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万見
- PDB-8xv5: Pyridoxamine-bound human SLC19A3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8xv5
タイトルPyridoxamine-bound human SLC19A3
要素Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / SLC19A3 / pyridoxamine (ピリドキサミン)
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / transmembrane transport / electron transfer activity / ペリプラズム ...pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / transmembrane transport / electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / heme binding / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Thiamine transporter 2 / Reduced folate carrier / Reduced folate carrier / MFS transporter superfamily / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PXM / Soluble cytochrome b562 / Thiamine transporter 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Dang, Y. / Wang, G.P. / Zhang, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFA1302300 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Substrate and drug recognition mechanisms of SLC19A3.
著者: Yu Dang / Tianyi Zhang / Shabareesh Pidathala / Guopeng Wang / Yijie Wang / Nanhao Chen / Chen Song / Chia-Hsueh Lee / Zhe Zhang /
履歴
登録2024年1月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0782
ポリマ－67,9101
非ポリマー1681
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2 / Cytochrome b-562 / ThTr-2 / ThTr2 / Solute carrier family 19 member 3


分子量: 67910.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: cybC, SLC19A3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0ABE7, UniProt: Q9BZV2
#2: 化合物 ChemComp-PXM / 4-(AMINOMETHYL)-5-(HYDROXYMETHYL)-2-METHYLPYRIDIN-3-OL / PYRIDOXAMINE / ピリドキサミン / ピリドキサミン


分子量: 168.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: human SLC19A3 in complex with pyridoxamine / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.06 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 246167 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0053218
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.8774396
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.3931819
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.053502
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.008527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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