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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f4h | ||||||
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タイトル | UP1 in complex with Z106579662 | ||||||
![]() | Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A1, N-terminally processed | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to sodium arsenite / SARS-CoV-1-host interactions / import into nucleus / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dunnett, L. / Prischi, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Enhanced identification of small molecules binding to hnRNP A1 via in silico hotspot and cryptic pockets mapping coupled with X-Ray fragment screening 著者: Dunnett, L. / Prischi, F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9f4dC ![]() 9f4eC ![]() 9f4fC ![]() 9f4gC ![]() 9f4jC ![]() 9f4kC ![]() 9f4lC ![]() 9f4mC ![]() 9f4nC ![]() 9f4oC ![]() 9f4pC ![]() 9f4qC ![]() 9f4rC ![]() 9f4sC ![]() 9f4tC ![]() 9f4uC ![]() 9f4vC ![]() 9f4wC ![]() 9f4xC ![]() 9f4yC ![]() 9f4zC ![]() 9f50C ![]() 9f51C ![]() 9f52C ![]() 9f53C ![]() 9f54C ![]() 9f55C ![]() 9f5cC ![]() 9f5dC ![]() 9f5eC ![]() 9f5fC ![]() 9f5gC ![]() 9f5kC ![]() 9f7fC ![]() 9f7hC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22357.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 % |
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結晶化![]() | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.50, 25% PEG-4000, 8% 2-Methyl-2,4-pentanediol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 1.4→37.95 Å / Num. obs: 34576 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 12.98 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.051 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 61392 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.42 Å / % possible obs: 76.7 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.366 / Num. measured all: 2144 / Num. unique obs: 1383 / CC1/2: 0.742 / Rpim(I) all: 0.366 / Rrim(I) all: 0.517 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.89 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→37.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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