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- EMDB-17814: Structure of the human outer kinetochore KMN network complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17814
タイトルStructure of the human outer kinetochore KMN network complex
マップデータMasked KMN network junction complex
試料
  • 複合体: Outer kinetochore KMN network junction complex
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein MIS12 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Polyamine-modulated factor 1
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein Spc24動原体
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein Spc25動原体
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore scaffold 1
    • タンパク質・ペプチド: ZW10 interactor
  • リガンド: water水
キーワードKinetochore (動原体) / complex / KMN / CELL CYCLE (細胞周期)
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / MIS12/MIND type complex / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / leucine zipper domain binding / acrosome assembly / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint ...regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / MIS12/MIND type complex / skeletal muscle satellite cell proliferation / Ndc80 complex / leucine zipper domain binding / acrosome assembly / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / mitotic spindle organization / acrosomal vesicle / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / establishment of localization in cell / 動原体 / 核小体 / 紡錘体 / Separation of Sister Chromatids / azurophil granule lumen / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / nuclear body / nuclear speck / 細胞分裂 / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / Neutrophil degranulation / 核小体 / ゴルジ体 / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
ZW10 interactor / ZW10 interactor / Knl1, C-terminal RWD domain / Knl1 RWD C-terminal domain / Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Kinetochore scaffold 1 / KNL1 MELT repeat / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 ...ZW10 interactor / ZW10 interactor / Knl1, C-terminal RWD domain / Knl1 RWD C-terminal domain / Chromosome segregation protein Spc25, C-terminal / Kinetochore Mis14/Nsl1 / Kinetochore scaffold 1 / KNL1 MELT repeat / Kinetochore protein Spc25 / Chromosome segregation protein Spc25 / Kinetochore protein Mis14 like / MELT motif / Nuclear MIS12/MIND complex subunit PMF1/Nnf1 / Centromere protein Mis12 / Nnf1 / Mis12 protein / Kinetochore-associated protein Dsn1/Mis13 / Mis12-Mtw1 protein family / Kinetochore-Ndc80 subunit Spc24 / Spc24 subunit of Ndc80
類似検索 - ドメイン・相同性
ZW10 interactor / Polyamine-modulated factor 1 / Kinetochore protein Spc24 / Kinetochore scaffold 1 / Kinetochore-associated protein NSL1 homolog / Protein MIS12 homolog / Kinetochore-associated protein DSN1 homolog / Kinetochore protein Spc25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Yatskevich S / Barford D
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structure of the human outer kinetochore KMN network complex.
著者: Stanislau Yatskevich / Jing Yang / Dom Bellini / Ziguo Zhang / David Barford /
要旨: Faithful chromosome segregation requires robust, load-bearing attachments of chromosomes to the mitotic spindle, a function accomplished by large macromolecular complexes termed kinetochores. In most ...Faithful chromosome segregation requires robust, load-bearing attachments of chromosomes to the mitotic spindle, a function accomplished by large macromolecular complexes termed kinetochores. In most eukaryotes, the constitutive centromere-associated network (CCAN) complex of the inner kinetochore recruits to centromeres the ten-subunit outer kinetochore KMN network that comprises the KNL1C, MIS12C and NDC80C complexes. The KMN network directly attaches CCAN to microtubules through MIS12C and NDC80C. Here, we determined a high-resolution cryo-EM structure of the human KMN network. This showed an intricate and extensive assembly of KMN subunits, with the central MIS12C forming rigid interfaces with NDC80C and KNL1C, augmented by multiple peptidic inter-subunit connections. We also observed that unphosphorylated MIS12C exists in an auto-inhibited state that suppresses its capacity to interact with CCAN. Ser100 and Ser109 of the N-terminal segment of the MIS12C subunit Dsn1, two key targets of Aurora B kinase, directly stabilize this auto-inhibition. Our study indicates how selectively relieving this auto-inhibition through Ser100 and Ser109 phosphorylation might restrict outer kinetochore assembly to functional centromeres during cell division.
履歴
登録2023年7月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked KMN network junction complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 474.432 Å		1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 474.432 Å		1.06 Å/pix.
x 448 pix.
= 474.432 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0144
最小 - 最大-0.04112646 - 0.07635954
平均 (標準偏差)0.000018036246 (±0.0006068227)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 474.432 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unmasked KMN network junction complex

