素2A (C末端除去された触媒サブユニットを持つ) [ヒト]: PDB:2NYM
• プロテインキナーゼＡ [マウス]: PDB:2QCS
• サルモネラ菌エフェクタータンパク質SopA [サルモネラ菌]: PDB:2QYU
• β2アドレナリン受容体 [ヒト]: PDB:2RH1
• Toll様受容体1(TLR1)/Toll様受容体2(TLR2)/リポペプチド　複合体 [ヒト]: PDB:2Z7X
• 成長ホルモン／受容体複合体 [ヒト]: PDB:3HHR
• インシュリン [ブタ]: PDB:4INS

細胞骨格

• フォルミン蛋白質Bni1p FH2ドメイン/ATP-actin 複合体 [パン酵母]: PDB:1Y64
• アポトーシス・プロテアーゼ活性因子1/ADP 複合体 [ヒト]: PDB:1Z6T
• Ta0583, 古細菌のアクチンホモログ [Thermoplasma acidophilum（好熱性古細菌）]: PDB:2FSN

細胞周期と細胞死

• アポトーシス誘導リガンド2(Apo2L,TRAIL)/細胞死受容体 5(DR5) 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1D0G
• サイクリンA/サイクリン依存性キナーゼ2(CDK-2) 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FIN
• インターロイキン-1β [ヒト]: PDB:1I1B
• インターロイキン-1β変換酵素/活性阻害ペプチド 複合体 [ヒト]: PDB:1IBC
• インターロイキン-18 [ヒト]: PDB:1J0S
• アポトーシス阻害剤BCL-XL [ヒト]: PDB:1MAZ
• C-H-RAS P21タンパク質触媒ドメイン（野生型） [ヒト]: PDB:1Q21
• 20S-プロテアソーム [パン酵母]: PDB:1RYP
• インテグリンα-IIb-β3/カコジル酸イオン 複合体 [ヒト]: PDB:1TYE
• PJS病関連蛋白質Mo25α／STE-20関連アダプター(STRAD)擬リン酸化酵素C末端複合体 [ヒト]: PDB:1UPK
• コレラ毒素 [コレラ菌]: PDB:1XTC
• テロメア反復部　結合タンパク質 [シロイヌナズナ]: PDB:2AJE
• タンパク質脱リン酸化酵素2A(ヘテロ三量体ホロ酵素) [ヒト]: PDB:2IAE
• アポトーシス制御因子　Bcl-2 homologous antagonist/killer(BAK) [ヒト]: PDB:2IMS
• レチノイン酸受容体／レチノイン酸複合体 [ヒト]: PDB:2LBD
• タンパク質脱リン酸化酵素2A [ヒト]: PDB:2NPP
• タンパク質脱リン酸化酵素2A (C末端除去された触媒サブユニットを持つ) [ヒト]: PDB:2NYM
• TGF-β3 －TGFβ受容体複合体 [ヒト]: PDB:2PJY
• C-H-RAS P21タンパク質触媒ドメイン(発癌性の G12V) [ヒト]: PDB:2Q21
• イノシトール要求タンパク質-1(Ire1) [酵母]: PDB:2RIO

細胞分裂

• MAPキナーゼ ERK2 [ドブネズミ（ラット、Rattus norvegicus）]: PDB:1ERK
• 転写因子c-Fos-c-Jun / DNA 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FOS
• フォルミン蛋白質Bni1p FH2ドメイン/ATP-actin 複合体 [パン酵母]: PDB:1Y64
• Rapタンパク質のグアニンヌクレオチド交換因子Epac [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:2BYV
• タンパク質脱リン酸化酵素2A [ヒト]: PDB:2NPP
• TGF-β3 －TGFβ受容体複合体 [ヒト]: PDB:2PJY

細胞結合・細胞接着

• コラーゲン様モデルペプチド(T3-785ペプチド) [合成ペプチド (ヒト由来コラーゲン配列を含む)]: PDB:1BKV
• アキソニンN末端ドメイン [ニワトリ（Gallus gallus）]: PDB:1CS6
• E-カドヘリン [マウス（ハツカネズミ、Mus musculus）]: PDB:1EDH
• 神経カドヘリン（N-カドヘリン） [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1NCI
• インテグリンα-IIb-β3/カコジル酸イオン 複合体 [ヒト]: PDB:1TYE
• 菌類のガレクチン CGL2 [Coprinopsis cinerea (ヒトヨタケ)]: PDB:1UL9
• 糖脂質輸送タンパク質GLTP [ウシ]: PDB:1WBE
• インテグリンBサブユニット細胞質ドメイン/タリンF3領域の複合体 [ニワトリ]: PDB:2H7E

