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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37629 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 prototype spike protein receptor-binding domain in complex with hippopotamus ACE2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / VIRAL PROTEIN/HYDROLASE (ウイルス性) / VIRAL PROTEIN-HYDROLASE complex (ウイルス性) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Hippopotamus amphibius (カバ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å | |||||||||
データ登録者 | Han P / Yang RR / Li SH | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Molecular basis of hippopotamus ACE2 binding to SARS-CoV-2 著者: Yang R / Han P / Han P / Li D / Zhao R / Niu S / Liu K / Li S / Tian W / Gao GF | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37629.map.gz | 176.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37629-v30.xml emd-37629.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37629_fsc.xml | 14.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37629.png | 41.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37629.cif.gz | 6.5 KB | ||
その他 | emd_37629_half_map_1.map.gz emd_37629_half_map_2.map.gz | 317.9 MB 317.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37629 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37629 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wlrMC 8wloC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37629_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37629_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 prototype spike protein receptor-binding domain in com...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 prototype spike protein receptor-binding domain in complex with hippopotamus ACE2 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 prototype spike protein receptor-binding domain in com...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 prototype spike protein receptor-binding domain in complex with hippopotamus ACE2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-分子 #1: Angiotensin-converting enzyme
分子 | 名称: Angiotensin-converting enzyme / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Hippopotamus amphibius (カバ) |
分子量 | 理論値: 69.335891 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: QSTTEEQAKT FLLKFDHDAE DLSYQSSLAS WNYNTNITDE NVQKMNEARA KWSAFYEEQS KAAKMFSLEE IQDLTLKRQL QALQQSGTS ALSADKSKRL NTILNTMSTI YSSGKVLDPN TQECLVLEPG LDDIMENSQD YSRRLWAWEG WRAEVGKQLR P LYEEYVVL ...文字列: QSTTEEQAKT FLLKFDHDAE DLSYQSSLAS WNYNTNITDE NVQKMNEARA KWSAFYEEQS KAAKMFSLEE IQDLTLKRQL QALQQSGTS ALSADKSKRL NTILNTMSTI YSSGKVLDPN TQECLVLEPG LDDIMENSQD YSRRLWAWEG WRAEVGKQLR P LYEEYVVL ENEMARANNY EDYGDYWRGD YEVTGAGDYD YSRDQLITDV ERTFAEIKPL YEQLHAYVRT KLMDAYPSHI SP TGCLPAH LLGDMWGRFW TNLYPLTVPF GQKPSIDVTR EMENQSWDTK RIFKEAEKFF VSIGLPNMTQ GFWDNSMLTE PGD GRKVVC HPTAWDLGKG DFRIKMCTKV TMDDFLTAHH EMGHIQYDMA YATQPYLLRN GANEGFHEAV GEIMSLSAAT PHYL KALGL LPPDFYEDSE TEINFLLKQA LTIVGTLPFT YMLEKWRWMV FKGKIPKEQW MQKWWEMKRE IVGVVEPLPH DETYC DPAC LFHVAEDYSF IRYYTRTIYQ FQFHEALCQT AKHEGPLYKC DISNSTDAGQ RLLQMLNLGK SEPWTLALER IVGAKT MDV KPLLNYFEPL LTWLKDQNGN SFVGWSTDWT PYSE |
-分子 #2: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
分子量 | 理論値: 135.118859 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLTT RTQLPPAYTN SFTRGVYYPD KVFRSSVLHS TQDLFLPFFS NVTWFHAIHV SGTNGTKRFD NPVLPFNDG VYFASTEKSN IIRGWIFGTT LDSKTQSLLI VNNATNVVIK VCEFQFCNDP FLGVYYHKNN KSWMESEFRV Y SSANNCTF EYVSQPFLMD LEGKQGNFKN LREFVFKNID GYFKIYSKHT PINLVRDLPQ GFSALEPLVD LPIGINITRF QT LLALHRS YLTPGDSSSG WTAGAAAYYV GYLQPRTFLL KYNENGTITD AVDCALDPLS ETKCTLKSFT VEKGIYQTSN FRV QPTESI VRFPNITNLC PFGEVFNATR FASVYAWNRK RISNCVADYS VLYNSASFST FKCYGVSPTK LNDLCFTNVY ADSF VIRGD EVRQIAPGQT GKIADYNYKL PDDFTGCVIA WNSNNLDSKV GGNYNYLYRL FRKSNLKPFE RDISTEIYQA GSTPC NGVE GFNCYFPLQS YGFQPTNGVG YQPYRVVVLS FELLHAPATV CGPKKSTNLV KNKCVNFNFN GLTGTGVLTE SNKKFL PFQ QFGRDIADTT DAVRDPQTLE ILDITPCSFG GVSVITPGTN TSNQVAVLYQ DVNCTEVPVA IHADQLTPTW RVYSTGS NV FQTRAGCLIG AEHVNNSYEC DIPIGAGICA SYQTQTNSPG SASSVASQSI IAYTMSLGAE NSVAYSNNSI AIPTNFTI S VTTEILPVSM TKTSVDCTMY ICGDSTECSN LLLQYGSFCT QLNRALTGIA VEQDKNTQEV FAQVKQIYKT PPIKDFGGF NFSQILPDPS KPSKRSPIED LLFNKVTLAD AGFIKQYGDC LGDIAARDLI CAQKFNGLTV LPPLLTDEMI AQYTSALLAG TITSGWTFG AGPALQIPFP MQMAYRFNGI GVTQNVLYEN QKLIANQFNS AIGKIQDSLS STPSALGKLQ DVVNQNAQAL N TLVKQLSS NFGAISSVLN DILSRLDPPE AEVQIDRLIT GRLQSLQTYV TQQLIRAAEI RASANLAATK MSECVLGQSK RV DFCGKGY HLMSFPQSAP HGVVFLHVTY VPAQEKNFTT APAICHDGKA HFPREGVFVS NGTHWFVTQR NFYEPQIITT DNT FVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD SFKEELDKYF KNHTSPDVDL GDISGINASV VNIQKEIDRL NEVAKNLNES LIDL QELGK YEQYIKWPWY IW UniProtKB: スパイクタンパク質 |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |