[日本語] English
万見
- EMDB-11293: CryoEM Structure of Merkel Cell Polyomavirus Virus-like Particle -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11293
タイトルCryoEM Structure of Merkel Cell Polyomavirus Virus-like Particle
マップデータ
試料
  • ウイルス: Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド
機能・相同性Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / カプシド / structural molecule activity / Capsid protein VP1
機能・相同性情報
生物種Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bayer NJ / Januliene D / Stehle T / Moeller A / Blaum BS
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)BL1294/3-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)STE 1463/7-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR 2327 ViroCarb ドイツ
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2020
タイトル: Structure of Merkel Cell Polyomavirus Capsid and Interaction with Its Glycosaminoglycan Attachment Receptor.
著者: Niklas J Bayer / Dovile Januliene / Georg Zocher / Thilo Stehle / Arne Moeller / Bärbel S Blaum /
要旨: Merkel cell polyomavirus (MCPyV) is a human double-stranded DNA tumor virus. MCPyV cell entry is unique among members of the polyomavirus family as it requires the engagement of two types of glycans, ...Merkel cell polyomavirus (MCPyV) is a human double-stranded DNA tumor virus. MCPyV cell entry is unique among members of the polyomavirus family as it requires the engagement of two types of glycans, sialylated oligosaccharides and sulfated glycosaminoglycans (GAGs). Here, we present crystallographic and cryo-electron microscopic structures of the icosahedral MCPyV capsid and analysis of its glycan interactions via nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. While sialic acid binding is specific for α2-3-linked sialic acid and mediated by the exposed apical loops of the major capsid protein VP1, a broad range of GAG oligosaccharides bind to recessed regions between VP1 capsomers. Individual VP1 capsomers are tethered to one another by an extensive disulfide network that differs in architecture from previously described interactions for other PyVs. An unusual C-terminal extension in MCPyV VP1 projects from the recessed capsid regions. Mutagenesis experiments show that this extension is dispensable for receptor interactions. The MCPyV genome was found to be clonally integrated in 80% of cases of Merkel cell carcinoma (MCC), a rare but aggressive form of human skin cancer, strongly suggesting that this virus is tumorigenic. In the metastasizing state, the course of the disease is often fatal, especially in immunocompromised individuals, as reflected by the high mortality rate of 33 to 46% and the low 5-year survival rate (<45%). The high seroprevalence of about 60% makes MCPyV a serious health care burden and illustrates the need for targeted treatments. In this study, we present the first high-resolution structural data for this human tumor virus and demonstrate that the full capsid is required for the essential interaction with its GAG receptor(s). Together, these data can be used as a basis for future strategies in drug development.
履歴
登録2020年7月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月5日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2020年10月7日-
現状2020年10月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9.96
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 9.96
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zml
  • 表面レベル: 9.96
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zml
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11293.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11293.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 561.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.053 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.96 / ムービー #1: 9.96
最小 - 最大-32.2356 - 43.813934
平均 (標準偏差)0.08941572 (±3.4765656)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ528528528
Spacing528528528
セルA=B=C: 555.984 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0531.0531.053
M x/y/z528528528
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z555.984555.984555.984
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS528528528
D min/max/mean-32.23643.8140.089

-
添付データ

-
追加マップ: Merkel Cell polyomavirus (unsharpened map).

ファイルemd_11293_additional.map
注釈Merkel Cell polyomavirus (unsharpened map).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11293_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_11293_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Merkel cell polyomavirus

全体名称: Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1カプシド

-
超分子 #1: Merkel cell polyomavirus

超分子名称: Merkel cell polyomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 493803 / 生物種: Merkel cell polyomavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
Host system生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293TT / 組換プラスミド: pwM
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 508.0 Å / T番号(三角分割数): 7

-
分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Merkel cell polyomavirus (ウイルス)
分子量理論値: 46.611031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPKRKASST CKTPKRQCIP KPGCCPNVAS VPKLLVKGGV EVLSVVTGED SITQIELYLN PRMGVNSPDL PTTSNWYTYT YDLQPKGSS PDQPIKENLP AYSVARVSLP MLNEDITCDT LQMWEAISVK TEVVGISSLI NVHYWDMKRV HDYGAGIPVS G VNYHMFAI ...文字列:
MAPKRKASST CKTPKRQCIP KPGCCPNVAS VPKLLVKGGV EVLSVVTGED SITQIELYLN PRMGVNSPDL PTTSNWYTYT YDLQPKGSS PDQPIKENLP AYSVARVSLP MLNEDITCDT LQMWEAISVK TEVVGISSLI NVHYWDMKRV HDYGAGIPVS G VNYHMFAI GGEPLDLQGL VLDYQTQYPK TTNGGPITIE TVLGRKMTPK NQGLDPQAKA KLDKDGNYPI EVWCPDPSKN EN SRYYGSI QTGSQTPTVL QFSNTLTTVL LDENGVGPLC KGDGLFISCA DIVGFLFKTS GKMALHGLPR YFNVTLRKRW VKN PYPVVN LINSLFSNLM PKVSGQPMEG KDNQVEEVRI YEGSEQLPGD PDIVRFLDKF GQEKTVYPKP SVAPAAVTFQ SNQQ DKGKA PLKGPQKASQ KESQTQEL

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.6
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMCaCl2calcium chloride

詳細: Solution was sterile filtered
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 463 / 平均露光時間: 67.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 23349
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
詳細: CTF correction was performed within 3D reconstruction
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: FREALIGN
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cisTEM
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 22310
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6zlz

chain_id: A

6zlz

chain_id: B

6zlz

chain_id: C

6zlz

chain_id: D

6zlz

chain_id: E

6zlz

chain_id: F
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 105.92 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6zml:
CryoEM Structure of Merkel Cell Polyomavirus Virus-like Particle

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る