生殖細胞

多細胞生物の発生

• 骨形成タンパク質BMP2/BR1A複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1ES7
• Oct4/Sox2/DNA 複合体 [ハツカネズミ（マウス、Mus musculus）、ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1GT0
• 神経カドヘリン（N-カドヘリン） [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1NCI
• 神経成長因子(NGF)/受容体p75 複合体 [ヒト]: PDB:1SG1
• 菌類のガレクチン CGL2 [Coprinopsis cinerea (ヒトヨタケ)]: PDB:1UL9
• トリプトファン-tRNA合成酵素（mini TrpRS） [ヒト]: PDB:1ULH
• アンフィフィシン（膜曲率センサー蛋白質）のBARドメイン [キイロショウジョウバエ]: PDB:1URU
• 核内受容体mSF-1/PG(リガンド)の複合体 [マウス]: PDB:1YMT
• 成長ホルモン／受容体複合体 [ヒト]: PDB:3HHR
• γ-Bクリスタリン（眼水晶体蛋白質） [ウシ]: PDB:4GCR

ガン

• アンドロゲン受容体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1E3G
• E-カドヘリン [マウス（ハツカネズミ、Mus musculus）]: PDB:1EDH
• MAPキナーゼ ERK2 [ドブネズミ（ラット、Rattus norvegicus）]: PDB:1ERK
• 転写因子c-Fos-c-Jun / DNA 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FOS
• Gal6ブレオマイシン加水分解酵素 [パン酵母（Saccharomyces cerevisiae）]: PDB:1GCB
• NAD(P)H:キノン酸化還元酵素1 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1GG5
• 熱ショックタンパク質HSP33 [大腸菌]: PDB:1HW7
• C-H-RAS P21タンパク質触媒ドメイン（野生型） [ヒト]: PDB:1Q21
• インターフェロン-α2B [ヒト]: PDB:1RH2
• SV40-ラージT抗原 [Simian virus 40 (ウイルス)]: PDB:1SVM
• インテグリンα-IIb-β3/カコジル酸イオン 複合体 [ヒト]: PDB:1TYE
• 菌類のガレクチン CGL2 [Coprinopsis cinerea (ヒトヨタケ)]: PDB:1UL9
• トリプトファン-tRNA合成酵素（mini TrpRS） [ヒト]: PDB:1ULH
• PJS病関連蛋白質Mo25α／STE-20関連アダプター(STRAD)擬リン酸化酵素C末端複合体 [ヒト]: PDB:1UPK
• Rapタンパク質のグアニンヌクレオチド交換因子Epac [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:2BYV
• ZEBRAタンパク質 / ２本鎖DNA 複合体 [エプスタイン・バール ウイルス（EBウイルス、ヒトヘルペスウイルス４型（HHV-4））]: PDB:2C9L
• ウロキナーゼプラスミノゲン活性化因子（uPA）/可溶性受容体（suPAR）/受容体の抗体（ATN615）の複合体 [uPA,suPAR：ヒト　ATN615：ハツカネズミ（マウス）]: PDB:2FD6
• ニコチンアミドホスホリボシル基転移酵素 (NMPRTase) / NMN 複合体 [ヒト]: PDB:2GVG
• ニコチンアミドホスホリボシル基転移酵素 (NMPRTase) / FK866 複合体 [ヒト]: PDB:2GVJ
• Tie2受容体細胞外ドメイン/Ang2 複合体 [ヒト]: PDB:2GY7
• タンパク質脱リン酸化酵素2A(ヘテロ三量体ホロ酵素) [ヒト]: PDB:2IAE
• レチノイン酸受容体／レチノイン酸複合体 [ヒト]: PDB:2LBD
• タンパク質脱リン酸化酵素2A [ヒト]: PDB:2NPP
• タンパク質脱リン酸化酵素2A (C末端除去された触媒サブユニットを持つ) [ヒト]: PDB:2NYM
• ABC輸送体ModBC/ModA複合体 [Archaeoglobus fulgidus (好熱性古細菌)]: PDB:2ONK
• C-H-RAS P21タンパク質触媒ドメイン(発癌性の G12V) [ヒト]: PDB:2Q21
• チロシンプロテインキナーゼc-Src/AMP-PNP 複合体 [ヒト]: PDB:2SRC
• シスプラチン／DNA複合体 [なし]: PDB:5BNA