ファイルemd_17814_additional_1.map
注釈Unmasked KMN network junction complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: MultiBody refined MIS12C heads

ファイルemd_17814_additional_2.map
注釈MultiBody refined MIS12C heads
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: MultiBody refined KMN junction

ファイルemd_17814_additional_3.map
注釈MultiBody refined KMN junction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: MultiBody refined Spc24/Spc25 coiled-coils

ファイルemd_17814_additional_4.map
注釈MultiBody refined Spc24/Spc25 coiled-coils
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_17814_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_17814_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Outer kinetochore KMN network junction complex

全体名称: Outer kinetochore KMN network junction complex
要素
  • 複合体: Outer kinetochore KMN network junction complex
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein MIS12 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Polyamine-modulated factor 1
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein Spc24動原体
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein Spc25動原体
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore scaffold 1
    • タンパク質・ペプチド: ZW10 interactor
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Outer kinetochore KMN network junction complex

超分子名称: Outer kinetochore KMN network junction complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog

分子名称: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.122195 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTSVTRSEII DEKGPVMSKT HDHQLESSLS PVEVFAKTSA SLEMNQGVSE ERIHLGSSPK KGGNCDLSHQ ERLQSKSLHL SPQEQSASY QDRRQSWRRA SMKETNRRKS LHPIHQGITE LSRSISVDLA ESKRLGCLLL SSFQFSIQKL EPFLRDTKGF S LESFRAKA ...文字列:
MTSVTRSEII DEKGPVMSKT HDHQLESSLS PVEVFAKTSA SLEMNQGVSE ERIHLGSSPK KGGNCDLSHQ ERLQSKSLHL SPQEQSASY QDRRQSWRRA SMKETNRRKS LHPIHQGITE LSRSISVDLA ESKRLGCLLL SSFQFSIQKL EPFLRDTKGF S LESFRAKA SSLSEELKHF ADGLETDGTL QKCFEDSNGK ASDFSLEASV AEMKEYITKF SLERQTWDQL LLHYQQEAKE IL SRGSTEA KITEVKVEPM TYLGSSQNEV LNTKPDYQKI LQNQSKVFDC MELVMDELQG SVKQLQAFMD ESTQCFQKVS VQL GKRSMQ QLDPSPARKL LKLQLQNPPA IHGSGSGSCQ

UniProtKB: Kinetochore-associated protein DSN1 homolog

+
分子 #2: Protein MIS12 homolog

分子名称: Protein MIS12 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.170922 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSVDPMTYEA QFFGFTPQTC MLRIYIAFQD YLFEVMQAVE QVILKKLDGI PDCDISPVQI RKCTEKFLCF MKGHFDNLFS KMEQLFLQL ILRIPSNILL PEDKCKETPY SEEDFQHLQK EIEQLQEKYK TELCTKQALL AELEEQKIVQ AKLKQTLTFF D ELHNVGRD ...文字列:
MSVDPMTYEA QFFGFTPQTC MLRIYIAFQD YLFEVMQAVE QVILKKLDGI PDCDISPVQI RKCTEKFLCF MKGHFDNLFS KMEQLFLQL ILRIPSNILL PEDKCKETPY SEEDFQHLQK EIEQLQEKYK TELCTKQALL AELEEQKIVQ AKLKQTLTFF D ELHNVGRD HGTSDFRESL VSLVQNSRKL QNIRDNVEKE SKRLKIS

