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万見
- EMDB-1511: COPII coat -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1511
タイトルCOPII coat
マップデータThis is a reconstruction of a COPII coat comprised of Sec13-31 and Sec23-24.
試料
  • 試料: Sec13/31 bound to Sec23/24
  • 細胞器官・細胞要素: COPII coat
キーワードvesicle trafficking (小胞) / COPII (COPII) / icosidodecahedron / secretory pathway (分泌) / endoplasmic reticulum (小胞体) / automation (自動)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 43.0 Å
データ登録者Stagg SM / LaPointe P / Razvi A / Gurkan C / Potter CS / Carragher B / Balch WE
引用ジャーナル: Cell / 年: 2008
タイトル: Structural basis for cargo regulation of COPII coat assembly.
著者: Scott M Stagg / Paul LaPointe / Abbas Razvi / Cemal Gürkan / Clinton S Potter / Bridget Carragher / William E Balch /
要旨: Using cryo-electron microscopy, we have solved the structure of an icosidodecahedral COPII coat involved in cargo export from the endoplasmic reticulum (ER) coassembled from purified cargo adaptor ...Using cryo-electron microscopy, we have solved the structure of an icosidodecahedral COPII coat involved in cargo export from the endoplasmic reticulum (ER) coassembled from purified cargo adaptor Sec23-24 and Sec13-31 lattice-forming complexes. The coat structure shows a tetrameric assembly of the Sec23-24 adaptor layer that is well positioned beneath the vertices and edges of the Sec13-31 lattice. Fitting the known crystal structures of the COPII proteins into the density map reveals a flexible hinge region stemming from interactions between WD40 beta-propeller domains present in Sec13 and Sec31 at the vertices. The structure shows that the hinge region can direct geometric cage expansion to accommodate a wide range of bulky cargo, including procollagen and chylomicrons, that is sensitive to adaptor function in inherited disease. The COPII coat structure leads us to propose a mechanism by which cargo drives cage assembly and membrane curvature for budding from the ER.
履歴
登録2008年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年5月27日-
マップ公開2009年3月31日-
更新2009年3月31日-
現状2009年3月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1511.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1511.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is a reconstruction of a COPII coat comprised of Sec13-31 and Sec23-24.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.7 Å/pix.
x 192 pix.
= 1478.4 Å		7.7 Å/pix.
x 192 pix.
= 1478.4 Å		7.7 Å/pix.
x 192 pix.
= 1478.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 2.04 / ムービー #1: 2.2
最小 - 最大-4.13365 - 10.414899999999999
平均 (標準偏差)-0.0000000101831 (±0.939892)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-96-96-96
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 1478.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.77.77.7
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1478.4001478.4001478.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ494949
NX/NY/NZ969696
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-96-96-96
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-4.13410.415-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sec13/31 bound to Sec23/24

全体名称: Sec13/31 bound to Sec23/24
要素
  • 試料: Sec13/31 bound to Sec23/24
  • 細胞器官・細胞要素: COPII coat

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超分子 #1000: Sec13/31 bound to Sec23/24

超分子名称: Sec13/31 bound to Sec23/24 / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: 60 Sec13-31 heterotetramers bound to 120 Sec23-24 heterodimers
Number unique components: 4
分子量理論値: 44.8 MDa

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超分子 #1: COPII coat

超分子名称: COPII coat / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Sec13-31 and Sec23-24 / 組換発現: Yes
Ref GOdivclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp ...
divclassse qspanoncli ckpopupspa nclassgree n(this)spandata popltspanc lassquotlo adingbarqu otgtltimgs rcquotimgl oadinggifq uotdecodin gquotasync quotgtltsp angtdataur lajaxphp?m odetaxoamp kGO3A00068 88ampajax1 classpoptr giGO000688 8ispandiv
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: cytosol
分子量実験値: 44.8 MDa / 理論値: 44.8 MDa
組換発現生物種: Insect cells / 組換プラスミド: bacmid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 50 mM MES pH 6.8, 700 mM KOAc, 1 mM MgOAc, 1 mM DTT
グリッド詳細: 400 mesh grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 98 K / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: vitrobot / 手法: blot for 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 29000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 88 K
アライメント法Legacy - 非点収差: astigmatism corrected automatically with Leginon.
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 20 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 2次元分類クラス数: 212
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 43.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 詳細: Final map was lowpass filtered to 43 angstroms / 使用した粒子像数: 12120
詳細Data was automatically collected using Leginon. Data was processed automatically with Appion. Particles were picked manually.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2pm9

ソフトウェア名称: Normal mode-based flexible fitting (nmff) and chimera
詳細Protocol: normal modes flexible fitting and rigid body. A bend was modeled into Sec13-31 using the program nmff. Sec13-31 and Sec23-24 were separately fitted into the cryoEM density using the program Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

2pm6

ソフトウェア名称: nmff and chimera
詳細Protocol: normal modes flexible fitting and rigid body. A bend was modeled into Sec13-31 using the program nmff. Sec13-31 and Sec23-24 were separately fitted into the cryoEM density using the program Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

1m2v

ソフトウェア名称: nmff and chimera
詳細Protocol: normal modes flexible fitting and rigid body. A bend was modeled into Sec13-31 using the program nmff. Sec13-31 and Sec23-24 were separately fitted into the cryoEM density using the program Chimera.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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