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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19008 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc) | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | 3-end processing / polyadenylation (ポリアデニル化) / PAPOA / pre-mRNA (一次転写産物) / cleavage and polyadenylation / RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair ...co-transcriptional RNA 3'-end processing, cleavage and polyadenylation pathway / Inhibition of Host mRNA Processing and RNA Silencing / RNA 3'-end processing / Processing of Intronless Pre-mRNAs / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / collagen trimer / mRNA 3'-end processing / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / postreplication repair / tRNA processing in the nucleus / RNA Polymerase II Transcription Termination / : / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / nucleotidyltransferase activity / 転写後修飾 / 核小体 / sequence-specific double-stranded DNA binding / 精子形成 / intracellular membrane-bounded organelle / enzyme binding / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Todesca S / Sandmeir F / Keidel A / Conti E | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, デンマーク, 4件
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引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of human polyA polymerase recruitment by mPSF. 著者: Sofia Todesca / Felix Sandmeir / Achim Keidel / Elena Conti 要旨: 3' end processing of most eukaryotic pre-mRNAs is a crucial co-transcriptional process that generally involves the cleavage and polyadenylation of the precursor transcripts. Within the human 3' end ...3' end processing of most eukaryotic pre-mRNAs is a crucial co-transcriptional process that generally involves the cleavage and polyadenylation of the precursor transcripts. Within the human 3' end processing machinery, the 4-subunit mammalian polyadenylation specificity factor (mPSF) recognizes the polyadenylation signal (PAS) in the pre-mRNA and recruits the polyA polymerase α (PAPOA) to it. To shed light on the molecular mechanisms of PAPOA recruitment to mPSF, we used a combination of cryogenic-electron microscopy (cryo-EM) single-particle analysis, computational structure prediction and biochemistry to reveal an intricate interaction network. A short linear motif in the mPSF subunit FIP1 interacts with the structured core of human PAPOA, with a binding mode that is evolutionary conserved from yeast to human. In higher eukaryotes, however, PAPOA contains a conserved C-terminal motif that can interact intramolecularly with the same residues of the PAPOA structured core used to bind FIP1. Interestingly, using biochemical assay and cryo-EM structural analysis, we found that the PAPOA C-terminal motif can also directly interact with mPSF at the subunit CPSF160. These results show that PAPOA recruitment to mPSF is mediated by two distinct intermolecular connections and further suggest the presence of mutually exclusive interactions in the regulation of 3' end processing. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19008.map.gz | 43 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19008-v30.xml emd-19008.xml | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_19008.png | 73.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19008.cif.gz | 7.3 KB | ||
その他 | emd_19008_additional_1.map.gz emd_19008_additional_2.map.gz emd_19008_half_map_1.map.gz emd_19008_half_map_2.map.gz | 80.6 MB 76.1 MB 79.5 MB 79.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19008 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19008 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r8rMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19008.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 85.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8512 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: sharpened map - B factor 116.4
ファイル | emd_19008_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened map - B factor 116.4 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: deepEMhancer map
ファイル | emd_19008_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | deepEMhancer map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19008_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19008_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc)
