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- EMDB-36162: Cryo-EM structure of yeast Rat1-bound Pol II pre-termination tran... -

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データベース: EMDB / ID: EMD-36162
タイトルCryo-EM structure of yeast Rat1-bound Pol II pre-termination transcription complex 1 (Pol II Rat1-PTTC1)
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA Polymerase II pre-termination complex bound with Rat1-Rai1 and Spt5
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
    • DNA: x 2種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードTranscription termination / Pol II / Rat1/Rai1 / Spt5 / TRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II termination complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / sno(s)RNA processing / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / Las1 complex / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / phosphodiesterase decapping endonuclease activity ...RNA polymerase II termination complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / sno(s)RNA processing / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / Las1 complex / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA 5'-diphosphatase activity / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / snRNP binding / regulation of rRNA processing / RNA polymerase I core binding / nucleic acid metabolic process / intracellular mRNA localization / DSIF complex / nuclear mRNA surveillance / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RPB4-RPB7 complex / U4 snRNA binding / : / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / : / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / spliceosomal complex assembly / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / tRNA transcription by RNA polymerase III / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of translational initiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / RNA polymerase II activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / U5 snRNA binding / DNA修復 / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / enzyme regulator activity / RNA polymerase II, core complex / positive regulation of autophagy / translation initiation factor binding / U1 snRNA binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / P-body / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / 転写後修飾 / rRNA processing / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / cytoplasmic stress granule / ペルオキシソーム / single-stranded DNA binding / リボソーム生合成 / 染色体
類似検索 - 分子機能
5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / RAI1-like / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease / RAI1-like family / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 ...5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain / RAI1-like / RAI1 like PD-(D/E)XK nuclease / RAI1-like family / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 ...DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / Transcription elongation factor SPT5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Decapping nuclease RAI1 / 5'-3' exoribonuclease 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Zeng Y / Zhang Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Other governmentJCYJ-SHFY-2022-012 中国
Other government2018YFA0900700 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural basis of exoribonuclease-mediated mRNA transcription termination.
著者: Yuan Zeng / Hong-Wei Zhang / Xiao-Xian Wu / Yu Zhang /
要旨: Efficient termination is required for robust gene transcription. Eukaryotic organisms use a conserved exoribonuclease-mediated mechanism to terminate the mRNA transcription by RNA polymerase II ...Efficient termination is required for robust gene transcription. Eukaryotic organisms use a conserved exoribonuclease-mediated mechanism to terminate the mRNA transcription by RNA polymerase II (Pol II). Here we report two cryogenic electron microscopy structures of Saccharomyces cerevisiae Pol II pre-termination transcription complexes bound to the 5'-to-3' exoribonuclease Rat1 and its partner Rai1. Our structures show that Rat1 displaces the elongation factor Spt5 to dock at the Pol II stalk domain. Rat1 shields the RNA exit channel of Pol II, guides the nascent RNA towards its active centre and stacks three nucleotides at the 5' terminus of the nascent RNA. The structures further show that Rat1 rotates towards Pol II as it shortens RNA. Our results provide the structural mechanism for the Rat1-mediated termination of mRNA transcription by Pol II in yeast and the exoribonuclease-mediated termination of mRNA transcription in other eukaryotes.
履歴
登録2023年5月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_36162.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_36162.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.89535546 - 2.3521378
平均 (標準偏差)-0.0014003506 (±0.045312617)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 440.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: local map

ファイルemd_36162_additional_1.map
注釈local map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: composite map

ファイルemd_36162_additional_2.map
注釈composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_36162_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_36162_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA Polymerase II pre-termination complex bound with Rat1-Rai1 an...

全体名称: RNA Polymerase II pre-termination complex bound with Rat1-Rai1 and Spt5
要素
  • 複合体: RNA Polymerase II pre-termination complex bound with Rat1-Rai1 and Spt5
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11ポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4RNAポリメラーゼ
    • タンパク質・ペプチド: 5'-3' exoribonuclease 2
    • DNA: DNA (38-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Decapping nuclease RAI1
    • RNA: RNAリボ核酸
    • DNA: DNA (38-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT5
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: RNA Polymerase II pre-termination complex bound with Rat1-Rai1 an...

