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- EMDB-38159: P/Q type calcium channel in complex with omega-conotoxin MVIIC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38159
タイトルP/Q type calcium channel in complex with omega-conotoxin MVIIC
マップデータ
試料
  • 複合体: Voltage-gated P/Q type calcium channel
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Omega-conotoxin MVIIC
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1電位依存性カルシウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
キーワードvoltage-gated calcium channel in complex with toxins (電位依存性カルシウムチャネル) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / L-type voltage-gated calcium channel complex / host cell presynaptic membrane / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / high voltage-gated calcium channel activity / NCAM1 interactions ...regulation of membrane repolarization during action potential / Presynaptic depolarization and calcium channel opening / positive regulation of high voltage-gated calcium channel activity / calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / membrane depolarization during bundle of His cell action potential / L-type voltage-gated calcium channel complex / host cell presynaptic membrane / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / high voltage-gated calcium channel activity / NCAM1 interactions / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / calcium ion transport into cytosol / regulation of calcium ion transmembrane transport via high voltage-gated calcium channel / syntaxin binding / ion channel inhibitor activity / neuromuscular junction development / voltage-gated calcium channel complex / neuronal dense core vesicle / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium channel regulator activity / calcium ion import across plasma membrane / regulation of calcium ion transport / response to amyloid-beta / voltage-gated calcium channel activity / 筋小胞体 / Regulation of insulin secretion / cell projection / protein localization to plasma membrane / calcium ion transmembrane transport / modulation of chemical synaptic transmission / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / cellular response to amyloid-beta / calcium ion transport / amyloid-beta binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / toxin activity / T cell receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / neuronal cell body / シナプス / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 A / Conotoxin, omega-type, conserved site / Omega-conotoxin family signature. / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region ...Voltage-dependent calcium channel, P/Q-type, alpha-1 A / Conotoxin, omega-type, conserved site / Omega-conotoxin family signature. / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta-3 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3, SH3 domain / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1-4, N-terminal A domain / Voltage-dependent calcium channel, L-type, beta subunit / Voltage gated calcium channel subunit beta domain 4Aa N terminal / VWA N-terminal / Voltage-dependent calcium channel, alpha-2/delta subunit, conserved region / VWA N-terminal / Neuronal voltage-dependent calcium channel alpha 2acd / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit, IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage gated calcium channel IQ domain / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated domain / Voltage-dependent L-type calcium channel, IQ-associated / Guanylate kinase/L-type calcium channel beta subunit / Guanylate kinase / Guanylate kinase homologues. / von Willebrand factor type A domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Ion transport domain / Ion transport protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A / Omega-conotoxin MVIIC / Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3 / Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Conus magus (ヤキイモ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Yan N / Li Z / Cong Y / Wu T / Wang T
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32330052 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis for different ω-agatoxin IVA sensitivities of the P-type and Q-type Ca2.1 channels.
著者: Zhangqiang Li / Ye Cong / Tong Wu / Tongtong Wang / Xinyao Lou / Xinyu Yang / Nieng Yan /
履歴
登録2023年11月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38159.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38159.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-1.3078406 - 2.3011897
平均 (標準偏差)0.001576897 (±0.060204647)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 351.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_38159_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_38159_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Voltage-gated P/Q type calcium channel

全体名称: Voltage-gated P/Q type calcium channel
要素
  • 複合体: Voltage-gated P/Q type calcium channel
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
    • タンパク質・ペプチド: Omega-conotoxin MVIIC
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1電位依存性カルシウムチャネル
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM IONカルシウム
  • リガンド: CHOLESTEROLコレステロール
  • リガンド: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

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超分子 #1: Voltage-gated P/Q type calcium channel

超分子名称: Voltage-gated P/Q type calcium channel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

分子名称: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 56.23157 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MYDDSYVPGF EDSEAGSADS YTSRPSLDSD VSLEEDRESA RREVESQAQQ QLERAKHKPV AFAVRTNVSY CGVLDEECPV QGSGVNFEA KDFLHIKEKY SNDWWIGRLV KEGGDIAFIP SPQRLESIRL KQEQKARRSG NPSSLSDIGN RRSPPPSLAK Q KQKQAEHV ...文字列:
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UniProtKB: Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-3

