+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6esb | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | BK polyomavirus + 20 mM GT1b oligosaccharide | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / Polyomavirus (ポリオーマウイルス科) / Receptor / Complex / Glycan (糖鎖) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / : / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=7 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / : / カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / : / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / T=7 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / : / カプシド / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | BK polyomavirus (BKウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Hurdiss, D.L. / Ranson, N.A. | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: The Structure of an Infectious Human Polyomavirus and Its Interactions with Cellular Receptors. 著者: Daniel L Hurdiss / Martin Frank / Joseph S Snowden / Andrew Macdonald / Neil A Ranson / 要旨: BK polyomavirus (BKV) causes polyomavirus-associated nephropathy and hemorrhagic cystitis in immunosuppressed patients. These are diseases for which we currently have limited treatment options, but ...BK polyomavirus (BKV) causes polyomavirus-associated nephropathy and hemorrhagic cystitis in immunosuppressed patients. These are diseases for which we currently have limited treatment options, but potential therapies could include pre-transplant vaccination with a multivalent BKV vaccine or therapeutics which inhibit capsid assembly or block attachment and entry into target cells. A useful tool in such efforts would be a high-resolution structure of the infectious BKV virion and how this interacts with its full repertoire of cellular receptors. We present the 3.4-Å cryoelectron microscopy structure of native, infectious BKV in complex with the receptor fragment of GT1b ganglioside. We also present structural evidence that BKV can utilize glycosaminoglycans as attachment receptors. This work highlights features that underpin capsid stability and provides a platform for rational design and development of urgently needed pharmacological interventions for BKV-associated diseases. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6esb.cif.gz | 365.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6esb.ent.gz | 301 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6esb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/6esb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/6esb | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
2 |
|
3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40053.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BK polyomavirus (BKウイルス) / 細胞株: Vero / 参照: UniProt: Q65613, UniProt: P03088*PLUS #2: タンパク質 | | 分子量: 38252.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BK polyomavirus (BKウイルス) / 細胞株: Vero / 参照: UniProt: P03094 #3: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid #4: 化合物 | ChemComp-CA / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BK polyomavirusBKウイルス / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human polyomavirus 1 (BKウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens |
ウイルス殻 | 名称: Icosahedron二十面体 / 直径: 500 nm / 三角数 (T数): 7 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | 電子線照射量: 59 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
---|---|
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40334 / 対称性のタイプ: POINT |