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目次
酵素
- アルコール脱水素酵素クラスIVσ鎖 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1D1S
- 3-イソプロピルリンゴ酸脱水素酵素(IMDH) [Thermus thermophilus（好熱性細菌）]: PDB:1IPD
- バナジウムを含むクロロペルオキシダーゼ（CPO） [Curvularia inaequalis（真菌類）]: PDB:1VNC
- チトクロム cペルオキシダーゼ [パン酵母]: PDB:2CYP
- PCB分解酵素 [Burkholderia cepacia（細菌）]: PDB:1HAN
- ルシフェラーゼ [北アメリカホタル]: PDB:1LCI
- スーパーオキシドジスムターゼ [ヒト]: PDB:1SPD
- リボヌクレオチド還元酵素R2 [大腸菌]: PDB:1MXR
- ピルビン酸脱水素酵素複合体 [Geobacillus stearothermophilus（好熱性細菌）]: PDB:1W85
- チトクロムc酸化酵素（酸化前、CO結合状態） [ウシ]: PDB:1OCO
- チトクロムc酸化酵素（酸化後、過酸化物イオン結合状態） [ウシ]: PDB:2OCC
- D-アミノ酸アミノ基転移酵素 [好熱菌PS3]: PDB:1DAA
- ヌクレオシド２リン酸リン酸化酵素(NDPキナーゼ) [キイロタマホコリカビ（細胞性粘菌）P105G変異体]: PDB:1NCL
- リパーゼ [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1HLG
- ホスホリパーゼA2 [ヒト]: PDB:1POD
- リボヌクレアーゼA/阻害剤(RI) 複合体 [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1DFJ
- リボヌクレアーゼ阻害タンパク質(RI) [ブタ]: PDB:2BNH
- リン酸エステル加水分解酵素5（ホスホジエステラーゼ5、PDE5） [ヒト]: PDB:1UDT
- αアミラーゼ [ヒト]: PDB:1SMD
- ポリシアル酸分解酵素（エンドシアリダーゼ） [バクテリオファージK1F]: PDB:1V0E
- 卵白リゾチーム [ニワトリ]: PDB:2LYZ
- トリプシン [ヒト]: PDB:1TRN
- Gal6ブレオマイシン加水分解酵素 [パン酵母（Saccharomyces cerevisiae）]: PDB:1GCB
- 20S-プロテアソーム [パン酵母]: PDB:1RYP
- ペニシリン・アシラーゼ／阻害剤複合体 [大腸菌]: PDB:1PNL
- ATP合成酵素（F1部分） [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1E79
- ATP合成酵素（F0部分） [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1C17
- トリオースリン酸異性化酵素（トリオースリン酸イソメラーゼ、TIM） [ニワトリ]: PDB:1TPH
- ラノステロール合成酵素 [ヒト]: PDB:1W6J
- トリプトファン-tRNA合成酵素（mini TrpRS） [ヒト]: PDB:1ULH
- リポ酸タンパク質リン酸化酵素(Lpl) [Thermoplasma acidophilum（好熱性古細菌）]: PDB:2C8M
- デチオビオチン合成酵素（DBTS） [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1BYI
- アセチル補酵素A (CoA) カルボキシラーゼ [パン酵母]: PDB:1W93
- タンパク質脱リン酸化酵素2A(ヘテロ三量体ホロ酵素) [ヒト]: PDB:2IAE
- グルタミン酸脱炭酸酵素1(GAD67)/補因子PLP複合体 [ヒト]: PDB:2OKJ
免疫系
- 免疫グロブリン IGG2A [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1IGT
- 免疫グロブリンG1-κ D1.3 Fab(軽鎖) [ハツカネズミ（マウス、Mus musculus）]: PDB:1FDL
