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万見
- EMDB-5193: Structural map of MT 13-3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-5193
タイトルStructural map of MT 13-3
マップデータThis is one of a series of six microtubule maps
試料
  • 試料: The microtubule containing 13 protofilaments
  • タンパク質・ペプチド: microtubule with 13 protofilaments
キーワードmicrotubule ultrastructure Cryoelectron Microscopy Computer-Assisted Image Processing
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Sui H / Downing KH
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural basis of interprotofilament interaction and lateral deformation of microtubules.
著者: Haixin Sui / Kenneth H Downing /
要旨: The diverse functions of microtubules require stiff structures possessing sufficient lateral flexibility to enable bending with high curvature. We used cryo-electron microscopy to investigate the ...The diverse functions of microtubules require stiff structures possessing sufficient lateral flexibility to enable bending with high curvature. We used cryo-electron microscopy to investigate the molecular basis for these critical mechanical properties. High-quality structural maps were used to build pseudoatomic models of microtubules containing 11-16 protofilaments, representing a wide range of lateral curvature. Protofilaments in all these microtubules were connected primarily via interprotofilament interactions between the M loops, and the H1'-S2 and H2-S3 loops. We postulate that the tolerance of the loop-loop interactions to lateral deformation provides the capacity for high-curvature bending without breaking. On the other hand, the local molecular architecture that surrounds these connecting loops contributes to the overall rigidity. Interprotofilament interactions in the seam region are similar to those in the normal helical regions, suggesting that the existence of the seam does not significantly affect the mechanical properties of microtubules.
履歴
登録2010年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年5月5日-
マップ公開2010年9月1日-
更新2010年10月19日-
現状2010年10月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_5193_1.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_5193.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is one of a series of six microtubule maps
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 2.2 / ムービー #1: 2.2
最小 - 最大-3.21632 - 5.65379
平均 (標準偏差)0.000226404 (±0.988363)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200120
Spacing200200120
セルA: 406 Å / B: 406 Å / C: 243.6 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.032.032.03
M x/y/z200200120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z406.000406.000243.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-34-26-72
NX/NY/NZ6953145
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200120
D min/max/mean-3.2165.6540.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The microtubule containing 13 protofilaments

全体名称: The microtubule containing 13 protofilaments
要素
  • 試料: The microtubule containing 13 protofilaments
  • タンパク質・ペプチド: microtubule with 13 protofilaments

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超分子 #1000: The microtubule containing 13 protofilaments

超分子名称: The microtubule containing 13 protofilaments / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: The 13-protofilament microtubule forms a pseudo helix
Number unique components: 2

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分子 #1: microtubule with 13 protofilaments

分子名称: microtubule with 13 protofilaments / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: MT 13-3
詳細: Microtubules with 13 protofilaments and 3-start helical structure (pseudo-helix)
集合状態: Dimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Bovine / 組織: Brain
分子量実験値: 50 MDa / 理論値: 50 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8 / 詳細: 25mM Pipes, 25mM NaCl, 2mM MgCl2, 1mM EGTA
グリッド詳細: 300 mesh copper grid covered with home-made carbon films
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 93 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home made plunder / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 4000EX
電子線加速電圧: 400 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 4.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
温度平均: 105 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 400,000 times magnification
日付2007年7月12日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / 実像数: 425 / 平均電子線量: 15 e/Å2
詳細: The micrographs were digitized with a customized robotic scanning system that uses a Nikon Coolpix 8000 scanner
ビット/ピクセル: 16

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細With addition of Taxol or Taxotere for microtubule stabilization

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1jff

ソフトウェア名称: Chimera
詳細Protocol: Rigid Body. A homology model was generated for the missing region of 1JFF for residuals 35 to 60 in alpha-tubulin (by N. Banavali). The tubulin dimer structure was fitted into the density maps using the rigid body fitting function in Chimera
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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