超分子名称: RNA Polymerase II pre-termination complex bound with Rat1-Rai1 and Spt5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#18
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 191.821578 KDa
配列文字列: MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG ...文字列:
MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG NTQPTIRKDG LKLVGSWKKD RATGDADEPE LRVLSTEEIL NIFKHISVKD FTSLGFNEVF SRPEWMILTC LP VPPPPVR PSISFNESQR GEDDLTFKLA DILKANISLE TLEHNGAPHH AIEEAESLLQ FHVATYMDND IAGQPQALQK SGR PVKSIR ARLKGKEGRI RGNLMGKRVD FSARTVISGD PNLELDQVGV PKSIAKTLTY PEVVTPYNID RLTQLVRNGP NEHP GAKYV IRDSGDRIDL RYSKRAGDIQ LQYGWKVERH IMDNDPVLFN RQPSLHKMSM MAHRVKVIPY STFRLNLSVT SPYNA DFDG DEMNLHVPQS EETRAELSQL CAVPLQIVSP QSNKPCMGIV QDTLCGIRKL TLRDTFIELD QVLNMLYWVP DWDGVI PTP AIIKPKPLWS GKQILSVAIP NGIHLQRFDE GTTLLSPKDN GMLIIDGQII FGVVEKKTVG SSNGGLIHVV TREKGPQ VC AKLFGNIQKV VNFWLLHNGF STGIGDTIAD GPTMREITET IAEAKKKVLD VTKEAQANLL TAKHGMTLRE SFEDNVVR F LNEARDKAGR LAEVNLKDLN NVKQMVMAGS KGSFINIAQM SACVGQQSVE GKRIAFGFVD RTLPHFSKDD YSPESKGFV ENSYLRGLTP QEFFFHAMGG REGLIDTAVK TAETGYIQRR LVKALEDIMV HYDNTTRNSL GNVIQFIYGE DGMDAAHIEK QSLDTIGGS DAAFEKRYRV DLLNTDHTLD PSLLESGSEI LGDLKLQVLL DEEYKQLVKD RKFLREVFVD GEANWPLPVN I RRIIQNAQ QTFHIDHTKP SDLTIKDIVL GVKDLQENLL VLRGKNEIIQ NAQRDAVTLF CCLLRSRLAT RRVLQEYRLT KQ AFDWVLS NIEAQFLRSV VHPGEMVGVL AAQSIGEPAT QMTLNTFHFA GVASKKVTSG VPRLKEILNV AKNMKTPSLT VYL EPGHAA DQEQAKLIRS AIEHTTLKSV TIASEIYYDP DPRSTVIPED EEIIQLHFSL LDEEAEQSFD QQSPWLLRLE LDRA AMNDK DLTMGQVGER IKQTFKNDLF VIWSEDNDEK LIIRCRVVRP KSLDAETEAE EDHMLKKIEN TMLENITLRG VENIE RVVM MKYDRKVPSP TGEYVKEPEW VLETDGVNLS EVMTVPGIDP TRIYTNSFID IMEVLGIEAG RAALYKEVYN VIASDG SYV NYRHMALLVD VMTTQGGLTS VTRHGFNRSN TGALMRCSFE ETVEILFEAG ASAELDDCRG VSENVILGQM APIGTGA FD VMIDEESLVK YMPEQKITEI EDGQDGGVTP YSNESGLVNA DLDVKDELMF SPLVDSGSND AMAGGFTAYG GADYGEAT S PFGAYGEAPT SPGFGVSSPG FSPTSPTYSP TSPAYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPA YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSY SPTSPNYSPT SPSYSPTSPG YSPGSPAYSP KQDEQKHNEN ENSR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