免疫系・血液

• IgMリュウマチ因子のFab部分/IgG4 Fc 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1ADQ
• MHC/ウィルス由来ペプチド／T細胞受容体複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1AO7
• 血液凝固因子IX-結合タンパク質A [ハブ（Trimeresurus flavoviridis）]: PDB:1BJ3
• 血液凝固第VIII因子前駆体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1D7P
• 免疫グロブリンG1-κ D1.3 Fab(軽鎖) [ハツカネズミ（マウス、Mus musculus）]: PDB:1FDL
• 触媒抗体1F7（コリスミン酸ムターゼ活性） [ハツカネズミ（マウス、Mus musculus）]: PDB:1FIG
• 免疫抑制剤FK506/FKBP蛋白質 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FKF
• クラスI組織適合抗原(ヒト白血球抗原B*2705) [ヒト]: PDB:1HSA
• 熱ショックタンパク質HSP33 [大腸菌]: PDB:1HW7
• インターロイキン-1β [ヒト]: PDB:1I1B
• インターロイキン-1β変換酵素/活性阻害ペプチド 複合体 [ヒト]: PDB:1IBC
• 免疫グロブリン IGG2A [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1IGT
• 血液凝固因子X結合タンパク質 [ヒト]: PDB:1IOD
• インターロイキン-18 [ヒト]: PDB:1J0S
• ラクダの単一ドメインVH抗体／リゾチーム複合体 [ヒトコブラクダ]: PDB:1MEL
• ペニシリン・アシラーゼ／阻害剤複合体 [大腸菌]: PDB:1PNL
• インターフェロン-α2B [ヒト]: PDB:1RH2
• シアル酸転移酵素CstII/CMP-NeuAc 複合体 [カンピロバクター (細菌)]: PDB:1RO7
• 20S-プロテアソーム [パン酵母]: PDB:1RYP
• ナイシン（抗菌ペプチド）／脂質II複合体 [乳酸菌]: PDB:1WCO
• ガンマデルタT細胞受容体／MHC T22複合体 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1YPZ
• Toll様受容体3（TLR3）の細胞外ドメイン（ECD） [ヒト]: PDB:1ZIW
• シミアンウイルス５のVタンパク質 / ヒトのDDB1 複合体 [シミアンウイルス５ / ヒト]: PDB:2B5L
• キノロン耐性発現５残基反復蛋白質 MfpA [ヒト型結核菌（細菌）]: PDB:2BM4
• フィラミンA／インテグリンβ７末端断片 複合体 [ヒト]: PDB:2BRQ
• ウロキナーゼプラスミノゲン活性化因子（uPA）/可溶性受容体（suPAR）/受容体の抗体（ATN615）の複合体 [uPA,suPAR：ヒト　ATN615：ハツカネズミ（マウス）]: PDB:2FD6
• タンパク質脱リン酸化酵素2A (C末端除去された触媒サブユニットを持つ) [ヒト]: PDB:2NYM
• サルモネラ菌エフェクタータンパク質SopA [サルモネラ菌]: PDB:2QYU
• Toll様受容体1(TLR1)/Toll様受容体2(TLR2)/リポペプチド　複合体 [ヒト]: PDB:2Z7X
• α-トロンビン/ヒルジン複合体 [ヒト/ヒル]: PDB:4HTC