+
分子 #2: Omega-conotoxin MVIIC

分子名称: Omega-conotoxin MVIIC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Conus magus (ヤキイモ)
分子量理論値: 2.763341 KDa
配列文字列:
CKGKGAPCRK TMYDCCSGSC GRRGKC

UniProtKB: Omega-conotoxin MVIIC

+
分子 #3: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

分子名称: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 126.316148 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI ...文字列:
MAAGCLLALT LTLFQSLLIG PSSEEPFPSA VTIKSWVDKM QEDLVTLAKT ASGVNQLVDI YEKYQDLYTV EPNNARQLVE IAARDIEKL LSNRSKALVR LALEAEKVQA AHQWREDFAS NEVVYYNAKD DLDPEKNDSE PGSQRIKPVF IEDANFGRQI S YQHAAVHI PTDIYEGSTI VLNELNWTSA LDEVFKKNRE EDPSLLWQVF GSATGLARYY PASPWVDNSR TPNKIDLYDV RR RPWYIQG AASPKDMLIL VDVSGSVSGL TLKLIRTSVS EMLETLSDDD FVNVASFNSN AQDVSCFQHL VQANVRNKKV LKD AVNNIT AKGITDYKKG FSFAFEQLLN YNVSRANCNK IIMLFTDGGE ERAQEIFNKY NKDKKVRVFT FSVGQHNYDR GPIQ WMACE NKGYYYEIPS IGAIRINTQE YLDVLGRPMV LAGDKAKQVQ WTNVYLDALE LGLVITGTLP VFNITGQFEN KTNLK NQLI LGVMGVDVSL EDIKRLTPRF TLCPNGYYFA IDPNGYVLLH PNLQPKPIGV GIPTINLRKR RPNIQNPKSQ EPVTLD FLD AELENDIKVE IRNKMIDGES GEKTFRTLVK SQDERYIDKG NRTYTWTPVN GTDYSLALVL PTYSFYYIKA KLEETIT QA RYSETLKPDN FEESGYTFIA PRDYCNDLKI SDNNTEFLLN FNEFIDRKTP NNPSCNADLI NRVLLDAGFT NELVQNYW S KQKNIKGVKA RFVVTDGGIT RVYPKEAGEN WQENPETYED SFYKRSLDND NYVFTAPYFN KSGPGAYESG IMVSKAVEI YIQGKLLKPA VVGIKIDVNS WIENFTKTSI RDPCAGPVCD CKRNSDVMDC VILDDGGFLL MANHDDYTNQ IGRFFGEIDP SLMRHLVNI SVYAFNKSYD YQSVCEPGAA PKQGAGHRSA YVPSVADILQ IGWWATAAAW SILQQFLLSL TFPRLLEAVE M EDDDFTAS LSKQSCITEQ TQYFFDNDSK SFSGVLDCGN CSRIFHGEKL MNTNLIFIMV ESKGTCPCDT RLLIQAEQTS DG PNPCDMV KQPRYRKGPD VCFDNNVLED YTDCGGVSGL NPSLWYIIGI QFLLLWLVSG STHRLLLEHH HHHHHHHH

UniProtKB: Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

+
分子 #4: Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A

分子名称: Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 287.534312 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASWSHPQFE KGGGARGGSG GGSWSHPQFE KGFDYKDDDD KGTMARFGDE MPARYGGGGS GAAAGVVVGS GGGRGAGGSR QGGQPGAQR MYKQSMAQRA RTMALYNPIP VRQNCLTVNR SLFLFSEDNV VRKYAKKITE WPPFEYMILA TIIANCIVLA L EQHLPDDD ...文字列:
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UniProtKB: Voltage-dependent P/Q-type calcium channel subunit alpha-1A

+
分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

+
分子 #9: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #10: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 5 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル / コレステロール

+
分子 #11: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tr...

分子名称: [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate
タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: PT5
分子量理論値: 1.047088 KDa

+
分子 #12: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

+
分子 #13: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 126389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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