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分子 #2: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Residues (1225B-1259B) are an affinity tag(containing a TEV-6xHis-3xFlag tag) we modified in the genome of target strain for convenient protein purification.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 143.336766 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG ...文字列:
MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG RLPIMLRSKN CYLSEATESD LYKLKECPFD MGGYFIINGS EKVLIAQERS AGNIVQVFKK AAPSPISHVA EI RSALEKG SRFISTLQVK LYGREGSSAR TIKATLPYIK QDIPIVIIFR ALGIIPDGEI LEHICYDVND WQMLEMLKPC VED GFVIQD RETALDFIGR RGTALGIKKE KRIQYAKDIL QKEFLPHITQ LEGFESRKAF FLGYMINRLL LCALDRKDQD DRDH FGKKR LDLAGPLLAQ LFKTLFKKLT KDIFRYMQRT VEEAHDFNMK LAINAKTITS GLKYALATGN WGEQKKAMSS RAGVS QVLN RYTYSSTLSH LRRTNTPIGR DGKLAKPRQL HNTHWGLVCP AETPEGQACG LVKNLSLMSC ISVGTDPMPI ITFLSE WGM EPLEDYVPHQ SPDATRVFVN GVWHGVHRNP ARLMETLRTL RRKGDINPEV SMIRDIREKE LKIFTDAGRV YRPLFIV ED DESLGHKELK VRKGHIAKLM ATEYQDIEGG FEDVEEYTWS SLLNEGLVEY IDAEEEESIL IAMQPEDLEP AEANEEND L DVDPAKRIRV SHHATTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLGTTRAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKKYGMSI TETFEKPQRT NTLRMKHGT YDKLDDDGLI APGVRVSGED VIIGKTTPIS PDEEELGQRT AYHSKRDAST PLRSTENGIV DQVLVTTNQD G LKFVKVRV RTTKIPQIGD KFASRHGQKG TIGITYRRED MPFTAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVAALS GN EGDASPF TDITVEGISK LLREHGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQIFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPMQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAASF LKERLMEASD AFRVHICGIC GLMTVIAKLN HNQFECKGCD NKIDIYQIHI PYAA KLLFQ ELMAMNITPR LYTDRSRDFE NLYFQGHHHH HHDYKDHDGD YKDHDIDYKD DDDK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 35.330457 KDa
配列文字列: MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCE DHCDKCSVVL TLQAFGESES TTNVYSKDLV IVSNLMGRNI GHPIIQDKEG NGVLICKLRK GQELKLTCVA K KGIAKEHA ...文字列:
MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCE DHCDKCSVVL TLQAFGESES TTNVYSKDLV IVSNLMGRNI GHPIIQDKEG NGVLICKLRK GQELKLTCVA K KGIAKEHA KWGPAAAIEF EYDPWNKLKH TDYWYEQDSA KEWPQSKNCE YEDPPNEGDP FDYKAQADTF YMNVESVGSI PV DQVVVRG IDTLQKKVAS ILLALTQMDQ DKVNFASGDN NTASNMLGSN EDVMMTGAEQ DPYSNASQMG NTGSGGYDNA W

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 25.451191 KDa
配列文字列: MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK ...文字列:
MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK STGLHPFEVA QLGSLACDTA DEAKTLIPSL NNKISDDELE RILKELSNLE TLY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 25.117094 KDa
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY ...文字列:
MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY RLKESQLPRI QRADPVALYL GLKRGEVVKI IRKSETSGRY ASYRICM

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 17.931834 KDa
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR IAMKELAEKK IPLVIRRYLP DGSFEDWSVE ELIVDL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 19.081053 KDa
配列文字列:
MFFIKDLSLN ITLHPSFFGP RMKQYLKTKL LEEVEGSCTG KFGYILCVLD YDNIDIQRGR ILPTDGSAEF NVKYRAVVFK PFKGEVVDG TVVSCSQHGF EVQVGPMKVF VTKHLMPQDL TFNAGSNPPS YQSSEDVITI KSRIRVKIEG CISQVSSIHA I GSIKEDYL GAI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 16.525363 KDa
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTPA NDSSATRSWR PPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG GLLMRLEGNY RNLNNLKQEN AYLLIRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 14.308161 KDa
配列文字列:
MTTFRFCRDC NNMLYPREDK ENNRLLFECR TCSYVEEAGS PLVYRHELIT NIGETAGVVQ DIGSDPTLPR SDRECPKCHS RENVFFQSQ QRRKDTSMVL FFVCLSCSHI FTSDQKNKRT QFS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 8.290732 KDa
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKRD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 13.633493 KDa
配列文字列:
MNAPDRFELF LLGEGESKLK IDPDTKAPNA VVITFEKEDH TLGNLIRAEL LNDRKVLFAA YKVEHPFFAR FKLRIQTTEG YDPKDALKN ACNSIINKLG ALKTNFETEW NLQTLAADDA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 7.729969 KDa
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: 5'-3' exoribonuclease 2

