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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18808 | |||||||||||||||
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タイトル | SD1-3 Fab in complex with SARS-CoV-2 BA.2.12.1 Spike Glycoprotein | |||||||||||||||
マップデータ | CryoEM sharpened C3 symmetric map of SD1-6 fab in complex with BA.2.12.1 S. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Spike / Glycoprotein (糖タンパク質) / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / antibody (抗体) / Fab / SD1 domain / therapeutic (治療) / complex / neutralisingm convalescent sera / viral protein (ウイルスタンパク質) / immune system (免疫系) / SD1-3 / BA.2.12.1 / omicron variant (SARSコロナウイルス2-オミクロン株) / virus (ウイルス) / BA.2.86 | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion ...virion component / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト) / Enterobacteria phage T4 (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.37 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Duyvesteyn HME / Ren J / Stuart DI | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 中国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: The SARS-CoV-2 neutralizing antibody response to SD1 and its evasion by BA.2.86. 著者: Daming Zhou / Piyada Supasa / Chang Liu / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Helen M E Duyvesteyn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Wanwisa Dejnirattisai / Nigel Temperton / ...著者: Daming Zhou / Piyada Supasa / Chang Liu / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Helen M E Duyvesteyn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Wanwisa Dejnirattisai / Nigel Temperton / Paul Klenerman / Susanna J Dunachie / Elizabeth E Fry / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton / 要旨: Under pressure from neutralising antibodies induced by vaccination or infection the SARS-CoV-2 spike gene has become a hotspot for evolutionary change, leading to the failure of all mAbs developed ...Under pressure from neutralising antibodies induced by vaccination or infection the SARS-CoV-2 spike gene has become a hotspot for evolutionary change, leading to the failure of all mAbs developed for clinical use. Most potent antibodies bind to the receptor binding domain which has become heavily mutated. Here we study responses to a conserved epitope in sub-domain-1 (SD1) of spike which have become more prominent because of mutational escape from antibodies directed to the receptor binding domain. Some SD1 reactive mAbs show potent and broad neutralization of SARS-CoV-2 variants. We structurally map the dominant SD1 epitope and provide a mechanism of action by blocking interaction with ACE2. Mutations in SD1 have not been sustained to date, but one, E554K, leads to escape from mAbs. This mutation has now emerged in several sublineages including BA.2.86, reflecting selection pressure on the virus exerted by the increasing prominence of the anti-SD1 response. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18808.map.gz | 45.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18808-v30.xml emd-18808.xml | 23.7 KB 23.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18808.png | 98.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18808.cif.gz | 7.9 KB | ||
その他 | emd_18808_half_map_1.map.gz emd_18808_half_map_2.map.gz | 45 MB 45 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18808 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 48.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM sharpened C3 symmetric map of SD1-6 fab in complex with BA.2.12.1 S. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.7303 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: CryoEM half map A of SD1-6 fab in complex with BA.2.12.1 S.
ファイル | emd_18808_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half map A of SD1-6 fab in complex with BA.2.12.1 S. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CryoEM half map B of SD1-6 fab in complex with BA.2.12.1 S.
