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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43722 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of pre-subcore from in vitro assembled particles | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Bluetongue virus (ブルータング) / capsid protein (カプシド) / assembly intermediate / virial proteins / VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) | |||||||||
機能・相同性 | VP6 blue-tongue virus inner capsid protein / Orbivirus helicase VP6 / Inner layer core protein VP3, Orbivirus / Orbivirus VP3 (T2) protein / Inner layer core protein VP3, Reovirus / カプシド / structural molecule activity / VP6 / Core protein VP3 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ブルータング) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Xia X / Sung PY / Martynowycz MW / Gonen T / Roy P / Zhou ZH | |||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: RNA genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus visualized in host cells. 著者: Xian Xia / Po-Yu Sung / Michael W Martynowycz / Tamir Gonen / Polly Roy / Z Hong Zhou / 要旨: Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques ...Unlike those of double-stranded DNA (dsDNA), single-stranded DNA (ssDNA), and ssRNA viruses, the mechanism of genome packaging of dsRNA viruses is poorly understood. Here, we combined the techniques of high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM), cellular cryoelectron tomography (cryo-ET), and structure-guided mutagenesis to investigate genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus (BTV), a member of the Reoviridae family of dsRNA viruses. A total of eleven assembly states of BTV capsid were captured, with resolutions up to 2.8 Å, with most visualized in the host cytoplasm. ATPase VP6 was found underneath the vertices of capsid shell protein VP3 as an RNA-harboring pentamer, facilitating RNA packaging. RNA packaging expands the VP3 shell, which then engages middle- and outer-layer proteins to generate infectious virions. These revealed "duality" characteristics of the BTV assembly mechanism reconcile previous contradictory co-assembly and core-filling models and provide insights into the mysterious RNA packaging and capsid assembly of Reoviridae members and beyond. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43722.map.gz | 110.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-43722-v30.xml emd-43722.xml | 18.8 KB 18.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43722.png | 65.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43722.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_43722_half_map_1.map.gz emd_43722_half_map_2.map.gz | 97.8 MB 97.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43722 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43722 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43722.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_43722_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_43722_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)
全体 | 名称: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ブルータング) |
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要素 |
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-超分子 #1: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa)
超分子 | 名称: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10905 生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Ovis aries (ヒツジ) |
-分子 #1: inner capsid protein VP3
分子 | 名称: inner capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ブルータング) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILDD IKALAAEQVY KIVKVPSISF RHIVMQSRDR VLRVDTYYEE MSQVGDVITE DEPEKFYSTI IKKVRFIRGK GSFILHDIPT RDHRGMEVAE PEVLGVEFKN ...文字列: MAAQNEQRPE RIKTTPYLEG DVLSSDSGPL LSVFALQEIM QKVRQVQADY MTATREVDFT VPDVQKILDD IKALAAEQVY KIVKVPSISF RHIVMQSRDR VLRVDTYYEE MSQVGDVITE DEPEKFYSTI IKKVRFIRGK GSFILHDIPT RDHRGMEVAE PEVLGVEFKN VLPVLTAEHR AMIQNALDGS IIENGNVATR DVDVFIGACS EPVYRIYNRL QGYIEAVQLQ ELRNSIGWLE RLGHRKRITY SQEVLTDFRR QDTIWVLALQ LPVNPQVVWD VPRSSIANLI MNIATCLPTG EYIAPNPRIS SITLTQRITT TGPFAILTGS TPTAQQLNDV RKIYLALMFP GQIILDLKID PGERMDPAVR MVAGVVGHLL FTAGGRFTNL TQNMARQLDI ALNDYLLYMY NTRVQVNYGP TGEPLDFQIG RNQYDCNVFR ADFATGTGYN GWATIDVEYR EPAPYVHAQR YIRYCGIDSR ELINPTTYGI GMTYHCYNEM LRMLVAAGKD SEAAYFRSML PFHMVRFARI NQIINEDLHS VFSLPDDMFN ALLPDLIAGA HQNADPVVLD VSWISLWFAF NRSFEPTHRN EMLEVAPLIE SVYASELSVM KVDMRHLSLM QRRFPDVLIQ ARPSHFWKAV LNDSPEAVKA VMNLSHSHNF INIRDMMRWV MLPSLQPSLK LALEEEAWAA ANDFEDLMLT DQVYMHRDML PEPRLDDIER FRQEGFYYTN MLEAPPEIDR VVQYTYEIAR LQANMGQFRA ALRRIMDDDD WVRFGGVLRT VRVKFYDARP PDDVLQGLPF SYDTNERGGL AYATIKYATE TTIFYLIYNV EFSNTPDSLV LINPTYTMTK VFINKRIVER VRVGQILAVL NRRFVAYKGK MRIMDITQSL KMGTKLAAPT V UniProtKB: Core protein VP3 |
-分子 #2: inner capsid protein VP6
分子 | 名称: inner capsid protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ブルータング) |
配列 | 文字列: MSAAMLLAPG DVIKRSSEEL KQRQIQINLI DWTEGESEKE SKAEAKEGDK AEELKDGEGT QSESSQKKES SKETKDADVD RRIHTAVGSG SSAKGPGERA NENVDRGDGK VGGGGGDADA GVGATGANGG RWVVLTEEIA RAIESKYGTK IDVYRDEVPA QIIEVERSLQ ...文字列: MSAAMLLAPG DVIKRSSEEL KQRQIQINLI DWTEGESEKE SKAEAKEGDK AEELKDGEGT QSESSQKKES SKETKDADVD RRIHTAVGSG SSAKGPGERA NENVDRGDGK VGGGGGDADA GVGATGANGG RWVVLTEEIA RAIESKYGTK IDVYRDEVPA QIIEVERSLQ KELGISREGV AEQTERLRDL RRKEKSGAHA KAAERGRRKQ GKKPHGDAQR EGTEEEKTSE EPASVGITIE GVMSQKKLLS MIGGVERKMA PIGARESAVM LVSNSIKDVV RATAYFTAPT GDPHWKEVAR EASKKKNILA YTSTGGDVKT EFLHLIDHL UniProtKB: VP6 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | In vitro assembled capsid by using the purified proteins |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 81000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9015 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 64032 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 3次元分類 | クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 20000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 17277 |