UniProtKB: Protein MIS12 homolog

+
分子 #3: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog

分子名称: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.208951 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAGSPELVVL DPPWDKELAA GTESQALVSA TPREDFRVRC TSKRAVTEML QLCGRFVQKL GDALPEEIRE PALRDAQWTF ESAVQENIS INGQAWQEAS DNCFMDSDIK VLEDQFDEII VDIATKRKQY PRKILECVIK TIKAKQEILK QYHPVVHPLD L KYDPDPAP ...文字列:
MAGSPELVVL DPPWDKELAA GTESQALVSA TPREDFRVRC TSKRAVTEML QLCGRFVQKL GDALPEEIRE PALRDAQWTF ESAVQENIS INGQAWQEAS DNCFMDSDIK VLEDQFDEII VDIATKRKQY PRKILECVIK TIKAKQEILK QYHPVVHPLD L KYDPDPAP HMENLKCRGE TVAKEISEAM KSLPALIEQG EGFSQVLRMQ PVIHLQRIHQ EVFSSCHRKP DAKPENFITQ IE TTPTETA SRKTSDMVLK RKQTKDCPQR KWYPLRPKKI NLDT

UniProtKB: Kinetochore-associated protein NSL1 homolog

+
分子 #4: Polyamine-modulated factor 1

分子名称: Polyamine-modulated factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.368311 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAEASSANLG SGCEEKRHEG SSSESVPPGT TISRVKLLDT MVDTFLQKLV AAGSYQRFTD CYKCFYQLQP AMTQQIYDKF IAQLQTSIR EEISDIKEEG NLEAVLNALD KIVEEGKVRK EPAWRPSGIP EKDLHSVMAP YFLQQRDTLR RHVQKQEAEN Q QLADAVLA ...文字列:
MAEASSANLG SGCEEKRHEG SSSESVPPGT TISRVKLLDT MVDTFLQKLV AAGSYQRFTD CYKCFYQLQP AMTQQIYDKF IAQLQTSIR EEISDIKEEG NLEAVLNALD KIVEEGKVRK EPAWRPSGIP EKDLHSVMAP YFLQQRDTLR RHVQKQEAEN Q QLADAVLA GRRQVEELQL QVQAQQQAWQ ALHREQRELV AVLREPE

UniProtKB: Polyamine-modulated factor 1

+
分子 #5: Kinetochore protein Spc24

分子名称: Kinetochore protein Spc24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.469113 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAFRDIEEV SQGLLSLLGA NRAEAQQRRL LGRHEQVVER LLETQDGAEK QLREILTMEK EVAQSLLNAK EQVHQGGVEL QQLEAGLQE AGEEDTRLKA SLLQLTRELE ELKEIEADLE RQEKEVDEDT TVTIPSAVYV AQLYHQVSKI EWDYECEPGM V KGIHHGPS ...文字列:
MAAFRDIEEV SQGLLSLLGA NRAEAQQRRL LGRHEQVVER LLETQDGAEK QLREILTMEK EVAQSLLNAK EQVHQGGVEL QQLEAGLQE AGEEDTRLKA SLLQLTRELE ELKEIEADLE RQEKEVDEDT TVTIPSAVYV AQLYHQVSKI EWDYECEPGM V KGIHHGPS VAQPIHLDST QLSRKFISDY LWSLVDTEW

UniProtKB: Kinetochore protein Spc24

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分子 #6: Kinetochore protein Spc25

分子名称: Kinetochore protein Spc25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.192832 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MVEDELALFD KSINEFWNKF KSTDTSCQMA GLRDTYKDSI KAFAEKLSVK LKEEERMVEM FLEYQNQISR QNKLIQEKKD NLLKLIAEV KGKKQELEVL TANIQDLKEE YSRKKETIST ANKANAERLK RLQKSADLYK DRLGLEIRKI YGEKLQFIFT N IDPKNPES ...文字列:
MVEDELALFD KSINEFWNKF KSTDTSCQMA GLRDTYKDSI KAFAEKLSVK LKEEERMVEM FLEYQNQISR QNKLIQEKKD NLLKLIAEV KGKKQELEVL TANIQDLKEE YSRKKETIST ANKANAERLK RLQKSADLYK DRLGLEIRKI YGEKLQFIFT N IDPKNPES PFMFSLHLNE ARDYEVSDSA PHLEGLAEFQ ENVRKTNNFS AFLANVRKAF TATVYN

UniProtKB: Kinetochore protein Spc25

+
分子 #7: Kinetochore scaffold 1

分子名称: Kinetochore scaffold 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 265.722125 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDGVSSEANE ENDNIERPVR RRHSSILKPP RSPLQDLRGG NERVQESNAL RNKKNSRRVS FADTIKVFQT ESHMKIVRKS EMEGCSAMV PSQLQLLPPG FKRFSCLSLP ETETGENLLL IQNKKLEDNY CEITGMNTLL SAPIHTQMQQ KEFSIIEHTR E RKHANDQT ...文字列:
MDGVSSEANE ENDNIERPVR RRHSSILKPP RSPLQDLRGG NERVQESNAL RNKKNSRRVS FADTIKVFQT ESHMKIVRKS EMEGCSAMV PSQLQLLPPG FKRFSCLSLP ETETGENLLL IQNKKLEDNY CEITGMNTLL SAPIHTQMQQ KEFSIIEHTR E RKHANDQT VIFSDENQMD LTSSHTVMIT KGLLDNPISE KSTKIDTTSF LANLKLHTED SRMKKEVNFS VDQNTSSENK ID FNDFIKR LKTGKCSAFP DVPDKENFEI PIYSKEPNSA SSTHQMHVSL KEDENNSNIT RLFREKDDGM NFTQCHTANI QTL IPTSSE TNSRESKGND ITIYGNDFMD LTFNHTLQIL PATGNFSEIE NQTQNAMDVT TGYGTKASGN KTVFKSKQNT AFQD LSINS ADKIHITRSH IMGAETHIVS QTCNQDARIL AMTPESIYSN PSIQGCKTVF YSSCNDAMEM TKCLSNMREE KNLLK HDSN YAKMYCNPDA MSSLTEKTIY SGEENMDITK SHTVAIDNQI FKQDQSNVQI AAAPTPEKEM MLQNLMTTSE DGKMNV NCN SVPHVSKERI QQSLSNPLSI SLTDRKTELL SGENMDLTES HTSNLGSQVP LAAYNLAPES TSESHSQSKS SSDECEE IT KSRNEPFQRS DIIAKNSLTD TWNKDKDWVL KILPYLDKDS PQSADCNQEI ATSHNIVYCG GVLDKQITNR NTVSWEQS L FSTTKPLFSS GQFSMKNHDT AISSHTVKSV LGQNSKLAEP LRKSLSNPTP DYCHDKMIIC SEEEQNMDLT KSHTVVIGF GPSELQELGK TNLEHTTGQL TTMNRQIAVK VEKCGKSPIE KSGVLKSNCI MDVLEDESVQ KPKFPKEKQN VKIWGRKSVG GPKIDKTIV FSEDDKNDMD ITKSYTIEIN HRPLLEKRDC HLVPLAGTSE TILYTCRQDD MEITRSHTTA LECKTVSPDE I TTRPMDKT VVFVDNHVEL EMTESHTVFI DYQEKERTDR PNFELSQRKS LGTPTVICTP TEESVFFPGN GESDRLVAND SQ LTPLEEW SNNRGPVEVA DNMELSKSAT CKNIKDVQSP GFLNEPLSSK SQRRKSLKLK NDKTIVFSEN HKNDMDITQS CMV EIDNES ALEDKEDFHL AGASKTILYS CGQDDMEITR SHTTALECKT LLPNEIAIRP MDKTVLFTDN YSDLEVTDSH TVFI DCQAT EKILEENPKF GIGKGKNLGV SFPKDNSCVQ EIAEKQALAV GNKIVLHTEQ KQQLFAATNR TTNEIIKFHS AAMDE KVIG KVVDQACTLE KAQVESCQLN NRDRRNVDFT SSHATAVCGS SDNYSCLPNV ISCTDNLEGS AMLLCDKDEE KANYCP VQN DLAYANDFAS EYYLESEGQP LSAPCPLLEK EEVIQTSTKG QLDCVITLHK DQDLIKDPRN LLANQTLVYS QDLGEMT KL NSKRVSFKLP KDQMKVYVDD IYVIPQPHFS TDQPPLPKKG QSSINKEEVI LSKAGNKSLN IIENSSAPIC ENKPKILN S EEWFAAACKK ELKENIQTTN YNTALDFHSN SDVTKQVIQT HVNAGEAPDP VITSNVPCFH SIKPNLNNLN GKTGEFLAF QTVHLPPLPE QLLELGNKAH NDMHIVQATE IHNINIISSN AKDSRDEENK KSHNGAETTS LPPKTVFKDK VRRCSLGIFL PRLPNKRNC SVTGIDDLEQ IPADTTDINH LETQPVSSKD SGIGSVAGKL NLSPSQYINE ENLPVYPDEI NSSDSINIET E EKALIETY QKEISPYENK MGKTCNSQKR TWVQEEEDIH KEKKIRKNEI KFSDTTQDRE IFDHHTEEDI DKSANSVLIK NL SRTPSSC SSSLDSIKAD GTSLDFSTYR SSQMESQFLR DTICEESLRE KLQDGRITIR EFFILLQVHI LIQKPRQSNL PGN FTVNTP PTPEDLMLSQ YVYRPKIQIY REDCEARRQK IEELKLSASN QDKLLVDINK NLWEKMRHCS DKELKAFGIY LNKI KSCFT KMTKVFTHQG KVALYGKLVQ SAQNEREKLQ IKIDEMDKIL KKIDNCLTEM ETETKNLEDE EKNNPVEEWD SEMRA AEKE LEQLKTEEEE LQRNLLELEV QKEQTLAQID FMQKQRNRTE ELLDQLSLSE WDVVEWSDDQ AVFTFVYDTI QLTITF EES VVGFPFLDKR YRKIVDVNFQ SLLDEDQAPP SSLLVHKLIF QYVEEKESWK KTCTTQHQLP KMLEEFSLVV HHCRLLG EE IEYLKRWGPN YNLMNIDINN NELRLLFSSS AAFAKFEITL FLSAYYPSVP LPSTIQNHVG NTSQDDIATI LSKVPLEN N YLKNVVKQIY QDLFQDCHFY H

UniProtKB: Kinetochore scaffold 1

+
分子 #8: ZW10 interactor

分子名称: ZW10 interactor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.333359 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEAAETEAEA AALEVLAEVA GILEPVGLQE EAELPAKILV EFVVDSQKKD KLLCSQLQVA DFLQNILAQE DTAKGLDPLA SEDTSRQKA IAAKEQWKEL KATYREHVEA IKIGLTKALT QMEEAQRKRT QLREAFEQLQ AKKQMAMEKR RAVQNQWQLQ Q EKHLQHLA ...文字列:
MEAAETEAEA AALEVLAEVA GILEPVGLQE EAELPAKILV EFVVDSQKKD KLLCSQLQVA DFLQNILAQE DTAKGLDPLA SEDTSRQKA IAAKEQWKEL KATYREHVEA IKIGLTKALT QMEEAQRKRT QLREAFEQLQ AKKQMAMEKR RAVQNQWQLQ Q EKHLQHLA EVSAEVRERK TGTQQELDRV FQKLGNLKQQ AEQERDKLQR YQTFLQLLYT LQGKLLFPEA EAEAENLPDD KP QQPTRPQ EQSTGDTMGR DPGVSFKAVG LQPAGDVNLP

UniProtKB: ZW10 interactor

+
分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 599831

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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