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- EMDB-18666: Structure of the y-Tubulin Small Complex (yTuSC) as part of the n... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18666
タイトルStructure of the y-Tubulin Small Complex (yTuSC) as part of the native y-Tubulin Ring Complex (yTuRC) capping microtubule minus ends at the spindle pole body
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: y-Tubulin Small Complex bound to two Alpha/Beta tubulin dimers
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component 110
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: water水
キーワードMicrotubule nucleation / MTOC / y-tubulin / SPB / CELL CYCLE (細胞周期)
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / Cilium Assembly / 有糸分裂 / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / nuclear migration along microtubule / homologous chromosome segregation / gamma-tubulin complex / Platelet degranulation / microtubule nucleation / spindle pole body ...nuclear migration by microtubule mediated pushing forces / Cilium Assembly / 有糸分裂 / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / nuclear migration along microtubule / homologous chromosome segregation / gamma-tubulin complex / Platelet degranulation / microtubule nucleation / spindle pole body / gamma-tubulin binding / tubulin complex / mitotic sister chromatid segregation / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule organization / nuclear periphery / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / 紡錘体 / mitotic cell cycle / 微小管 / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Spindle pole body component 110, C-terminal / Spindle pole body component 110 C-terminal domain / チューブリン / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. ...Spindle pole body component 110, C-terminal / Spindle pole body component 110 C-terminal domain / チューブリン / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin beta chain / SPC98 isoform 1 / Tubulin gamma chain / Spindle pole body component / Spindle pole body component 110 / Tubulin alpha-1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.2 Å
データ登録者Dendooven T / Yatskevich S / Burt A / Bellini D / Kilmartin J / Barford D
資金援助 英国, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UK 英国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of the native γ-tubulin ring complex capping spindle microtubules.
著者: Tom Dendooven / Stanislau Yatskevich / Alister Burt / Zhuo A Chen / Dom Bellini / Juri Rappsilber / John V Kilmartin / David Barford /
要旨: Microtubule (MT) filaments, composed of α/β-tubulin dimers, are fundamental to cellular architecture, function and organismal development. They are nucleated from MT organizing centers by the ...Microtubule (MT) filaments, composed of α/β-tubulin dimers, are fundamental to cellular architecture, function and organismal development. They are nucleated from MT organizing centers by the evolutionarily conserved γ-tubulin ring complex (γTuRC). However, the molecular mechanism of nucleation remains elusive. Here we used cryo-electron tomography to determine the structure of the native γTuRC capping the minus end of a MT in the context of enriched budding yeast spindles. In our structure, γTuRC presents a ring of γ-tubulin subunits to seed nucleation of exclusively 13-protofilament MTs, adopting an active closed conformation to function as a perfect geometric template for MT nucleation. Our cryo-electron tomography reconstruction revealed that a coiled-coil protein staples the first row of α/β-tubulin of the MT to alternating positions along the γ-tubulin ring of γTuRC. This positioning of α/β-tubulin onto γTuRC suggests a role for the coiled-coil protein in augmenting γTuRC-mediated MT nucleation. Based on our results, we describe a molecular model for budding yeast γTuRC activation and MT nucleation.
履歴
登録2023年10月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18666.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18666.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.163
最小 - 最大-0.3074678 - 1.074934
平均 (標準偏差)0.0032631468 (±0.037740443)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 554.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Map filtered with OccuPy

ファイルemd_18666_additional_1.map
注釈Map filtered with OccuPy
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18666_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18666_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : y-Tubulin Small Complex bound to two Alpha/Beta tubulin dimers

全体名称: y-Tubulin Small Complex bound to two Alpha/Beta tubulin dimers
要素
  • 細胞器官・細胞要素: y-Tubulin Small Complex bound to two Alpha/Beta tubulin dimers
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component 110
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
    • タンパク質・ペプチド: Unknown protein
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: y-Tubulin Small Complex bound to two Alpha/Beta tubulin dimers

超分子名称: y-Tubulin Small Complex bound to two Alpha/Beta tubulin dimers
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Tubulin gamma chain