病原体・感染症

• 肝炎ウイルス・NS3プロテアーゼ [C型肝炎ウイルス（Hepatitis C virus）]: PDB:1A1R
• 口蹄疫ウイルス [口蹄疫ウイルス（Foot-and-mouth disease virus）]: PDB:1BBT
• ベロ毒素-1 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1BOV
• 足場タンパク質GPD [バクテリオファージ φ173（Enterobacteria phage phiX174）]: PDB:1CD3
• 主要プリオンタンパク質1前駆体 [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1DX0
• ボツリヌス神経毒素タイプB [ボツリヌス菌（Clostridium botulinum）]: PDB:1EPW
• ボツリヌス神経毒素タイプB/シアリルラクトース複合体 [ボツリヌス菌（Clostridium botulinum）]: PDB:1F31
• ボツリヌス神経毒素タイプB/亜鉛イオン・ビス(5-アミジノ-2-ベンジミダゾリル)メタン複合体 [ボツリヌス菌（Clostridium botulinum）]: PDB:1G9B
• エンベロープタンパク質gp120 [エイズウイルス１型（Human Immunodeficiency Virus type 1）]: PDB:1GC1
• インフルエンザAサブタイプN2ノイラミニダーゼ [インフルエンザウイルス]: PDB:1IVD
• 炭疽菌致死因子 [炭疽菌]: PDB:1J7N
• B細胞活性化因子(BAFF)/BAFF受容体(BAFF-R) 複合体 [ヒト]: PDB:1OTZ
• 内向き整流性カリウム・イオンチャネル KirBac1.1 [Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)]: PDB:1P7B
• 主要プリオンタンパク質前駆体 [ヒト]: PDB:1QLX
• インターフェロン-α2B [ヒト]: PDB:1RH2
• VP4スパイク様蛋白質 [ロタウィルス]: PDB:1SLQ
• SARSコロナウィルス・メインプロテイナーゼ [SARSコロナウイルス]: PDB:1UJ1
• ポリシアル酸分解酵素（エンドシアリダーゼ） [バクテリオファージK1F]: PDB:1V0E
• バナジウムを含むクロロペルオキシダーゼ（CPO） [Curvularia inaequalis（真菌類）]: PDB:1VNC
• RNAパッキングモーター蛋白質P4 [バクテリオファージ phi12]: PDB:1W44
• 毒素RelB/抗毒素RelE複合体 [Pyrococcus horikoshii（好熱性古細菌）]: PDB:1WMI
• コレラ毒素 [コレラ菌]: PDB:1XTC
• Sup35由来のアミロイド様原線維形成ペプチド断片GNNQQNY [パン酵母]: PDB:1YJP
• ペプチドグリカン L,D-トランスペプチダーゼ [腸球菌　Enterococcus faecium]: PDB:1ZAT
• 芳香族化合物を基質とするプレニル基転移酵素 Orf2 [放線菌CL190株（細菌）]: PDB:1ZB6
• 肝炎ウィルスレプリカーゼNS5A [C型肝炎ウィルス]: PDB:1ZH1
• シミアンウイルス５のVタンパク質 / ヒトのDDB1 複合体 [シミアンウイルス５ / ヒト]: PDB:2B5L
• キノロン耐性発現５残基反復蛋白質 MfpA [ヒト型結核菌（細菌）]: PDB:2BM4
• CmcI, セファマイシン生合成に関連する酵素 [放線菌]: PDB:2BR4
• ZEBRAタンパク質 / ２本鎖DNA 複合体 [エプスタイン・バール ウイルス（EBウイルス、ヒトヘルペスウイルス４型（HHV-4））]: PDB:2C9L
• SARSコロナウイルス ORF-9bタンパク質 [ヒト重症急性呼吸器症候群(SARS)ウイルス]: PDB:2CME
• リパーゼ（LipA）／リパーゼシャペロン（Lif） 複合体 [イネもみ枯細菌病菌（Burkholderia glumae、細菌）]: PDB:2ES4
• βセクレターゼ 2 (BACE2) [ヒト]: PDB:2EWY
• ペリプラズム結合タンパク質 [百日咳菌（細菌）]: PDB:2F5X
• Beta-2-ミクログロブリン [ヒト]: PDB:2F8O
• Dicer [ランブル鞭毛虫]: PDB:2FFL
• ミトコンドリアRNA結合タンパク質(MRP1/MRP2)-RNA複合体 [Trypanosoma brucei（アフリカ睡眠病病原虫）]: PDB:2GJE
• NS2-3プロテアーゼ [C型肝炎ウイルス(HCV)]: PDB:2HD0
• RNAリガーゼRnl2／AMP 複合体 [バクテリオファージT4（ウイルス）]: PDB:2HVQ
• 卵白リゾチーム [ニワトリ]: PDB:2LYZ
• HIV-1エンベロープタンパク質gp120とb12抗体の複合体 [ヒト]: PDB:2NY7
• チロシンプロテインキナーゼc-Src/AMP-PNP 複合体 [ヒト]: PDB:2SRC
• 薬物排出ポンプ TolC [大腸菌]: PDB:2VDD
• 逆転写酵素/転写阻害剤ネビラピン 複合体 [エイズウイルス１型]: PDB:3HVT
• β-ラクタマーゼ [Bacillus licheniformis (細菌)]: PDB:4BLM
• ヒトライノウイルス14コートタンパク質 [ライノウイルス14（ヒト カゼウイルス）]: PDB:4RHV
• HIV-1 プロテアーゼ [エイズウイルス１型]: PDB:7HVP