分子名称: 5'-3' exoribonuclease 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13
詳細: Residues (1M-13M) are also an affinity tag for convenient protein purification.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 117.606508 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDMGVPSFF RWLSRKYPKI ISPVLEEQPQ IVDGVILPLD YSASNPNGEL DNLYLDMNGI VHPCSHPENK PPPETEDEM LLAVFEYTNR VLNMARPRKV LVMAVDGVAP RAKMNQQRAR RFRSARDAQI ENEAREEIMR QREEVGEIID D AVRNKKTW ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDMGVPSFF RWLSRKYPKI ISPVLEEQPQ IVDGVILPLD YSASNPNGEL DNLYLDMNGI VHPCSHPENK PPPETEDEM LLAVFEYTNR VLNMARPRKV LVMAVDGVAP RAKMNQQRAR RFRSARDAQI ENEAREEIMR QREEVGEIID D AVRNKKTW DSNAITPGTP FMDKLAAALR YWTAFKLATD PGWKNLQVII SDATVPGEGE HKIMNFIRSQ RADPEYNPNT TH CIYGLDA DLIFLGLATH EPHFKILRED VFAQDNRKRN NLKDTINMTE EEKQFLQKQN SEQPFLWLHI NVLREYLSAE LWV PGLPFT FDLERAIDDW VFMCFFCGND FLPHLPCLDV RENSIDILLD IWKVVLPKLK TYMTCDGVLN LPSVETLLQH LGSR EGDIF KTRHIQEARK KEAFERRKAQ KNMSKGQDRH PTVATEQLQM YDTQGNLAKG SWNLTTSDMV RLKKELMLAN EGNEE AIAK VKQQSDKNNE LMKDISKEEI DDAVSKANKT NFNLAEVMKQ KIINKKHRLE KDNEEEEIAK DSKKVKTEKA ESECDL DAE IKDEIVADVN DRENSETTEV SRDSPVHSTV NVSEGPKNGV FDTDEFVKLF EPGYHERYYT AKFHVTPQDI EQLRKDM VK CYIEGVAWVL MYYYQGCASW NWFYPYHYAP LATDFHGFSH LEIKFEEGTP FLPYEQLMSV LPAASGHALP KIFRSLMS E PDSEIIDFYP EEFPIDMNGK KMSWQGIALL PFIDQDRLLT AVRAQYPLLS DAERARNIRG EPVLLISNKN ANYERFSKK LYSKENNNNN VVVKFQHFKS GLSGIVSKDV EGFELNGKIV CPIQGGSLPN LSTTLILKMS YRLIPLPSRN KSIILNGFIP SEPVLTAYD LDSIMYKYNN QNYSRRWNFG NDLKQNIVPV GPKGITQYKP RTGGYRAFFY FAELSRNNVQ PAHNYGRNSY N SQPGFNNS RYDGGNNNYR QNSNYRNNNY SGNRNSGQYS GNSYSRNNKQ SRYDNSRANR R

UniProtKB: 5'-3' exoribonuclease 2

+
分子 #15: Decapping nuclease RAI1

分子名称: Decapping nuclease RAI1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 44.571445 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGVSANLFVK QRGSTTALKQ PKEIGFYSRT KDEEYLISDD TNLNYYYLPD AELDRKLDLS SGFQKFKDYY KDFEDRCSLR GLLETIESS ERHKGKKINA DIITFRGIAR KLISCAFDSP SFNTVDLRIV SFNGQLFIKE VPEAVNAAKA SSATEAGRNI N QDLNVFTG ...文字列:
MGVSANLFVK QRGSTTALKQ PKEIGFYSRT KDEEYLISDD TNLNYYYLPD AELDRKLDLS SGFQKFKDYY KDFEDRCSLR GLLETIESS ERHKGKKINA DIITFRGIAR KLISCAFDSP SFNTVDLRIV SFNGQLFIKE VPEAVNAAKA SSATEAGRNI N QDLNVFTG YKFETLATLS NPLQYTPREV IEKRTKRIVS HGDEYISVVR TGVGNCKLIL GAEVDCIFDF KENGRDNLKH YA ELKCTQQ VANISDTHKF ERKLFRTWLQ CFLVGIPRII YGFKDDHYVL KTVEEFSTEE VPVLLKNNNP QVGSACLEAI KWY GLLTEW LLKMIPRDED PHSQIRAFKL VFENNHLRLS EIEESDEEYS GLIDGEHILS NGFKEWRKSL K

UniProtKB: Decapping nuclease RAI1

+
分子 #18: Transcription elongation factor SPT5

分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 115.797969 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSDNSDTNVS MQDHDQQFAD PVVVPQSTDT KDENTSDKDT VDSGNVTTTE STERAESTSN IPPLDGEEKE AKSEPQQPED NAETAATEQ VSSSNGPATD DAQATLNTDS SEANEIVKKE EGSDERKRPR EEDTKNSDGD TKDEGDNKDE DDDEDDDDDD D DEDDDDEA ...文字列:
MSDNSDTNVS MQDHDQQFAD PVVVPQSTDT KDENTSDKDT VDSGNVTTTE STERAESTSN IPPLDGEEKE AKSEPQQPED NAETAATEQ VSSSNGPATD DAQATLNTDS SEANEIVKKE EGSDERKRPR EEDTKNSDGD TKDEGDNKDE DDDEDDDDDD D DEDDDDEA PTKRRRQERN RFLDIEAEVS DDEDEDEDEE DSELVREGFI THGDDEDDEA SAPGARRDDR LHRQLDQDLN KT SEEDAQR LAKELRERYG RSSSKQYRAA AQDGYVPQRF LLPSVDTATI WGVRCRPGKE KELIRKLLKK KFNLDRAMGK KKL KILSIF QRDNYTGRIY IEAPKQSVIE KFCNGVPDIY ISQKLLIPVQ ELPLLLKPNK SDDVALEEGS YVRIKRGIYK GDLA MVDQI SENNLEVMLK IVPRLDYGKF DEIDPTTQQR KSRRPTFAHR APPQLFNPTM ALRLDQANLY KRDDRHFTYK NEDYI DGYL YKSFRIQHVE TKNIQPTVEE LARFGSKEGA VDLTSVSQSI KKAQAAKVTF QPGDRIEVLN GEQRGSKGIV TRTTKD IAT IKLNGFTTPL EFPISTLRKI FEPGDHVTVI NGEHQGDAGL VLMVEQGQVT FMSTQTSREV TITANNLSKS IDTTATS SE YALHDIVELS AKNVACIIQA GHDIFKVIDE TGKVSTITKG SILSKINTAR ARVSSVDANG NEIKIGDTIV EKVGSRRE G QVLYIQTQQI FVVSKKIVEN AGVFVVNPSN VEAVASKDNM LSNKMDLSKM NPEIISKMGP PSSKTFQQPI QSRGGREVA LGKTVRIRSA GYKGQLGIVK DVNGDKATVE LHSKNKHITI DKHKLTYYNR EGGEGITYDE LVNRRGRVPQ ARMGPSYVSA PRNMATGGI AAGAAATSSG LSGGMTPGWS SFDGGKTPAV NAHGGSGGGG VSSWGGASTW GGQGNGGASA WGGAGGGASA W GGQGTGAT STWGGASAWG NKSSWGGAST WASGGESNGA MSTWGGTGDR SAYGGASTWG GNNNNKSTRD GGASAWGNQD DG NRSAWNN QGNKSNYGGN STWGGH

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT5

+
分子 #14: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.892528 KDa
配列文字列:
(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA) (DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC) (DG) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)

+
分子 #17: DNA (38-MER)

分子名称: DNA (38-MER) / タイプ: dna / ID: 17 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 14.658418 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG) (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DC) (DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DG)(DC) (DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)

+
分子 #16: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 16 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.403457 KDa
配列文字列:
ACAGAUCGUG UCCAUCGAGA GGU

+
分子 #19: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #20: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5vvs

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 416223
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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