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万見
- EMDB-18523: Conserved Structures and Dynamics in 5-Proximal Regions of Betaco... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18523
タイトルConserved Structures and Dynamics in 5-Proximal Regions of Betacoronavirus RNA Genomes
マップデータ
試料
  • ウイルス: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
    • RNA: SARS-CoV-2-SL5
キーワードRNA structure (核酸構造) / 5-proximal region / Coronavirus (オルトコロナウイルス亜科) / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / VIRUS (ウイルス)
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Moura TR / Purta E / Bernat A / Baulin E / Mukherjee S / Bujnicki JM
資金援助 ポーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Conserved structures and dynamics in 5'-proximal regions of Betacoronavirus RNA genomes.
著者: Tales Rocha de Moura / Elżbieta Purta / Agata Bernat / Eva M Martín-Cuevas / Małgorzata Kurkowska / Eugene F Baulin / Sunandan Mukherjee / Jakub Nowak / Artur P Biela / Michał Rawski / ...著者: Tales Rocha de Moura / Elżbieta Purta / Agata Bernat / Eva M Martín-Cuevas / Małgorzata Kurkowska / Eugene F Baulin / Sunandan Mukherjee / Jakub Nowak / Artur P Biela / Michał Rawski / Sebastian Glatt / Fernando Moreno-Herrero / Janusz M Bujnicki /
要旨: Betacoronaviruses are a genus within the Coronaviridae family of RNA viruses. They are capable of infecting vertebrates and causing epidemics as well as global pandemics in humans. Mitigating the ...Betacoronaviruses are a genus within the Coronaviridae family of RNA viruses. They are capable of infecting vertebrates and causing epidemics as well as global pandemics in humans. Mitigating the threat posed by Betacoronaviruses requires an understanding of their molecular diversity. The development of novel antivirals hinges on understanding the key regulatory elements within the viral RNA genomes, in particular the 5'-proximal region, which is pivotal for viral protein synthesis. Using a combination of cryo-electron microscopy, atomic force microscopy, chemical probing, and computational modeling, we determined the structures of 5'-proximal regions in RNA genomes of Betacoronaviruses from four subgenera: OC43-CoV, SARS-CoV-2, MERS-CoV, and Rousettus bat-CoV. We obtained cryo-electron microscopy maps and determined atomic-resolution models for the stem-loop-5 (SL5) region at the translation start site and found that despite low sequence similarity and variable length of the helical elements it exhibits a remarkable structural conservation. Atomic force microscopy imaging revealed a common domain organization and a dynamic arrangement of structural elements connected with flexible linkers across all four Betacoronavirus subgenera. Together, these results reveal common features of a critical regulatory region shared between different Betacoronavirus RNA genomes, which may allow targeting of these RNAs by broad-spectrum antiviral therapeutics.
履歴
登録2023年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18523.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18523.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.03144515 - 0.31571916
平均 (標準偏差)-0.000047539943 (±0.0049857614)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 440.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18523_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18523_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

全体名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
要素
  • ウイルス: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
    • RNA: SARS-CoV-2-SL5

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超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: in vitro transcription / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / ウイルスタイプ: VIROID / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: SARS-CoV-2-SL5

分子名称: SARS-CoV-2-SL5 / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 46.543441 KDa
配列文字列:
UCGUUGACAG GACACGAGUA ACUCGUCUAU CUUCUGCAGG CUGCUUACGG UUUCGUCCGU GUUGCAGCCG AUCAUCAGCA CAUCUAGGU UUCGUCCGGG UGUGACCGAA AGGUAAGAUG GAGAGCCUUG UCCCUGGUUU CAACGA

GENBANK: GENBANK: MN908947.3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.18 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes
50.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
50.0 mMPotassium chlorideKCl

詳細: 20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM KCl, 50 mM NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Generated by SimRNA
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 29234
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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