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万見- EMDB-17151: AAA+ motor subunit ChlI of magnesium chelatase, hexamer conformation A -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17151 | |||||||||||||||
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タイトル | AAA+ motor subunit ChlI of magnesium chelatase, hexamer conformation A | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | AAA+ / Magnesium Chelatase / Cyanobacteria (藍藻) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 magnesium chelatase / magnesium chelatase activity / chlorophyll biosynthetic process / 光合成 / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Shvarev D / Moeller A | |||||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 4件
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引用 | ジャーナル: mBio / 年: 2023 タイトル: Conformational variability of cyanobacterial ChlI, the AAA+ motor of magnesium chelatase involved in chlorophyll biosynthesis. 著者: Dmitry Shvarev / Alischa Ira Scholz / Arne Moeller / 要旨: Photosynthesis is an essential life process that relies on chlorophyll. In photosynthetic organisms, chlorophyll synthesis involves multiple steps and depends on magnesium chelatase. This enzyme ...Photosynthesis is an essential life process that relies on chlorophyll. In photosynthetic organisms, chlorophyll synthesis involves multiple steps and depends on magnesium chelatase. This enzyme complex is responsible for inserting magnesium into the chlorophyll precursor, but the molecular mechanism of this process is not fully understood. By using cryogenic electron microscopy and conducting functional analyses, we have discovered that the motor subunit ChlI of magnesium chelatase undergoes conformational changes in the presence of ATP. Our findings offer new insights into how energy is transferred from ChlI to the other components of magnesium chelatase. This information significantly contributes to our understanding of the initial step in chlorophyll biosynthesis and lays the foundation for future studies on the entire process of chlorophyll production. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17151.map.gz | 70.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17151-v30.xml emd-17151.xml | 14.7 KB 14.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17151_fsc.xml | 9.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17151.png | 149.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17151.cif.gz | 5.5 KB | ||
その他 | emd_17151_half_map_1.map.gz emd_17151_half_map_2.map.gz | 69.5 MB 69.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17151 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17151 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17151.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.924 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17151_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17151_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ChlI in the presence of ATP
全体 | 名称: ChlI in the presence of ATP |
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要素 |
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-超分子 #1: ChlI in the presence of ATP
超分子 | 名称: ChlI in the presence of ATP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) |
-分子 #1: Magnesium-chelatase subunit ChlI
分子 | 名称: Magnesium-chelatase subunit ChlI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: magnesium chelatase |
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由来(天然) | 生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 42.12593 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHTPT AQTTASARRV VFPFTAIVGQ EEMKLALLLN VIDPKIGGVM IMGDRGTGKS TTIRALADLL PEIPVVANDP FNSDPSDPD LMSDEVRQKS GTGAEIPIEF KKVQMVDLPL GATEDRVCGT IDIEKALSEG VKAFEPGLLA KANRGILYVD E VNLLDDHL ...文字列: MHHHHHHTPT AQTTASARRV VFPFTAIVGQ EEMKLALLLN VIDPKIGGVM IMGDRGTGKS TTIRALADLL PEIPVVANDP FNSDPSDPD LMSDEVRQKS GTGAEIPIEF KKVQMVDLPL GATEDRVCGT IDIEKALSEG VKAFEPGLLA KANRGILYVD E VNLLDDHL VDVLLDSAAS GWNTVEREGI SIRHPARFVL VGSGNPEEGE LRPQLLDRFG MHAEIHTVKE PALRVQIVEQ RS EFDQNPP TFLEKYNPEQ TALQKKIVEA QKLLPEVKLD YDLRVKISEV CSELDVDGLR GDIVTNRAAK ALTAYEGRTE VTV DDIRRV ITLCLRHRLR KDPLESIDSG YKVEKVFARI FGVELLEDDS SQKNGAGQIK TGVR UniProtKB: Magnesium-chelatase subunit ChlI |
-分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |