[日本語] English
万見- EMDB-43660: SARS-CoV-2 S RBD (C.37 Lambda variant) plus S309 Fab, local refinement -
+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-43660 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | SARS-CoV-2 S RBD (C.37 Lambda variant) plus S309 Fab, local refinement | |||||||||
マップデータ | sharpened | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | sars-cov-2 (SARSコロナウイルス2) / coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / lambda (Λ) / s309 / C.37 / antibody (抗体) / Fab / S protein / spike / fusion protein (融合タンパク質) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | McCallum M / Veesler D / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Quantifying how single dose Ad26.COV2.S vaccine efficacy depends on Spike sequence features. 著者: Craig A Magaret / Li Li / Allan C deCamp / Morgane Rolland / Michal Juraska / Brian D Williamson / James Ludwig / Cindy Molitor / David Benkeser / Alex Luedtke / Brian Simpkins / Fei Heng / ...著者: Craig A Magaret / Li Li / Allan C deCamp / Morgane Rolland / Michal Juraska / Brian D Williamson / James Ludwig / Cindy Molitor / David Benkeser / Alex Luedtke / Brian Simpkins / Fei Heng / Yanqing Sun / Lindsay N Carpp / Hongjun Bai / Bethany L Dearlove / Elena E Giorgi / Mandy Jongeneelen / Boerries Brandenburg / Matthew McCallum / John E Bowen / David Veesler / Jerald Sadoff / Glenda E Gray / Sanne Roels / An Vandebosch / Daniel J Stieh / Mathieu Le Gars / Johan Vingerhoets / Beatriz Grinsztejn / Paul A Goepfert / Leonardo Paiva de Sousa / Mayara Secco Torres Silva / Martin Casapia / Marcelo H Losso / Susan J Little / Aditya Gaur / Linda-Gail Bekker / Nigel Garrett / Carla Truyers / Ilse Van Dromme / Edith Swann / Mary A Marovich / Dean Follmann / Kathleen M Neuzil / Lawrence Corey / Alexander L Greninger / Pavitra Roychoudhury / Ollivier Hyrien / Peter B Gilbert / 要旨: In the ENSEMBLE randomized, placebo-controlled phase 3 trial (NCT04505722), estimated single-dose Ad26.COV2.S vaccine efficacy (VE) was 56% against moderate to severe-critical COVID-19. SARS-CoV-2 ...In the ENSEMBLE randomized, placebo-controlled phase 3 trial (NCT04505722), estimated single-dose Ad26.COV2.S vaccine efficacy (VE) was 56% against moderate to severe-critical COVID-19. SARS-CoV-2 Spike sequences were determined from 484 vaccine and 1,067 placebo recipients who acquired COVID-19. In this set of prespecified analyses, we show that in Latin America, VE was significantly lower against Lambda vs. Reference and against Lambda vs. non-Lambda [family-wise error rate (FWER) p < 0.05]. VE differed by residue match vs. mismatch to the vaccine-insert at 16 amino acid positions (4 FWER p < 0.05; 12 q-value ≤ 0.20); significantly decreased with physicochemical-weighted Hamming distance to the vaccine-strain sequence for Spike, receptor-binding domain, N-terminal domain, and S1 (FWER p < 0.001); differed (FWER ≤ 0.05) by distance to the vaccine strain measured by 9 antibody-epitope escape scores and 4 NTD neutralization-impacting features; and decreased (p = 0.011) with neutralization resistance level to vaccinee sera. VE against severe-critical COVID-19 was stable across most sequence features but lower against the most distant viruses. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_43660.map.gz | 483.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-43660-v30.xml emd-43660.xml | 22.4 KB 22.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_43660.png | 65.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-43660.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_43660_additional_1.map.gz emd_43660_half_map_1.map.gz emd_43660_half_map_2.map.gz | 254.7 MB 475.7 MB 475.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43660 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-43660 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_43660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | sharpened | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.843 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: unsharpened
ファイル | emd_43660_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | unsharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half
ファイル | emd_43660_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half
ファイル | emd_43660_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 S C.37 (Lambda variant) plus S309, S2L20, and S2X303 Fabs
全体 | 名称: SARS-CoV-2 S C.37 (Lambda variant) plus S309, S2L20, and S2X303 Fabs |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: SARS-CoV-2 S C.37 (Lambda variant) plus S309, S2L20, and S2X303 Fabs
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 S C.37 (Lambda variant) plus S309, S2L20, and S2X303 Fabs タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-分子 #1: S309 Heavy Chain
分子 | 名称: S309 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.005526 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKV SCKASGYPFT SYGISWVRQA PGQGLEWMGW ISTYNGNTNY AQKFQGRVTM TTDTSTTTGY MELRRLRSD DTAVYYCARD YTRGAWFGES LIGGFDNWGQ GTLVTVSS |
-分子 #2: S309 Light Chain
分子 | 名称: S309 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.315497 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQTVS STSLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQHDTSLTFG GGTKVEI |
-分子 #3: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Lambda Spike Glycoprotein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 140.929156 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNVIKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNVIKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHNS SSGWTAGAAA YYVGYLQPRT FLLKYNENGT ITDAVDCALD PLSETKCTLK SFTVEKGIYQ TSNFRVQPTE SIV RFPNIT NLCPFGEVFN ATRFASVYAW NRKRISNCVA DYSVLYNSAS FSTFKCYGVC PTKLNDLCFT NVYADSFVIR GDEV RQIAP GQTGKIADYN YKLPDDFTGC VIAWNSNNLD SKVGGNYNYQ YRLFRKSNLK PFERDISTEI YQAGSTPCNG VEGFN CYSP LQSYGFQPTN GVGYQPYRVV VLSFELLHAP ATVCGPKKST NLVKNKCVNF NFNGLTGTGV LTESNKKFLP FQQFGR DIA DTTDAVRDPQ TLEILDITPC SFGGVSVITP GTNTSNQVAV LYQGVNCTEV PVAIHADQLT PTWRVYSTGS NVFQTRA GC LIGAEHVNNS YECDIPIGAG ICASYQTQTN SPRRARSVAS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT ISVTTEIL P VSMTKTSVDC TMYICGDSTE CSNLLLQYGS FCTQLNRALT GIAVEQDKNT QEVFAQVKQI YKTPPIKDFG GFNFSQILP DPSKPSKRSP IEDLLFNKVT LADAGFIKQY GDCLGDIAAR DLICAQKFNG LNVLPPLLTD EMIAQYTSAL LAGTITSGWT FGAGPALQI PFPMQMAYRF NGIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLSSTPSALG KLQDVVNQNA QALNTLVKQL S SNFGAISS VLNDILSRLC PPEAEVQIDR LITGRLQSLQ TYVTQQLIRA AEIRASANLA ATKMSECVLG QSKRVDFCGK GY HLMSFPQ SAPHGVVFLH VTYVPAQEKN FTTAPAICHD GKAHFPREGV FVSNGTHWFV TQRNFYEPQI ITTDNTFVSG NCD VVIGIV NNTVYDPLQP ELDSFKEELD KYFKNHTSPD VDLGDISGIN ASVVNIQKEI DRLNEVAKNL NESLIDLQEL GKYE QGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGRSLE VLFQGPGSGG LNDIFEAQKI EWHEGSGHHH HHHHH UniProtKB: スパイクタンパク質 |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 30.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 63.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90442 |