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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40237 | |||||||||
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タイトル | Structure of wild-type MCM8/9 heterohexamer complex with ATP-gamma-S | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | DNA Replication (DNA複製) / DNA repair (DNA修復) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / MutSalpha complex binding / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / female gamete generation ...MutLbeta complex binding / MutSbeta complex binding / recombinational interstrand cross-link repair / MCM8-MCM9 complex / male gamete generation / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / MutSalpha complex binding / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / female gamete generation / Unwinding of DNA / MCM complex / DNA duplex unwinding / Activation of the pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / protein localization to chromatin / DNA helicase activity / helicase activity / double-strand break repair via homologous recombination / Orc1 removal from chromatin / single-stranded DNA binding / 染色体 / ヘリカーゼ / protein stabilization / 細胞周期 / DNA damage response / chromatin binding / protein-containing complex binding / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / 核質 / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Li C / Gao Y | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Activity, substrate preference and structure of the HsMCM8/9 helicase. 著者: David R McKinzey / Chuxuan Li / Yang Gao / Michael A Trakselis / 要旨: The minichromosomal maintenance proteins, MCM8 and MCM9, are more recent evolutionary additions to the MCM family, only cooccurring in selected higher eukaryotes. Mutations in these genes are ...The minichromosomal maintenance proteins, MCM8 and MCM9, are more recent evolutionary additions to the MCM family, only cooccurring in selected higher eukaryotes. Mutations in these genes are directly linked to ovarian insufficiency, infertility, and several cancers. MCM8/9 appears to have ancillary roles in fork progression and recombination of broken replication forks. However, the biochemical activity, specificities and structures have not been adequately illustrated, making mechanistic determination difficult. Here, we show that human MCM8/9 (HsMCM8/9) is an ATP dependent DNA helicase that unwinds fork DNA substrates with a 3'-5' polarity. High affinity ssDNA binding occurs in the presence of nucleoside triphosphates, while ATP hydrolysis weakens the interaction with DNA. The cryo-EM structure of the HsMCM8/9 heterohexamer was solved at 4.3 Å revealing a trimer of heterodimer configuration with two types of interfacial AAA+ nucleotide binding sites that become more organized upon binding ADP. Local refinements of the N or C-terminal domains (NTD or CTD) improved the resolution to 3.9 or 4.1 Å, respectively, and shows a large displacement in the CTD. Changes in AAA+ CTD upon nucleotide binding and a large swing between the NTD and CTD likely implies that MCM8/9 utilizes a sequential subunit translocation mechanism for DNA unwinding. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40237.map.gz | 117.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40237-v30.xml emd-40237.xml | 16.2 KB 16.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40237.png | 179.2 KB | ||
