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万見
- EMDB-5422: cryo-EM reconstruction of immature dengue virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5422
タイトルcryo-EM reconstruction of immature dengue virus
マップデータReconstruction of immature dengue viral particles
試料
  • 試料: immature dengue particle
  • ウイルス: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
キーワードimmature dengue flavivirus cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


フラビビリン / serine-type peptidase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / ヘリカーゼ ...フラビビリン / serine-type peptidase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / virion membrane / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 ...Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Peptidase S1, PA clan / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.5 Å
データ登録者Zhang Y / Zhang W / Ogata S / Clements D / Strauss JH / Baker TS / Kuhn RJ / Rossmann MG
引用ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Conformational changes of the flavivirus E glycoprotein.
著者: Ying Zhang / Wei Zhang / Steven Ogata / David Clements / James H Strauss / Timothy S Baker / Richard J Kuhn / Michael G Rossmann /
要旨: Dengue virus, a member of the Flaviviridae family, has a surface composed of 180 copies each of the envelope (E) glycoprotein and the membrane (M) protein. The crystal structure of an N-terminal ...Dengue virus, a member of the Flaviviridae family, has a surface composed of 180 copies each of the envelope (E) glycoprotein and the membrane (M) protein. The crystal structure of an N-terminal fragment of E has been determined and compared with a previously described structure. The primary difference between these structures is a 10 degrees rotation about a hinge relating the fusion domain DII to domains DI and DIII. These two rigid body components were used for independent fitting of E into the cryo-electron microscopy maps of both immature and mature dengue viruses. The fitted E structures in these two particles showed a difference of 27 degrees between the two components. Comparison of the E structure in its postfusion state with that in the immature and mature virions shows a rotation approximately around the same hinge. Flexibility of E is apparently a functional requirement for assembly and infection of flaviviruses.
履歴
登録2012年5月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年5月16日-
マップ公開2012年5月16日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
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  • 原子モデル: PDB-1tge
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5422_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5422.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of immature dengue viral particles
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.12 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 1.25 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-3.10537338 - 5.79204464
平均 (標準偏差)-0.02588803 (±1.00161886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-150-1500
サイズ301301151
Spacing301301151
セルA: 638.12 Å / B: 638.12 Å / C: 320.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.122.122.12
M x/y/z301301151
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z638.120638.120320.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-150-1500
NX/NY/NZ301301151
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-150-1500
NC/NR/NS301301151
D min/max/mean-3.1055.792-0.026

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : immature dengue particle

全体名称: immature dengue particle
要素
  • 試料: immature dengue particle
  • ウイルス: Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)

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超分子 #1000: immature dengue particle

超分子名称: immature dengue particle / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: icosahedral / Number unique components: 3

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超分子 #1: Dengue virus 2

超分子名称: Dengue virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 詳細: Dengue virus 2 strain PR159-S1 / NCBI-ID: 11060 / 生物種: Dengue virus 2 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 別称: INVERTEBRATES

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Purdue-manufactured, gravity-driven device. Vitrification carried out in hood.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
日付2003年2月1日
撮影デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4099

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3c6d

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-1tge:
The structure of immature Dengue virus at 12.5 angstrom

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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