その他

• アルデヒドフェレドキシン酸化還元酵素（AOR） [パイロコッカス・フリオサス（Pyrococcus furiosus、好熱性古細菌）]: PDB:1AOR
• アクチン/DNアーゼI 複合体 [アナウサギ（Oryctolagus cuniculus）]: PDB:1ATN
• ミオシンH鎖 [イタヤガイの仲間（Argopecten irradians）]: PDB:1B7T
• 制限酵素BamHI/DNA複合体 [Bacillus amyloliquefaciens (細菌)]: PDB:1BHM
• デチオビオチン合成酵素（DBTS） [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1BYI
• コラーゲン様ペプチド [ヒト?]: PDB:1CAG
• セルラーゼ CelC [Clostridium thermocellum（好熱性細菌）]: PDB:1CEO
• プロスタグランジンH2合成酵素1/フルルビプロフェン 複合体 [ヒツジ（Ovis aries）]: PDB:1CQE
• クランビン [アビシニアンキャベツ（Crambe abyssinica）]: PDB:1CRN
• アルコール脱水素酵素クラスIVσ鎖 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1D1S
• D-アミノ酸アミノ基転移酵素 [好熱菌PS3]: PDB:1DAA
• チオール:ジスルフィド交換タンパク質DsbC [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1EEJ
• 緑色蛍光タンパク質 [オワンクラゲ（Aequorea victoria）]: PDB:1EMA
• クラスタシアニン [ヨーロピアン・ロブスター（Homarus gammarus）]: PDB:1GKA
• PCB分解酵素 [Burkholderia cepacia（細菌）]: PDB:1HAN
• リパーゼ [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1HLG
• アルギナーゼI/nor-NOHA 複合体 [ドブネズミ（ラット、Rattus norvegicus）]: PDB:1HQH
• RNA2'-O-リボースメチル基転移酵素様蛋白質(RrmA) [Thermus thermophilus（好熱性細菌）]: PDB:1IPA
• 5-メチルウリジン メチル基転移酵素 TrmA [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:3BT7
• 3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素(IMDH) [Thermus thermophilus（好熱性細菌）]: PDB:1IPD
• Trp-cage設計蛋白質TC5b [なし（合成）]: PDB:1L2Y
• ルシフェラーゼ [北アメリカホタル]: PDB:1LCI
• RNAハンマーヘッド型リボザイム [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1MME
• リジル基酸化酵素 [Pichia pastoris (メタノール資化酵母)]: PDB:1N9E
• アミドヒドロラーゼ　Tm0936 [Thermotoga maritima (好熱菌)]: PDB:1P1M
• 脱皮ホルモン受容体（EcR/USP）／ステロイド系リガンド（ponA） 複合体 [オオタバコガ]: PDB:1R1K
• フラビン酵素Ero1p [パン酵母]: PDB:1RP4
• αアミラーゼ [ヒト]: PDB:1SMD
• スーパーオキシドジスムターゼ [ヒト]: PDB:1SPD
• トリオースリン酸異性化酵素（トリオースリン酸イソメラーゼ、TIM） [ニワトリ]: PDB:1TPH
• トリプシン [ヒト]: PDB:1TRN
• 人工ヌクレオチド結合蛋白質(ANBP)/ADP複合体 [なし（合成）]: PDB:1UW1
• ラノステロール合成酵素 [ヒト]: PDB:1W6J
• ピルビン酸脱水素酵素複合体 [Geobacillus stearothermophilus（好熱性細菌）]: PDB:1W85
• アセチル補酵素A (CoA) カルボキシラーゼ [パン酵母]: PDB:1W93
• 抗凍結蛋白質アイソフォームhplc6 [カレイ]: PDB:1WFB
• アセト乳酸合成酵素 [シロイヌナズナ]: PDB:1YBH
• I型制限修飾酵素の特異性サブユニット [メタン菌（古細菌）]: PDB:1YF2
• 3-ケトアシル-CoA チオラーゼ2 [シロイヌナズナ]: PDB:2C7Y
• インスリン分解酵素とインスリンB鎖の複合体 [ヒト]: PDB:2G54
• コレステロールエステル転移酵素 [ヒト]: PDB:2OBD
• グルタミン酸脱炭酸酵素1(GAD67)/補因子PLP複合体 [ヒト]: PDB:2OKJ
• 祖先コルチコイド受容体 / アルドステロン 複合体 [なし（合成）]: PDB:2Q1H
• ニトロゲナーゼ・モリブデン鉄タンパク [Azotobacter vinelandii (好気性窒素固定細菌)]: PDB:3MIN
• パパイン [パパイヤ]: PDB:9PAP