分子名称: Tubulin gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 52.671188 KDa
配列文字列: MGGEIITLQA GQCGNHVGKF LWSQLAKEHA IGTDGLSQLP DSSTERDDDT KPFFRENSRN KFTPRAIMMD SEPSVIADVE NTFRGFFDP RNTWVASDGA SAGNSWANGY DIGTRNQDDI LNKIDKEIDS TDNFEGFQLL HSVAGGTGSG LGSNLLEALC D RYPKKILT ...文字列:
MGGEIITLQA GQCGNHVGKF LWSQLAKEHA IGTDGLSQLP DSSTERDDDT KPFFRENSRN KFTPRAIMMD SEPSVIADVE NTFRGFFDP RNTWVASDGA SAGNSWANGY DIGTRNQDDI LNKIDKEIDS TDNFEGFQLL HSVAGGTGSG LGSNLLEALC D RYPKKILT TYSVFPARSS EVVVQSYNTI LALRRLIEDS DATVVFDNAS LLNISGKVFR NPNIDLQHTN QLISTIISSV TN SIRFPSY MYSSMSSIYS TLIPSPELHF LSPSFTPFTS DYIHDDIAHK GHSSYDVMLD LLDPSNSLVS TAMNNPTYFN VYN TIIGNV EPRQISRAMT KLQQRIKFPS WSSSAMHVNI GRRSPYLPLQ PNENEVSGMM LSNMSTVVNV FENACNTFDK VFAK GAFLN NYNVGDLFQS MQNVQDEFAE SREVVQSLME DYVAAEQDSY LDDVLVDDEN MVGELEEDLD ADGDHKLV

UniProtKB: Tubulin gamma chain

+
分子 #2: Spindle pole body component

分子名称: Spindle pole body component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 96.940594 KDa
配列文字列: MEIKEVDDRA ELLRYTNNIP LLGKLVNHQP LWSTNPKLKS FSLEKISAPD QRRVQEALVV KDLLNVLIGL EGTYIRYFND YEPSDPETP IEFKIAKKMD PSFKTFSRRI VRYGKQYMIL TRAYEKWSDT SFGMVLQRFA YEIRRFLEDV YLKTLVERLE R DFNKVPNF ...文字列:
MEIKEVDDRA ELLRYTNNIP LLGKLVNHQP LWSTNPKLKS FSLEKISAPD QRRVQEALVV KDLLNVLIGL EGTYIRYFND YEPSDPETP IEFKIAKKMD PSFKTFSRRI VRYGKQYMIL TRAYEKWSDT SFGMVLQRFA YEIRRFLEDV YLKTLVERLE R DFNKVPNF SIRELEQIIN ETEVNKQMEL LYNIYEEIFR EIEERRTNQS SQEDFNNFMD SMKNESSLHL RLMVAFDTTV YP VPKGGAI LKIFQQKILE NLGDRSSVMF LKKLLNNISQ DYCTMLYEWL TQGILNDPYQ EFMTYDDLEG KTDNIFDTRD RAW DTQYFI RKDVLLRDCD SEEDKNLLFK MLRTGILLKV VRASLQIPTI PSNSSDITIQ EINDFADLME GSNLELYVDK CYSR ANEIF LKLFFQGYDL INVLKHLQQI FLGYQSGHNV LKFLTKNMGE LTKHYRNDNN ANYDKLLQNF ELERQSENPN NLMRQ LLMI QFDTETLPQV LSHYLQIYPE VPENNSANDD SDPLMHANNF KNMNAILFDE LSKERTGAYH GSNLELYTPK SAIYHL KFD INIPYPLNII ISRTCMIKYQ IILRYQLVLQ YHSRLLDETW MDLNKTPSWK YRGYSHTVKR RIVRATRVLH AKMNHFI KT IMEYFNQNVI DKEVYSLEKC YRNPTLAVAI QNELEGGLTN IMTNRCLSDL IPLQLQIFDI VYKFCKFIKS MRAKLCQL D PVLYEKHKSG MMKTLNEGYR TNNGGQEDVG YQEDAALELI QKLIEYISNA SSIFRKCLIN FTQELSTEKF DFYDSSSVD AAGIERVLYS IVPPRSASAS SQR