ファイル | emd_18808_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CryoEM half map B of SD1-6 fab in complex with BA.2.12.1 S. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SD1-3 fab in complex with SARS-COV-2 BA.12.1 Spike Glycoprotein
全体 | 名称: SD1-3 fab in complex with SARS-COV-2 BA.12.1 Spike Glycoprotein |
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要素 |
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-超分子 #1: SD1-3 fab in complex with SARS-COV-2 BA.12.1 Spike Glycoprotein
超分子 | 名称: SD1-3 fab in complex with SARS-COV-2 BA.12.1 Spike Glycoprotein タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-超分子 #2: SD1-3 fab
超分子 | 名称: SD1-3 fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Sequence from antibody isolated from convalescent sera. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: BA.2.12.1 Spike Glycoprotein Ectodomain
超分子 | 名称: BA.2.12.1 Spike Glycoprotein Ectodomain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 / 詳細: Has fibritin oligomerization tag |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
-分子 #1: SD1-3 Fab Heavy Chain
分子 | 名称: SD1-3 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.914263 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCTASGVTFS SYAMSWVRQA PGKGLEWVSG ISGSGDSTYY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRVE DTAVYYCATH YCSGGSCPFD YWGQGTLVTV SS |
-分子 #2: SD1-3 Fab Light Chain
分子 | 名称: SD1-3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.218331 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: PSALTQPPSV SVSPGQTASI TCSGDKLGNK YAYWYQQKPG QSPVLVIFQD TMRPSGIPER FSASNSGNTA TLTISGTQSI DEADYYCQA WDSNTAVFGG GTKLTVL |
-分子 #3: Spike glycoprotein,Fibritin
分子 | 名称: Spike glycoprotein,Fibritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 142.72925 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPV LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYYHKNNKSW MESEFRVYSS A NNCTFEYV ...文字列: MFVFLVLLPL VSSQCVNLIT RTQSYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHAIHVSGT NGTKRFDNPV LPFNDGVYF ASTEKSNIIR GWIFGTTLDS KTQSLLIVNN ATNVVIKVCE FQFCNDPFLD VYYHKNNKSW MESEFRVYSS A NNCTFEYV SQPFLMDLEG KQGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPIN LGRDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LA LHRSYLT PGDSSSGWTA GAAAYYVGYL QPRTFLLKYN ENGTITDAVD CALDPLSETK CTLKSFTVEK GIYQTSNFRV QPT ESIVRF PNITNLCPFD EVFNATRFAS VYAWNRKRIS NCVADYSVLY NFAPFFAFKC YGVSPTKLND LCFTNVYADS FVIR GNEVS QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVGGN YNYQYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGV AGFN CYFPLRSYGF RPTYGVGHQP YRVVVLSFEL LHAPATVCGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLT GTGVLTESNK KFLPFQ QFG RDIADTTDAV RDPQTLEILD ITPCSFGGVS VITPGTNTSN QVAVLYQGVN CTEVPVAIHA DQLTPTWRVY STGSNVF QT RAGCLIGAEY VNNSYECDIP IGAGICASYQ TQTKSHRRAR SVASQSIIAY TMSLGAENLV AYSNNSIAIP TNFTISVT T EILPVSMTKT SVDCTMYICG DSTECSNLLL QYGSFCTQLK RALTGIAVEQ DKNTQEVFAQ VKQIYKTPPI KYFGGFNFS QILPDPSKPS KRSFIEDLLF NKVTLADAGF IKQYGDCLGD IAARDLICAQ KFNGLTVLPP LLTDEMIAQY TSALLAGTIT SGWTFGAGA ALQIPFAMQM AYRFNGIGVT QNVLYENQKL IANQFNSAIG KIQDSLSSTA SALGKLQDVV NHNAQALNTL V KQLSSKFG AISSVLNDIL SRLDKVEAEV QIDRLITGRL QSLQTYVTQQ LIRAAEIRAS ANLAATKMSE CVLGQSKRVD FC GKGYHLM SFPQSAPHGV VFLHVTYVPA QEKNFTTAPA ICHDGKAHFP REGVFVSNGT HWFVTQRNFY EPQIITTDNT FVS GNCDVV IGIVNNTVYD PLQPELDSFK EELDKYFKNH TSPDVDLGDI SGINASVVNI QKEIDRLNEV AKNLNESLID LQEL GKYEQ GSGYIPEAPR DGQAYVRKDG EWVLLSTFLG RSLEVLFQGP GHHHHHHHHG SAWSHPQFEK GGGSGGGSGG SAWSH PQFE K UniProtKB: スパイクタンパク質, Fibritin |
-分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 30 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 43 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.5 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Spike ectodomain incubated with SD1-3 fab in 2-fold molecular excess of sites (assuming three per trimeric spike unit). |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 165000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 3282771 / 詳細: Blob picker in cryoSPARC live interface. |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL In silico モデル: Ab initio model generated in cryoSPARC from 100,000 randomly selected picked particles. |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 3次元分類 | クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 167816 |