その他 | emd_40237_half_map_1.map.gz emd_40237_half_map_2.map.gz | 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40237 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40237 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40237.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40237_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40237_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure of wild-type MCM8/9 heterohexamer complex with ATP-gamma-S
全体 | 名称: Structure of wild-type MCM8/9 heterohexamer complex with ATP-gamma-S |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of wild-type MCM8/9 heterohexamer complex with ATP-gamma-S
超分子 | 名称: Structure of wild-type MCM8/9 heterohexamer complex with ATP-gamma-S タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 500 KDa |
-分子 #1: MCM8_HUMAN
分子 | 名称: MCM8_HUMAN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MNGEYRGRGF GRGRFQSWKR GRGGGNFSGK WREREHRPDL SKTTGKRTSE QTPQFLLSTK TPQSMQSTLD RFIPYKGWKL YFSEVYSDSS PLIEKIQAFE KFFTRHIDLY DKDEIERKGS ILVDFKELTE GGEVTNLIPD IATELRDAPE KTLACMGLAI HQVLTKDLER ...文字列: MNGEYRGRGF GRGRFQSWKR GRGGGNFSGK WREREHRPDL SKTTGKRTSE QTPQFLLSTK TPQSMQSTLD RFIPYKGWKL YFSEVYSDSS PLIEKIQAFE KFFTRHIDLY DKDEIERKGS ILVDFKELTE GGEVTNLIPD IATELRDAPE KTLACMGLAI HQVLTKDLER HAAELQAQEG LSNDGETMVN VPHIHARVYN YEPLTQLKNV RANYYGKYIA LRGTVVRVSN IKPLCTKMAF LCAACGEIQS FPLPDGKYSL PTKCPVPVCR GRSFTALRSS PLTVTMDWQS IKIQELMSDD QREAGRIPRT IECELVHDLV DSCVPGDTVT ITGIVKVSNA EEGSRNKNDK CMFLLYIEAN SISNSKGQKT KSSEDGCKHG MLMEFSLKDL YAIQEIQAEE NLFKLIVNSL CPVIFGHELV KAGLALALFG GSQKYADDKN RIPIRGDPHI LVVGDPGLGK SQMLQAACNV APRGVYVCGN TTTTSGLTVT LSKDSSSGDF ALEAGALVLG DQGICGIDEF DKMGNQHQAL LEAMEQQSIS LAKAGVVCSL PARTSIIAAA NPVGGHYNKA KTVSENLKMG SALLSRFDLV FILLDTPNEH HDHLLSEHVI AIRAGKQRTI SSATVARMNS QDSNTSVLEV VSEKPLSERL KVVPGETIDP IPHQLLRKYI GYARQYVYPR LSTEAARVLQ DFYLELRKQS QRLNSSPITT RQLESLIRLT EARARLELRE EATKEDAEDI VEIMKYSMLG TYSDEFGNLD FERSQHGSGM SNRSTAKRFI SALNNVAERT YNNIFQFHQL RQIAKELNIQ VADFENFIGS LNDQGYLLKK GPKVYQLQTM UniProtKB: DNA helicase MCM8 |
-分子 #2: MCM9_HUMAN
分子 | 名称: MCM9_HUMAN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MNSDQVTLVG QVFESYVSEY HKNDILLILK ERDEDAHYPV VVNAMTLFET NMEIGEYFNM FPSEVLTIFD SALRRSALTI LQSLSQPEAV SMKQNLHARI SGLPVCPELV REHIPKTKDV GHFLSVTGTV IRTSLVKVLE FERDYMCNKC KHVFVIKADF EQYYTFCRPS ...文字列: MNSDQVTLVG QVFESYVSEY HKNDILLILK ERDEDAHYPV VVNAMTLFET NMEIGEYFNM FPSEVLTIFD SALRRSALTI LQSLSQPEAV SMKQNLHARI SGLPVCPELV REHIPKTKDV GHFLSVTGTV IRTSLVKVLE FERDYMCNKC KHVFVIKADF EQYYTFCRPS SCPSLESCDS SKFTCLSGLS SSPTRCRDYQ EIKIQEQVQR LSVGSIPRSM KVILEDDLVD SCKSGDDLTI YGIVMQRWKP FQQDVRCEVE IVLKANYIQV NNEQSSGIIM DEEVQKEFED FWEYYKSDPF AGRNVILASL CPQVFGMYLV KLAVAMVLAG GIQRTDATGT RVRGESHLLL VGDPGTGKSQ FLKYAAKITP RSVLTTGIGS TSAGLTVTAV KDSGEWNLEA GALVLADAGL CCIDEFNSLK EHDRTSIHEA MEQQTISVAK AGLVCKLNTR TTILAATNPK GQYDPQESVS VNIALGSPLL SRFDLILVLL DTKNEDWDRI ISSFILENKG YPSKSEKLWS MEKMKTYFCL IRNLQPTLSD VGNQVLLRYY QMQRQSDCRN AARTTIRLLE SLIRLAEAHA RLMFRDTVTL EDAITVVSVM ESSMQGGALL GGVNALHTSF PENPGEQYQR QCELILEKLE LQSLLSEELR RLERLQNQSV HQSQPRVLEV ETTPGSLRNG PGEESNFRTS SQQEINYSTH IFSPGGSPEG SPVLDPPPHL EPNRSTSRKH SAQHKNNRDD SLDWFDFMAT HQSEPKNTVV VSPHPKTSGE NMASKISNST SQGKEKSEPG QRSKVDIGLL PSPGETGVPW RADNVESNKK KRLALDSEAA VSADKPDSVL THHVPRNLQK LCKERAQKLC RNSTRVPAQC TVPSHPQSTP VHSPDRMLDS PKRKRPKSLA QVEEPAIENV KPPGSPVAKL AKFTFKQKSK LIHSFEDHSH VSPGATKIAV HSPKISQRRT RRDAALPVKR PGKLTSTPGN QISSQPQGET KEVSQQPPEK HGPREKVMCA PEKRIIQPEL ELGNETGCAH LTCEGDKKEE VSGSNKSGKV HACTLARLAN FCFTPPSESK SKSPPPERKN RGERGPSSPP TTTAPMRVSK RKSFQLRGST EKLIVSKESL FTLPELGDEA FDCDWDEEMR KKS UniProtKB: DNA helicase MCM9 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 49.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 57384 |