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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-38691 | |||||||||
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タイトル | Thiamine-bound human SLC19A3 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | SLC19A3 / thiamine (チアミン) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / transmembrane transport / electron transfer activity / ペリプラズム ...pyridoxine transport / thiamine-containing compound metabolic process / Vitamin B1 (thiamin) metabolism / thiamine transmembrane transport / thiamine transport / thiamine transmembrane transporter activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / transmembrane transport / electron transfer activity / ペリプラズム / iron ion binding / heme binding / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Dang Y / Wang GP / Zhang Z | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2024 タイトル: Substrate and drug recognition mechanisms of SLC19A3. 著者: Yu Dang / Tianyi Zhang / Shabareesh Pidathala / Guopeng Wang / Yijie Wang / Nanhao Chen / Chen Song / Chia-Hsueh Lee / Zhe Zhang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_38691.map.gz | 56.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-38691-v30.xml emd-38691.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_38691.png | 179.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-38691.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_38691_half_map_1.map.gz emd_38691_half_map_2.map.gz | 59.5 MB 59.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38691 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-38691 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_38691.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_38691_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_38691_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human SLC19A3 in complex with thiamine
全体 | 名称: human SLC19A3 in complex with thiamine |
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要素 |
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-超分子 #1: human SLC19A3 in complex with thiamine
超分子 | 名称: human SLC19A3 in complex with thiamine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 60 KDa |
-分子 #1: Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2
分子 | 名称: Soluble cytochrome b562,Thiamine transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 67.910008 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: LEVLFQGPSR ATADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLS WIYPTVILCL FGFFSMMRPS EPFLIPYLSG PDKNLTSAEI T NEIFPVWT ...文字列: LEVLFQGPSR ATADLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALK LANEGKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLS WIYPTVILCL FGFFSMMRPS EPFLIPYLSG PDKNLTSAEI T NEIFPVWT YSYLVLLLPV FVLTDYVRYK PVIILQGISF IITWLLLLFG QGVKTMQVVE FFYGMVTAAE VAYYAYIYSV VS PEHYQRV SGYCRSVTLA AYTAGSVLAQ LLVSLANMSY FYLNVISLAS VSVAFLFSLF LPMPKKSMFF HAKPSREIKK SSS VNPVLE ETHEGEAPGC EEQKPTSEIL STSGKLNKGQ LNSLKPSNVT VDVFVQWFQD LKECYSSKRL FYWSLWWAFA TAGF NQVLN YVQILWDYKA PSQDSSIYNG AVEAIATFGG AVAAFAVGYV KVNWDLLGEL ALVVFSVVNA GSLFLMHYTA NIWAC YAGY LIFKSSYMLL ITIAVFQIAV NLNVERYALV FGINTFIALV IQTIMTVIVV DQRGLNLPVS IQFLVYGSYF AVIAGI FLM RSMYITYSTK SQKDVQSPAP SENPDVSHPE EESNIIMSTK LSNS UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Thiamine transporter 2 |
-分子 #2: 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-M...
分子 | 名称: 3-(4-AMINO-2-METHYL-PYRIMIDIN-5-YLMETHYL)-5-(2-HYDROXY-ETHYL)-4-METHYL-THIAZOL-3-IUM タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: VIB |
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分子量 | 理論値: 265.355 Da |
Chemical component information | ChemComp-VIB: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 230813 |