- 触媒抗体1F7（コリスミン酸ムターゼ活性） [ハツカネズミ（マウス、Mus musculus）]: PDB:1FIG
- クラスI組織適合抗原(ヒト白血球抗原B*2705) [ヒト]: PDB:1HSA
- 免疫抑制剤FK506/FKBP蛋白質 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FKF
- IgMリュウマチ因子のFab部分/IgG4 Fc 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1ADQ
- MHC/ウィルス由来ペプチド／T細胞受容体複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1AO7
- ガンマデルタT細胞受容体／MHC T22複合体 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1YPZ
- ラクダの単一ドメインVH抗体／リゾチーム複合体 [ヒトコブラクダ]: PDB:1MEL
- ナイシン（抗菌ペプチド）／脂質II複合体 [乳酸菌]: PDB:1WCO
- キノロン耐性発現５残基反復蛋白質 MfpA [ヒト型結核菌（細菌）]: PDB:2BM4
毒素など
- コレラ毒素 [コレラ菌]: PDB:1XTC
- 血液凝固因子IX-結合タンパク質A [ハブ（Trimeresurus flavoviridis）]: PDB:1BJ3
- 血液凝固因子X結合タンパク質 [ヒト]: PDB:1IOD
- 炭疽菌致死因子 [炭疽菌]: PDB:1J7N
- 毒素RelB/抗毒素RelE複合体 [Pyrococcus horikoshii（好熱性古細菌）]: PDB:1WMI
- ベロ毒素-1 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1BOV
- ボツリヌス神経毒素タイプB [ボツリヌス菌（Clostridium botulinum）]: PDB:1EPW
- ボツリヌス神経毒素タイプB/亜鉛イオン・ビス(5-アミジノ-2-ベンジミダゾリル)メタン複合体 [ボツリヌス菌（Clostridium botulinum）]: PDB:1G9B
- ボツリヌス神経毒素タイプB/シアリルラクトース複合体 [ボツリヌス菌（Clostridium botulinum）]: PDB:1F31
ウイルスなど
- 逆転写酵素/転写阻害剤ネビラピン 複合体 [エイズウイルス１型]: PDB:3HVT
- エンベロープタンパク質gp120 [エイズウイルス１型（Human Immunodeficiency Virus type 1）]: PDB:1GC1
- ヒトライノウイルス14コートタンパク質 [ライノウイルス14（ヒト カゼウイルス）]: PDB:4RHV
- 口蹄疫ウイルス [口蹄疫ウイルス（Foot-and-mouth disease virus）]: PDB:1BBT
- インフルエンザAサブタイプN2ノイラミニダーゼ [インフルエンザウイルス]: PDB:1IVD
- HIV-1 プロテアーゼ [エイズウイルス１型]: PDB:7HVP
- 足場タンパク質GPD [バクテリオファージ φ173（Enterobacteria phage phiX174）]: PDB:1CD3
- 肝炎ウイルス・NS3プロテアーゼ [C型肝炎ウイルス（Hepatitis C virus）]: PDB:1A1R
- VP4スパイク様蛋白質 [ロタウィルス]: PDB:1SLQ
- 肝炎ウィルスレプリカーゼNS5A [C型肝炎ウィルス]: PDB:1ZH1
- SARSコロナウィルス・メインプロテイナーゼ [SARSコロナウイルス]: PDB:1UJ1
- HIV-1エンベロープタンパク質gp120とb12抗体の複合体 [ヒト]: PDB:2NY7
- サルモネラ菌エフェクタータンパク質SopA [サルモネラ菌]: PDB:2QYU
遺伝子類とそれらの制御
- DNA [なし（合成）]: PDB:1BNA
- トリプトファン オペロン リプレッサ/オペレータ複合体 [大腸菌]: PDB:1TRO
- アルギニルtRNA合成酵素／tRNA／アルギニン 複合体 [パン酵母（Saccharomyces cerevisiae）]: PDB:1F7U
- DNA依存性RNAポリメラーゼII [パン酵母]: PDB:1I6H
- DNA修復酵素 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1EWN
