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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-40190 | |||||||||
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タイトル | Local map of B3SB3L in complex with two-RBD-up state I of soluble SARS-CoV-2 Spike trimer | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu WP / Shokr A / Mabrouk M / Aly N / Zhang J / Aschauer P / Gao HL / Selvaraj G / Elzoghby A / Chen B ...Liu WP / Shokr A / Mabrouk M / Aly N / Zhang J / Aschauer P / Gao HL / Selvaraj G / Elzoghby A / Chen B / Kawano T / Nasr ML | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Luminescent biosensor platform for the rapid detection of viruses 著者: Liu WP / Shokr A / Mabrouk M / Aly N / Zhang J / Aschauer P / Gao HL / Selvaraj G / Elzoghby A / Chen B / Kawano T / Nasr ML | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_40190.map.gz | 667.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-40190-v30.xml emd-40190.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_40190.png | 36.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-40190.cif.gz | 4.3 KB | ||
その他 | emd_40190_half_map_1.map.gz emd_40190_half_map_2.map.gz | 763.6 MB 763.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40190 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-40190 | HTTPS FTP |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_40190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_40190_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_40190_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Local map of B3SB3L in complex with two-RBD-up state I of soluble...
全体 | 名称: Local map of B3SB3L in complex with two-RBD-up state I of soluble SARS-CoV-2 Spike trimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Local map of B3SB3L in complex with two-RBD-up state I of soluble...
超分子 | 名称: Local map of B3SB3L in complex with two-RBD-up state I of soluble SARS-CoV-2 Spike trimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 600 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.66 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 9451014 |
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初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: RELION |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア: (名称: RELION, cryoSPARC) / 使用した粒子像数: 331406 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 14-1211 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |