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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19501 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the undecorated barbed end of F-actin. | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened, local-resolution filtered cryo-EM density map of the undecorated barbed end of actin filaments. | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | actin (アクチン) / actin end / barbed end / actin assembly (アクチン) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament ...cytoskeletal motor activator activity / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration / troponin I binding / actin filament bundle / filamentous actin / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament bundle assembly / striated muscle thin filament / skeletal muscle myofibril / actin monomer binding / skeletal muscle fiber development / stress fiber / titin binding / actin filament polymerization / filopodium / マイクロフィラメント / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / calcium-dependent protein binding / lamellipodium / cell body / hydrolase activity / protein domain specific binding / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Oosterheert W / Boiero Sanders M / Funk J / Prumbaum D / Raunser S / Bieling P | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of actin filament elongation by formins. 著者: Wout Oosterheert / Micaela Boiero Sanders / Johanna Funk / Daniel Prumbaum / Stefan Raunser / Peter Bieling / 要旨: Formins control the assembly of actin filaments (F-actin) that drive cell morphogenesis and motility in eukaryotes. However, their molecular interaction with F-actin and their mechanism of action ...Formins control the assembly of actin filaments (F-actin) that drive cell morphogenesis and motility in eukaryotes. However, their molecular interaction with F-actin and their mechanism of action remain unclear. In this work, we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of F-actin barbed ends bound by three distinct formins, revealing a common asymmetric formin conformation imposed by the filament. Formation of new intersubunit contacts during actin polymerization sterically displaces formin and triggers its translocation. This "undock-and-lock" mechanism explains how actin-filament growth is coordinated with formin movement. Filament elongation speeds are controlled by the positioning and stability of actin-formin interfaces, which distinguish fast and slow formins. Furthermore, we provide a structure of the actin-formin-profilin ring complex, which resolves how profilin is rapidly released from the barbed end during filament elongation. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19501.map.gz | 168 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19501-v30.xml emd-19501.xml | 25.2 KB 25.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19501_fsc.xml | 11.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19501.png | 67.4 KB | ||
マスクデータ | emd_19501_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19501.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_19501_additional_1.map.gz emd_19501_half_map_1.map.gz emd_19501_half_map_2.map.gz | 89.3 MB 165.2 MB 165.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19501 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19501 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19501.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened, local-resolution filtered cryo-EM density map of the undecorated barbed end of actin filaments. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19501_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: 3D-refined, unsharpened cryo-EM density map of the undecorated...
ファイル | emd_19501_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | 3D-refined, unsharpened cryo-EM density map of the undecorated barbed end of actin filaments. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half map 2 of the undecorated barbed...
ファイル | emd_19501_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half map 2 of the undecorated barbed end of actin filaments. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Unfiltered half map 1 of the undecorated barbed...
ファイル | emd_19501_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unfiltered half map 1 of the undecorated barbed end of actin filaments. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of the actin subunits that form the barbed end of actin f...
全体 | 名称: Complex of the actin subunits that form the barbed end of actin filaments. |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of the actin subunits that form the barbed end of actin f...
超分子 | 名称: Complex of the actin subunits that form the barbed end of actin filaments. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Alpha actin was purified from rabbit skeletal muscle. Actin filaments were polymerized in the presence of the formin INF2, which was purified separetely and added during polymerization prior ...詳細: Alpha actin was purified from rabbit skeletal muscle. Actin filaments were polymerized in the presence of the formin INF2, which was purified separetely and added during polymerization prior to cryo-EM grid preparation. |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: Skeletal muscle |
-超分子 #2: Actin filament
超分子 | 名称: Actin filament / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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-分子 #1: Actin, alpha skeletal muscle
分子 | 名称: Actin, alpha skeletal muscle / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Rabbit skeletal alpha actin purified from frozen rabbit muscle acetone powder. コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: Skeletal muscle |
分子量 | 理論値: 41.875633 KDa |
配列 | 文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG ...文字列: DEDETTALVC DNGSGLVKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IE(HIC)GII TNW DDMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPTLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNV PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVLDSG DG VTHNVPIYEG YALPHAIMRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFVTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFENEMA TAASSSSL E KSYELPDGQV ITIGNERFRC PETLFQPSFI GMESAGIHET TYNSIMKCDI DIRKDLYANN VMSGGTTMYP GIADRMQKE ITALAPSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ITKQEYDEAG PSIVHRKCF UniProtKB: Actin, alpha skeletal muscle |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.1 構成要素:
詳細: 12 mM HEPES pH 7.1, 100 mM KCl, 2.1 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 1 mM TCEP, 0.2 mM ATP | |||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 286 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 seconds, force 0.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: 300 kV Titan Krios G3 microscope (Thermo Fisher Scientific). エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 15 eV / 詳細: Gatan energy filter. |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
詳細 | 300 kV Titan Krios G3 microscope (Thermo Fisher Scientific). |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 20305 / 平均電子線量: 60.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |