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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9f3x | ||||||
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タイトル | CutC choline lyase in complex with cyclopropylcholine | ||||||
要素 | Choline trimethylamine-lyase | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / glycyl radical enzyme / choline (コリン (栄養素)) / CutC (チオフェン-2-カルボン酸銅(I)) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 choline trimethylamine-lyase / carbon-nitrogen lyase activity / choline catabolic process / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kalnins, G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | #1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2012 タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. 著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9f3x.cif.gz | 1.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9f3x.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9f3x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/9f3x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/9f3x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 9f3wC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 128347.758 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: hpdB, cutC, SAMEA4873561_02933, SAMEA4873648_04511 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A486V7R5, choline trimethylamine-lyase #2: 化合物 | ChemComp-A1H9K / 分子量: 130.208 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | 溶媒含有率: 39.79 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 80 mM K/Na tartrate, 18% PEG3350, 10 mM EDTA, 100 mM Bis-Tris (pH 7.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→49.41 Å / Num. obs: 213547 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 40.9 Å2 / CC1/2: 0.977 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.184 / Rrim(I) all: 0.26 / Χ2: 0.94 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.75 Å / Rmerge(I) obs: 1.211 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 10553 / CC1/2: 0.361 / Rpim(I) all: 1.211 / Rrim(I) all: 1.712 / Χ2: 0.92 / % possible all: 96 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→44.64 Å / SU ML: 0.4261 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29.3373 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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