- Taqポリメラーゼ（DNA合成酵素）/DNA 複合体 [好熱菌]: PDB:1TAU
- 制限酵素EcoRV/DNA 複合体（DNA切断前、Mg2+イオンなし） [大腸菌]: PDB:1RVA
- 制限酵素EcoRV/DNA 複合体（DNA切断後、Mg2+イオンあり） [大腸菌]: PDB:1RVC
- 転写活性化因子GCN4/DNA 複合体 [パン酵母]: PDB:1YSA
- XPD ヘリカーゼ [超好熱好酸性古細菌]: PDB:3CRV
- 転写因子Zif268のジンクフィンガー（DNA結合部位）/DNA 複合体 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1ZAA
- リボソーム・リサイクリング因子（RRF） [Thermotoga maritima（好熱性細菌）]: PDB:1DD5
- 真核生物のポリペプチド鎖終結因子eRF1 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1DT9
- 複製終結蛋白質(Tus)／DNA複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1ECR
- 転写因子c-Fos-c-Jun / DNA 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FOS
- mRNAデキャッピング酵素Dcp1p [パン酵母]: PDB:1Q67
- 転写因子IIB/RNAポリメラーゼII複合体 [パン酵母]: PDB:1R5U
- DNAプライマーゼ機能を持つポリメラーゼ [Sulfolobus islandicus（古細菌）]: PDB:1RNI
- アデニンDNAグリコシラーゼ(MutY)と損傷DNA複合体 [Bacillus stearothermophilus（好熱性細菌）]: PDB:1RRQ
- RNAポリメラーゼII／転写複合体 [パン酵母]: PDB:1SFO
- クランプローダー(RFC)とDNAクランプ(PCNA)複合体 [パン酵母]: PDB:1SXJ
- グループI自己スプライシングイントロン／エクソン複合体 [ヒト]: PDB:1U6B
- アルゴノート（RNA干渉蛋白質） [Pyrococcus furiosus（好熱性古細菌）]: PDB:1U04
- 最小RISC構造を作るヒト・アルゴノート2 [Pyrococcus furiosus (好熱性古細菌)]: PDB:1Z25
- DNA修復酵素複合体RecBCD [大腸菌]: PDB:1W36
- RNAパッキングモーター蛋白質P4 [バクテリオファージ phi12]: PDB:1W44
- ヒト・テロメアDNA（22塩基、１本鎖） [ヒト]: PDB:1KF1
- 真核生物Rad54のクロマチン再構築ドメイン [ゼブラ・フィッシュ]: PDB:1Z3I
- RNA干渉タンパク質（アルゴノート）のPiwiドメイン／siRNA様物質 複合体 [Archaeoglobus fulgidus（好熱性古細菌）]: PDB:2BGG
- 大腸菌DNAポリメラーゼβサブユニット [大腸菌]: PDB:2POL
- 大腸菌DNAポリメラーゼβサブユニットとDNAの複合体 [大腸菌]: PDB:3BEP
- 性決定（Sxl）蛋白質／RNA複合体 [キイロショウジョウバエ（Drosophila melanogaster）]: PDB:1B7F
- 制限酵素BamHI/DNA複合体 [Bacillus amyloliquefaciens (細菌)]: PDB:1BHM
- Trp RNA結合減衰蛋白質(TRAP)／RNA複合体 [バシラス・ステアロサーモフィラス（Bacillus stearothermophilus、好熱性細菌）]: PDB:1C9S
- カタボライト遺伝子活性化蛋白質(CAP)/DNA複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1CGP
- Metリプレッサー／オペレーター複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1CMA
- ヒト8-オキソグアニンDNAグリコシラーゼ (hOGG1、損傷DNA修復酵素)/DNA複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1EBM