全体 | 名称: mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc) |
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要素 |
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-超分子 #1: mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc)
超分子 | 名称: mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
分子 | 名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 161.074234 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES ...文字列: MYAVYKQAHP PTGLEFSMYC NFFNNSERNL VVAGTSQLYV YRLNRDAEAL TKNDRSTEGK AHREKLELAA SFSFFGNVMS MASVQLAGA KRDALLLSFK DAKLSVVEYD PGTHDLKTLS LHYFEEPELR DGFVQNVHTP RVRVDPDGRC AAMLVYGTRL V VLPFRRES LAEEHEGLVG EGQRSSFLPS YIIDVRALDE KLLNIIDLQF LHGYYEPTLL ILFEPNQTWP GRVAVRQDTC SI VAISLNI TQKVHPVIWS LTSLPFDCTQ ALAVPKPIGG VVVFAVNSLL YLNQSVPPYG VALNSLTTGT TAFPLRTQEG VRI TLDCAQ ATFISYDKMV ISLKGGEIYV LTLITDGMRS VRAFHFDKAA ASVLTTSMVT MEPGYLFLGS RLGNSLLLKY TEKL QEPPA SAVREAADKE EPPSKKKRVD ATAGWSAAGK SVPQDEVDEI EVYGSEAQSG TQLATYSFEV CDSILNIGPC ANAAV GEPA FLSEEFQNSP EPDLEIVVCS GHGKNGALSV LQKSIRPQVV TTFELPGCYD MWTVIAPVRK EEEDNPKGEG TEQEPS TTP EADDDGRRHG FLILSREDST MILQTGQEIM ELDTSGFATQ GPTVFAGNIG DNRYIVQVSP LGIRLLEGVN QLHFIPV DL GAPIVQCAVA DPYVVIMSAE GHVTMFLLKS DSYGGRHHRL ALHKPPLHHQ SKVITLCLYR DLSGMFTTES RLGGARDE L GGRSGPEAEG LGSETSPTVD DEEEMLYGDS GSLFSPSKEE ARRSSQPPAD RDPAPFRAEP THWCLLVREN GTMEIYQLP DWRLVFLVKN FPVGQRVLVD SSFGQPTTQG EARREEATRQ GELPLVKEVL LVALGSRQSR PYLLVHVDQE LLIYEAFPHD SQLGQGNLK VRFKKVPHNI NFREKKPKPS KKKAEGGGAE EGAGARGRVA RFRYFEDIYG YSGVFICGPS PHWLLVTGRG A LRLHPMAI DGPVDSFAPF HNVNCPRGFL YFNRQGELRI SVLPAYLSYD APWPVRKIPL RCTAHYVAYH VESKVYAVAT ST NTPCARI PRMTGEEKEF ETIERDERYI HPQQEAFSIQ LISPVSWEAI PNARIELQEW EHVTCMKTVS LRSEETVSGL KGY VAAGTC LMQGEEVTCR GRILIMDVIE VVPEPGQPLT KNKFKVLYEK EQKGPVTALC HCNGHLVSAI GQKIFLWSLR ASEL TGMAF IDTQLYIHQM ISVKNFILAA DVMKSISLLR YQEESKTLSL VSRDAKPLEV YSVDFMVDNA QLGFLVSDRD RNLMV YMYL PEAKESFGGM RLLRRADFHV GAHVNTFWRT PCRGATEGLS KKSVVWENKH ITWFATLDGG IGLLLPMQEK TYRRLL MLQ NALTTMLPHH AGLNPRAFRM LHVDRRTLQN AVRNVLDGEL LNRYLYLSTM ERSELAKKIG TTPDIILDDL LETDRVT AH F UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 |
-分子 #2: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33
分子 | 名称: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 47.580129 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MATEIGSPPR FFHMPRFQHQ APRQLFYKRP DFAQQQAMQQ LTFDGKRMRK AVNRKTIDYN PSVIKYLENR IWQRDQRDMR AIQPDAGYY NDLVPPIGML NNPMNAVTTK FVRTSTNKVK CPVFVVRWTP EGRRLVTGAS SGEFTLWNGL TFNFETILQA H DSPVRAMT ...文字列: MATEIGSPPR FFHMPRFQHQ APRQLFYKRP DFAQQQAMQQ LTFDGKRMRK AVNRKTIDYN PSVIKYLENR IWQRDQRDMR AIQPDAGYY NDLVPPIGML NNPMNAVTTK FVRTSTNKVK CPVFVVRWTP EGRRLVTGAS SGEFTLWNGL TFNFETILQA H DSPVRAMT WSHNDMWMLT ADHGGYVKYW QSNMNNVKMF QAHKEAIREA SFSPTDNKFA TCSDDGTVRI WDFLRCHEER IL RGHGADV KCVDWHPTKG LVVSGSKDSQ QPIKFWDPKT GQSLATLHAH KNTVMEVKLN LNGNWLLTAS RDHLCKLFDI RNL KEELQV FRGHKKEATA VAWHPVHEGL FASGGSDGSL LFWHVGVEKE VGGMEMAHEG MIWSLAWHPL GHILCSGSND HTSK FWTRN RPGDKMRD UniProtKB: pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 |
-分子 #3: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
分子 | 名称: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 31.733426 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KTAGLEVLFQ GPQEIIASVD HIKFDLEIAV EQQLGAQPLP FPGMDKSGAA VCEFFLKAA CGKGGMCPFR HISGEKTVVC KHWLRGLCKK GDQCEFLHEY DMTKMPECYF YSKFGECSNK ECPFLHIDPE S KIKDCPWY ...文字列: MSAWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KTAGLEVLFQ GPQEIIASVD HIKFDLEIAV EQQLGAQPLP FPGMDKSGAA VCEFFLKAA CGKGGMCPFR HISGEKTVVC KHWLRGLCKK GDQCEFLHEY DMTKMPECYF YSKFGECSNK ECPFLHIDPE S KIKDCPWY DRGFCKHGPL CRHRHTRRVI CVNYLVGFCP EGPSCKFMHP RFELPMGTTE QPPLPQQTQP PAKQRTPQVI GV MQSQNSS AGNRGPRPLE QVTCYKCGEK GHYANRCTKG HLAFLSGQ UniProtKB: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 |
-分子 #4: cDNA FLJ50397, highly similar to Poly(A) polymerase alpha
分子 | 名称: cDNA FLJ50397, highly similar to Poly(A) polymerase alpha タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 2.87241 KDa |
配列 | 文字列: DLSDIPALPA NPIPVIKNSI KLRLNR UniProtKB: cDNA FLJ50397, highly similar to Poly(A) polymerase alpha |
-分子 #5: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*A)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*AP*AP*UP*AP*AP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.907237 KDa |
配列 | 文字列: AAUAAA |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.6 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 186241 |