UniProtKB: Spindle pole body component

+
分子 #3: Spindle pole body component

分子名称: Spindle pole body component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 98.336211 KDa
配列文字列: MELEPTLFGI IEALAPQLLS QSHLQTFVSD VVNLLRSSTK SATQLGPLID FYKLQSLDSP ETTIMWHKIE KFLDALFGIQ NTDDMVKYL SVFQSLLPSN YRAKIVQKSS GLNMENLANH EHLLSPVRAP SIYTEASFEN MDRFSERRSM VSSPNRYVPS S TYSSVTLR ...文字列:
MELEPTLFGI IEALAPQLLS QSHLQTFVSD VVNLLRSSTK SATQLGPLID FYKLQSLDSP ETTIMWHKIE KFLDALFGIQ NTDDMVKYL SVFQSLLPSN YRAKIVQKSS GLNMENLANH EHLLSPVRAP SIYTEASFEN MDRFSERRSM VSSPNRYVPS S TYSSVTLR QLSNPYYVNT IPEEDILKYV SYTLLATTSA LFPFDHEQIQ IPSKIPNFES GLLHLIFEAG LLYQSLGYKV EK FRMLNIS PMKKALIIEI SEELQNYTAF VNNLVSSGTV VSLKSLYREI YENIIRLRIY CRFTEHLEEL SGDTFLIELN IFK SHGDLT IRKIATNLFN SMISLYYEYL MNWLTKGLLR ATYGEFFIAE NTDTNGTDDD FIYHIPIEFN QERVPAFIPK ELAY KIFMI GKSYIFLEKY CKEVQWTNEF SKKYHVLYQS NSYRGISTNF FEIINDQYSE IVNHTNQILN QKFHYRDVVF ALKNI LLMG KSDFMDALIE KANDILATPS DSLPNYKLTR VLQEAVQLSS LRHLMNSPRN SSVINGLDAR VLDLGHGSVG WDVFTL DYI LYPPLSLVLN VNRPFGRKEY LRIFNFLWRF KKNNYFYQKE MLKSNDIIRS FKKIRGYNPL IRDIINKLSR ISILRTQ FQ QFNSKMESYY LNCIIEENFK EMTRKLQRTE NKSQNQFDLI RLNNGTIELN GILTPKAEVL TKSSSSKPQK HAIEKTLN I DELESVHNTF LTNILSHKLF ATNTSEISVG DYSGQPYPTS LVLLLNSVYE FVKVYCNLND IGYEIFIKMN LNDHEASNG LLGKFNTNLK EIVSQYKNFK DRLYIFRADL KNDGDEELFL LSKSLR

UniProtKB: SPC98 isoform 1

+
分子 #4: Spindle pole body component 110

分子名称: Spindle pole body component 110 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 111.987125 KDa
配列文字列: MDEASHLPNG SLKNMEFTPV GFIKSKRNTT QTQVVSPTKV PNANNGDENE GPVKKRQRRS IDDTIDSTRL FSEASQFDDS FPEIKANIP PSPRSGNVDK SRKRNLIDDL KKDVPMSQPL KEQEVREHQM KKERFDRALE SKLLGKRHIT YANSDISNKE L YINEIKSL ...文字列:
MDEASHLPNG SLKNMEFTPV GFIKSKRNTT QTQVVSPTKV PNANNGDENE GPVKKRQRRS IDDTIDSTRL FSEASQFDDS FPEIKANIP PSPRSGNVDK SRKRNLIDDL KKDVPMSQPL KEQEVREHQM KKERFDRALE SKLLGKRHIT YANSDISNKE L YINEIKSL KHEIKELRKE KNDTLNNYDT LEEETDDLKN RLQALEKELD AKNKIVNSRK VDDHSGCIEE REQMERKLAE LE RKLKTVK DQVLELENNS DVQSLKLRSK EDELKNLMNE LNELKSNAEE KDTQLEFKKN ELRKRTNELN ELKIKSDEMD LQL KQKQNE SKRLKDELNE LETKFSENGS QSSAKENELK MLKNKIAELE EEISTKNSQL IAKEGKLASL MAQLTQLESK LNQR DSQLG SREEELKKTN DKLQKDIRIA REETVSKDER IIDLQKKVKQ LENDLFVIKK THSESKTITD NELESKDKLI KILEN DLKV AQEKYSKMEK ELKEREFNYK ISESKLEDEK TTLNEKISNL AAENSQLKNK IEDNSTATHH MKENYEKQLE SLRKDI EEY KESAKDSEDK IEELKIRIAE NSAKVSEKRS KDIKQKDEQI SDLTQNLKLQ EDEISSLKSI IDRYKKDFNQ LKSEQSN IQ HDLNLQILNL ENKLIESEDE LKSLRDSQKI EIENWKRKYN NLSLENDRLL TEKESASDKE REISILNRKL DEMDKEKW N LQESKEKYKR ELQKVITAND RLRREKEELN ENSNNIRIME DKMTRIKKNY LSEITSLQEE NRRLEERLIL NERRKDNDS TMQLNDIISY YKLKYHSEVR HNNDLKVIND YLNKVLALGT RRLRLDTRKG EHSLNISLPD DDELDRDYYN SHVYTRYHDY EYPLRFNLN RRGPYFERRL SFKTVALLVL ACVRMKRIAF YRRSDDNRLR ILRDRIESSS GRISW

UniProtKB: Spindle pole body component 110

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分子 #5: Tubulin alpha-1 chain

分子名称: Tubulin alpha-1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 49.853867 KDa
配列文字列: MREVISINVG QAGCQIGNAC WELYSLEHGI KPDGHLEDGL SKPKGGEEGF STFFHETGYG KFVPRAIYVD LEPNVIDEVR NGPYKDLFH PEQLISGKED AANNYARGHY TVGREILGDV LDRIRKLADQ CDGLQGFLFT HSLGGGTGSG LGSLLLEELS A EYGKKSKL ...文字列:
MREVISINVG QAGCQIGNAC WELYSLEHGI KPDGHLEDGL SKPKGGEEGF STFFHETGYG KFVPRAIYVD LEPNVIDEVR NGPYKDLFH PEQLISGKED AANNYARGHY TVGREILGDV LDRIRKLADQ CDGLQGFLFT HSLGGGTGSG LGSLLLEELS A EYGKKSKL EFAVYPAPQV STSVVEPYNT VLTTHTTLEH ADCTFMVDNE AIYDMCKRNL DIPRPSFANL NNLIAQVVSS VT ASLRFDG SLNVDLNEFQ TNLVPYPRIH FPLVSYSPVL SKSKAFHESN SVSEITNACF EPGNQMVKCD PRDGKYMATC LLY RGDVVT RDVQRAVEQV KNKKTVQLVD WCPTGFKIGI CYEPPTATPN SQLATVDRAV CMLSNTTSIA EAWKRIDRKF DLMY AKRAF VHWYVGEGME EGEFTEARED LAALERDYIE VGADSYAEEE EF

UniProtKB: Tubulin alpha-1 chain

+
分子 #6: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.967457 KDa
配列文字列: MREIIHISTG QCGNQIGAAF WETICGEHGL DFNGTYHGHD DIQKERLNVY FNEASSGKWV PRSINVDLEP GTIDAVRNSA IGNLFRPDN YIFGQSSAGN VWAKGHYTEG AELVDSVMDV IRREAEGCDS LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEF P DRMMATFS ...文字列:
MREIIHISTG QCGNQIGAAF WETICGEHGL DFNGTYHGHD DIQKERLNVY FNEASSGKWV PRSINVDLEP GTIDAVRNSA IGNLFRPDN YIFGQSSAGN VWAKGHYTEG AELVDSVMDV IRREAEGCDS LQGFQITHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEF P DRMMATFS VLPSPKTSDT VVEPYNATLS VHQLVEHSDE TFCIDNEALY DICQRTLKLN QPSYGDLNNL VSSVMSGVTT SL RYPGQLN SDLRKLAVNL VPFPRLHFFM VGYAPLTAIG SQSFRSLTVP ELTQQMFDAK NMMAAADPRN GRYLTVAAFF RGK VSVKEV EDEMHKVQSK NSDYFVEWIP NNVQTAVCSV APQGLDMAAT FIANSTSIQE LFKRVGDQFS AMFKRKAFLH WYTS EGMDE LEFSEAESNM NDLVSEYQQY QEATVEDDEE VDENGDFGAP QNQDEPITEN FE

UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #7: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 5.720042 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #8: Unknown protein

分子名称: Unknown protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 5.294518 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #9: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

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分子 #10: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.53
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

抽出トモグラム数: 364 / 使用した粒子像数: 31720
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 31720

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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