- 哺乳類のポリAポリメラーゼ [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1F5A
- ラクトースリプレッサー [大腸菌]: PDB:1LBI
- デオキシリボジピリミジン 光回復酵素／DNA複合体 [Synechococcus sp. PCC 6301 (藍藻)]: PDB:1TEZ
- セリン/アルギニンリッチ(SR)蛋白質リン酸化酵素 SRPK1 / ペプチド複合体 [ヒト]: PDB:1WBP
- インテインPI-SceIホーミングエンドヌクレアーゼ [パン酵母（Saccharomyces cerevisiae）]: PDB:1DFA
- インテインPI-SceIホーミングエンドヌクレアーゼ/DNA 複合体 [パン酵母]: PDB:1LWS
- YibKメチル基転移酵素（結び目蛋白質）/阻害剤(AdoHcy)複合体 [インフルエンザ菌（細菌）]: PDB:1MXI
- RNA2'-O-リボースメチル基転移酵素様蛋白質(RrmA) [Thermus thermophilus（好熱性細菌）]: PDB:1IPA
- 5-メチルウリジン メチル基転移酵素 TrmA [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:3BT7
- グループIリボザイム（自己スプライシングイントロン）／産生物複合体 [バクテリオファージ トゥウォート（ウイルス）]: PDB:1Y0Q
- CCA付加酵素 [Archaeoglobus fulgidus (古細菌)]: PDB:1UET
- ヒストン修飾タンパク質WRD5/ヒストンH3 複合体 [ヒト]: PDB:2H13
- FtsK(C端)の六量体 [Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)]: PDB:2IUU
ガン関連
- C-H-RAS P21タンパク質触媒ドメイン（野生型） [ヒト]: PDB:1Q21
- C-H-RAS P21タンパク質触媒ドメイン(発癌性の G12V) [ヒト]: PDB:2Q21
- NAD(P)H:キノン酸化還元酵素1 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1GG5
- インターロイキン-18 [ヒト]: PDB:1J0S
- シスプラチン／DNA複合体 [なし]: PDB:5BNA
- SV40-ラージT抗原 [Simian virus 40 (ウイルス)]: PDB:1SVM
- PJS病関連蛋白質Mo25α／STE-20関連アダプター(STRAD)擬リン酸化酵素C末端複合体 [ヒト]: PDB:1UPK
- アルギナーゼI/nor-NOHA 複合体 [ドブネズミ（ラット、Rattus norvegicus）]: PDB:1HQH
- ニコチンアミドホスホリボシル基転移酵素 (NMPRTase) / FK866 複合体 [ヒト]: PDB:2GVJ
植物関連
- 集光性タンパク質B-800/850 [Rhodopseudomonas acidophila（光合成細菌）]: PDB:1KZU
- 光化学系I P700クロロフィルaアポタンパクA1 [Synechococcus elongatus（藍藻）]: PDB:1JB0
- 光化学系II [Synechococcus elongatus (藍藻)]: PDB:1FE1
- 光合成反応中心 [Rhodopseudomonas viridis (紅色光合成細菌)]: PDB:1PRC
- ニトロゲナーゼ・モリブデン鉄タンパク [Azotobacter vinelandii (好気性窒素固定細菌)]: PDB:3MIN
- パパイン [パパイヤ]: PDB:9PAP
- クランビン [アビシニアンキャベツ（Crambe abyssinica）]: PDB:1CRN
- シアノバクテリア光化学系II [Thermosynechococcus elongatus (藍藻)]: PDB:1S5L
- 光化学系IIの集光性複合体 (LHC-II) [ほうれん草]: PDB:1RWT
- チトクロムb6f複合体 [Mastigocladus laminosus (藍藻)]: PDB:1VF5
- 古細菌のRrp4エクソソーム [Archaeoglobus fulgidus (古細菌) ]: PDB:2BA0
動き
