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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38993 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U11 and tri-snRNP part | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | spliceosome (スプライセオソーム) / minor spliceosome / U11 snRNP / U12 snRNP / U4atac / U6atac / CENATAC / TXNL4B / U11 snRNA / minor tri-snRNP / U12-type intron / SPLICING/RNA / SPLICING-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of centrosome duplication / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / R-loop processing / RNA localization / chromosome separation / U4atac snRNA binding ...negative regulation of centrosome duplication / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / R-loop processing / RNA localization / chromosome separation / U4atac snRNA binding / box C/D sno(s)RNA binding / snRNP binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / 核小体 / U7 snRNP / snRNA binding / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / box C/D methylation guide snoRNP complex / protein methylation / U4/U6 snRNP / U12-type spliceosomal complex / methylosome / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U2-type catalytic step 1 spliceosome / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / RNA splicing, via transesterification reactions / spliceosomal tri-snRNP complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / P granule / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / U4 snRNA binding / SMN-Sm protein complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase holoenzyme complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / commitment complex / box C/D snoRNP assembly / U4 snRNP / rRNA modification in the nucleus and cytosol / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / 細胞結合 / mRNA Splicing - Minor Pathway / regulation of protein catabolic process / single fertilization / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U5 snRNA binding / U5 snRNP / カハール体 / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / 転写後修飾 / ribonucleoprotein complex binding / pre-mRNA intronic binding / maturation of SSU-rRNA / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / response to glucocorticoid / maturation of LSU-rRNA / catalytic step 2 spliceosome / small-subunit processome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / response to cocaine / helicase activity / spliceosomal complex / ribosomal small subunit biogenesis / 転写後修飾 / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / 染色体 / cellular response to tumor necrosis factor / snRNP Assembly / cytosolic large ribosomal subunit / ATPase binding / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / cellular response to lipopolysaccharide / ubiquitinyl hydrolase 1 / RNA helicase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Bai R / Yuan M / Zhang P / Luo T / Shi Y / Wan R | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Structural basis of U12-type intron engagement by the fully assembled human minor spliceosome. 著者: Rui Bai / Meng Yuan / Pu Zhang / Ting Luo / Yigong Shi / Ruixue Wan / 要旨: The minor spliceosome, which is responsible for the splicing of U12-type introns, comprises five small nuclear RNAs (snRNAs), of which only one is shared with the major spliceosome. In this work, we ...The minor spliceosome, which is responsible for the splicing of U12-type introns, comprises five small nuclear RNAs (snRNAs), of which only one is shared with the major spliceosome. In this work, we report the 3.3-angstrom cryo-electron microscopy structure of the fully assembled human minor spliceosome pre-B complex. The atomic model includes U11 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), U12 snRNP, and U4atac/U6atac.U5 tri-snRNP. U11 snRNA is recognized by five U11-specific proteins (20K, 25K, 35K, 48K, and 59K) and the heptameric Sm ring. The 3' half of the 5'-splice site forms a duplex with U11 snRNA; the 5' half is recognized by U11-35K, U11-48K, and U11 snRNA. Two proteins, CENATAC and DIM2/TXNL4B, specifically associate with the minor tri-snRNP. A structural analysis uncovered how two conformationally similar tri-snRNPs are differentiated by the minor and major prespliceosomes for assembly. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38993.map.gz | 483.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38993-v30.xml emd-38993.xml | 58.1 KB 58.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38993.png | 85.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38993.cif.gz | 17.4 KB | ||
その他 | emd_38993_half_map_1.map.gz emd_38993_half_map_2.map.gz | 475.3 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38993 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38993 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8y6oMC 8y7eC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38993.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0742 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38993_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38993_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : human minor pre-B complex
+超分子 #1: human minor pre-B complex
+分子 #1: pre-mRNA
+分子 #2: U5 snRNA
+分子 #17: U4atac snRNA
+分子 #18: U6atac snRNA
+分子 #24: U11 snRNA
+分子 #3: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
+分子 #4: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
+分子 #5: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
+分子 #6: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
+分子 #7: Pre-mRNA-processing factor 6
+分子 #8: Thioredoxin-like protein 4B
+分子 #9: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
+分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
+分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
+分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
+分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
+分子 #14: Small nuclear ribonucleoprotein E
+分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein F
+分子 #16: Small nuclear ribonucleoprotein G
+分子 #19: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
+分子 #20: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4
+分子 #21: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3
+分子 #22: NHP2-like protein 1
+分子 #23: Centrosomal AT-AC splicing factor
+分子 #25: Zinc finger matrin-type protein 5
+分子 #26: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 35 kDa protein
+分子 #27: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 25 kDa protein
+分子 #28: U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein
+分子 #29: Programmed cell death protein 7
+分子 #30: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
+分子 #31: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2
+分子 #32: Serine/threonine-protein kinase PRP4 homolog
+分子 #33: MAGNESIUM ION
+分子 #34: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
+分子 #35: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #36: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING |
凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 388888 |