- ミオシンH鎖 [イタヤガイの仲間（Argopecten irradians）]: PDB:1B7T
- アクチン/DNアーゼI 複合体 [アナウサギ（Oryctolagus cuniculus）]: PDB:1ATN
- ヒト心臓・トロポニン Ca2+飽和型 [ヒト]: PDB:1J1D
- フォルミン蛋白質Bni1p FH2ドメイン/ATP-actin 複合体 [パン酵母]: PDB:1Y64
- Ta0583, 古細菌のアクチンホモログ [Thermoplasma acidophilum（好熱性古細菌）]: PDB:2FSN
薬物標的
- プロスタグランジンH2合成酵素1/フルルビプロフェン 複合体 [ヒツジ（Ovis aries）]: PDB:1CQE
- β-ラクタマーゼ [Bacillus licheniformis (細菌)]: PDB:4BLM
- βセクレターゼ 2 (BACE2) [ヒト]: PDB:2EWY
- ニコチンアミドホスホリボシル基転移酵素 (NMPRTase) / NMN 複合体 [ヒト]: PDB:2GVG
タンパク質の折り畳み
- シャペロニン(GroEL-GroES)/ADP複合体 [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1AON
- チオール:ジスルフィド交換タンパク質DsbC [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1EEJ
- 熱ショックタンパク質HSP33 [大腸菌]: PDB:1HW7
- 熱ショックタンパク質Hsc70/Hsp110の複合体 [ウシ/酵母]: PDB:3C7N
- フラビン酵素Ero1p [パン酵母]: PDB:1RP4
- ペリプラズム・シャペロンSkp [大腸菌]: PDB:1SG2
- リボソーム・シャペロントリガー因子／50Sリボソーム複合体 [大腸菌]: PDB:1W26
- Trp-cage設計蛋白質TC5b [なし（合成）]: PDB:1L2Y
酸素輸送と貯蔵
ホルモン，サイトカインと受容体
細胞制御とアポトーシス
- サイクリンA/サイクリン依存性キナーゼ2(CDK-2) 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FIN
- インターロイキン-1β変換酵素/活性阻害ペプチド 複合体 [ヒト]: PDB:1IBC
- アポトーシス阻害剤BCL-XL [ヒト]: PDB:1MAZ
- チロシンプロテインキナーゼc-Src/AMP-PNP 複合体 [ヒト]: PDB:2SRC
- シアル酸転移酵素CstII/CMP-NeuAc 複合体 [カンピロバクター (細菌)]: PDB:1RO7
- インテグリンα-IIb-β3/カコジル酸イオン 複合体 [ヒト]: PDB:1TYE
- アポトーシス・プロテアーゼ活性因子1/ADP 複合体 [ヒト]: PDB:1Z6T
- アキソニンN末端ドメイン [ニワトリ（Gallus gallus）]: PDB:1CS6
- アポトーシス誘導リガンド2(Apo2L,TRAIL)/細胞死受容体 5(DR5) 複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1D0G
- Rabex-5/ユビキチン複合体 [ヒト]: PDB:2C7N
- インテグリンBサブユニット細胞質ドメイン/タリンF3領域の複合体 [ニワトリ]: PDB:2H7E
- イノシトール要求タンパク質-1(Ire1) [酵母]: PDB:2RIO
金属輸送，ポンプとチャネル
- 鉄輸送蛋白質 セロトランスフェリン（血清トランスフェリン） [ブタ（Sus scrofa）]: PDB:1H76
- トランスフェリン（鉄輸送蛋白質）受容体(TfR) [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1CX8
- 鉄輸送蛋白質 フェリチン のH鎖（Lys86をGlnに置き換えた変異体） [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1FHA
- カルモジュリン [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1CLL
- カルシウムイオンによって開いたK+チャネル [メタン菌（古細菌）]: PDB:1LNQ
- 機械刺激受容イオンチャネル [結核菌 (細菌)]: PDB:2OAR
- 水チャネル・アクアポリン０ [ヒツジ]: PDB:1SOR
- カルシウム・ポンプ [ウサギ]: PDB:1VFP
- 筋小胞体カルシウム・ポンプ [ウサギ]: PDB:2ZBD
- KcsAカリウム・イオンチャネル [放線菌（Streptomyces lividans）]: PDB:1BL8
- 水チャネル・アクアポリン1 [ウシ]: PDB:1J4N
- 電位依存性カリウム・イオンチャネル KvAP [Aeropyrum pernix (好熱性古細菌)]: PDB:1ORQ
- 内向き整流性カリウム・イオンチャネル KirBac1.1 [Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)]: PDB:1P7B
- カリウムイオンチャネル KcsA [放線菌]: PDB:1ZWI
- 筋小胞体/小胞体カルシウムATPアーゼ1 [ウサギ]: PDB:1IWO
- ホスホポリン [大腸菌]: PDB:1PHO
- 外膜ポリンD2(OprD) [緑膿菌]: PDB:2ODJ
物質輸送
信号伝達
- ロドプシン [ウシ（Bos taurus）]: PDB:1F88
- 蛋白質リン酸化酵素CheY/CheA複合体(バクテリア走化性) [大腸菌（Escherichia coli）]: PDB:1A0O
- β-PIXのDBLホモロジードメイン [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1BY1
- ユビキチン・リガーゼ複合体 [パン酵母]: PDB:1LDD
- ESCRT-II複合体 [パン酵母]: PDB:1U5T
- 菌類のガレクチン CGL2 [Coprinopsis cinerea (ヒトヨタケ)]: PDB:1UL9
- ゴルジ体局在化因子TRAPP中のBet3p蛋白質 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1WC8
- バクテリア・センサリーロドプシン（細菌感覚ロドプシン） [アナベナ（藍藻）]: PDB:1XIO
- 核受容体CAR/逆作用薬複合体 [マウス（ハツカネズミ）]: PDB:1XNX
- ユビキチンリガーゼ(E6AP)/ユビキチン結合酵素(UbcH7)複合体 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1C4Z
- アルギナーゼI/nor-NOHA 複合体 [ドブネズミ（ラット、Rattus norvegicus）]: PDB:1HQH
- MAPキナーゼ ERK2 [ドブネズミ（ラット、Rattus norvegicus）]: PDB:1ERK
- シグナル認識粒子(SRP)/受容体(SR)複合体 [好熱菌（細菌）]: PDB:1RJ9
- 核受容体hLRH-1/SHPのNR box1モチーフ 複合体 [ヒト]: PDB:1YUC
- 低分子量G蛋白質Rab5/Rabaptin5 C末端ドメイン 複合体 [ヒト]: PDB:1TU3
- ヒト肝臓受容体ホモログ蛋白質のDNA結合ドメイン(hLRH-1 DBD)と2本鎖DNAの複合体 [ヒト]: PDB:2A66
- アデニル・サイクラーゼ／α、βメチレンATP複合体 [スピルリナ（藍藻）]: PDB:1WC0
- SUMO1共役チミンDNAグリコシラーゼ [ヒト]: PDB:1WYW
- 転写制御因子CSL-Notch-Mastermind/DNA 複合体 [線虫]: PDB:2FO1
- レチノール結合タンパク質 [ヒト（Homo sapiens）]: PDB:1BRP
- 菌体密度感知タンパク質 SdiA [バクテリア(大腸菌)]: PDB:2AVX
- 核内受容体mSF-1/PG(リガンド)の複合体 [マウス]: PDB:1YMT
発色蛋白質
- クラスタシアニン [ヨーロピアン・ロブスター（Homarus gammarus）]: PDB:1GKA
- 緑色蛍光タンパク質 [オワンクラゲ（Aequorea victoria）]: PDB:1EMA
生体の維持構成
人工蛋白質
- Trp-cage設計蛋白質TC5b [なし（合成）]: PDB:1L2Y
- 人工ヌクレオチド結合蛋白質(ANBP)/ADP複合体 [なし（合成）]: PDB:1UW1
その他
執筆中
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