PDB-9bjl: Crystal structure of Influenza D virus Nucleoprotein (Oklahoma)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9bjl

タイトル

Crystal structure of Influenza D virus Nucleoprotein (Oklahoma)

要素

Nucleoprotein

核タンパク質

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / SSGCID /

STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE /

INFLUENZA VIRUS (オルトミクソウイルス科) /

NUCLEOPROTEIN (核タンパク質) / Influenzavirus D Influenza D virus D/bovine

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / viral nucleocapsid /

ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity /

RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza D virus (インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	75N93022C00036	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Influenza D virus Nucleoprotein (Oklahoma)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P.

履歴

登録	2024年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9bjl.cif.gz	720 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9bjl.ent.gz	594.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9bjl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjl	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

D: Nucleoprotein

ヘテロ分子

254 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.461, 84.501, 88.728
Angle α, β, γ (deg.)	102.34, 97.37, 97.14
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Nucleoprotein / 核タンパク質分子量: 63408.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza D virus (インフルエンザウイルス) 遺伝子: NP / プラスミド: InvdC.18714.a.PQ11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W5RBB9
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 詳細: 2.4M Malonate, pH 4.0, InvdC.18714.a.PQ11.PS38729 at 40 mg/mL. plate Liu-S-115 C2, Puck: PSL-0806, Cryo: 3.4M Malonate, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年4月13日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→85.57 Å / Num. obs: 71662 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.4 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 169069
反射シェル	解像度: 2.43→2.49 Å / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Num. measured all: 13744 / Num. unique obs: 5626 / CC_1/2: 0.591 / R_pim(I) all: 0.489 / R_rim(I) all: 0.802 / Χ²: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21_5207: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.43→85.57 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	3510	4.9 %
R_work	0.2032	-	-
obs	0.2051	71645	91.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→85.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14412	0	1	43	14456

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	14653
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.761	19680
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.507	5551
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2173
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	2533

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.43-2.46	0.3397	145	0.3027	2922	X-RAY DIFFRACTION	97
2.46-2.5	0.325	133	0.2804	2860	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5-2.54	0.3154	149	0.271	2888	X-RAY DIFFRACTION	97
2.54-2.58	0.3463	167	0.2673	2915	X-RAY DIFFRACTION	98
2.58-2.62	0.323	141	0.262	2852	X-RAY DIFFRACTION	97
2.62-2.66	0.2981	140	0.2549	2513	X-RAY DIFFRACTION	89
2.68-2.71	0.276	107	0.2564	2016	X-RAY DIFFRACTION	95
2.71-2.76	0.3133	140	0.257	2899	X-RAY DIFFRACTION	97
2.76-2.82	0.2895	174	0.2571	2807	X-RAY DIFFRACTION	97
2.82-2.88	0.3174	144	0.2515	2876	X-RAY DIFFRACTION	97
2.88-2.95	0.3238	133	0.2443	2878	X-RAY DIFFRACTION	97
2.95-3.02	0.2777	149	0.2358	2884	X-RAY DIFFRACTION	97
3.02-3.1	0.3014	143	0.2408	2885	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1-3.19	0.2992	137	0.2276	2868	X-RAY DIFFRACTION	97
3.19-3.3	0.2724	146	0.2159	2871	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3-3.41	0.2701	129	0.2219	2761	X-RAY DIFFRACTION	93
3.42-3.55	0.2668	87	0.2166	1998	X-RAY DIFFRACTION	68
3.55-3.71	0.2372	118	0.1983	2190	X-RAY DIFFRACTION	73
3.71-3.91	0.1972	140	0.1721	2328	X-RAY DIFFRACTION	80
3.91-4.15	0.1756	143	0.161	2779	X-RAY DIFFRACTION	93
4.16-4.48	0.1974	163	0.1573	2770	X-RAY DIFFRACTION	94
4.48-4.93	0.1823	138	0.151	2836	X-RAY DIFFRACTION	95
4.93-5.64	0.2322	128	0.1819	2851	X-RAY DIFFRACTION	96
5.64-7.1	0.2391	157	0.2005	2834	X-RAY DIFFRACTION	96
7.1-85.57	0.1864	159	0.1794	2854	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1167	-0.53	-0.5274	0.3863	0.6109	0.7992	0.0625	0.0947	-0.0159	-0.1067	-0.0761	0.038	-0.345	0.039	-0.0018	0.3739	-0.0616	-0.0225	0.3657	0.0586	0.3042	0.8917	42.4328	-34.0429
2	0.6073	0.0087	-0.6635	-0.0261	0.0847	0.6713	0.0928	0.0258	0.0697	0.3597	0.0282	-0.065	-0.0884	0.2013	-0	0.4804	-0.0274	-0.0106	0.3563	0.0354	0.4044	-3.392	31.9037	-14.0701
3	0.2982	0.4493	-0.5384	0.1229	0.3643	0.9084	0.0519	0.1339	0.01	0.1142	-0.0551	-0.0379	-0.1291	-0.106	0	0.4836	0.0028	-0.0134	0.382	0.0676	0.3679	-8.4581	26.5507	-16.4271
4	0.4638	-0.1514	-0.223	0.9035	-0.3892	0.4533	-0.0013	0.0067	-0.1519	-0.1717	0.0782	-0.1674	0.0095	0.003	-0	0.2912	-0.0366	0.0288	0.3994	0.0073	0.3641	10.6805	25.2643	-32.4249
5	-0.3082	0.439	-0.0816	0.9697	-0.1614	0.3047	0.0019	-0.1036	-0.1651	0.0704	-0.1216	-0.1595	-0.0246	0.0744	-0.0003	0.3738	-0.0034	0.0017	0.48	0.028	0.4392	-1.1117	11.7013	-18.3433
6	0.3066	-0.0406	-0.0594	0.0549	-0.1163	0.2452	-0.3241	-0.2587	-0.3308	-0.3813	-0.0745	-0.0931	-0.0092	0.639	-0.078	0.4506	0.0059	-0.1274	0.6441	0.0748	0.568	16.6968	18.9567	-15.609
7	0.8187	0.2297	0.5353	0.6432	0.8027	0.8477	0.1373	0.1853	-0.3229	0.0254	-0.1135	0.1317	0.3733	0.0154	-0	0.6608	-0.1284	-0.1727	0.6239	-0.09	0.5501	-41.9377	-22.4754	-29.9063
8	0.7987	0.1131	0.9389	1.7875	0.4151	2.0824	0.1157	0.1031	-0.1509	-0.0968	-0.0081	0.1814	0.1761	-0.1321	0.0316	0.3294	-0.0081	-0.0014	0.4071	-0.0298	0.371	-31.3098	-8.7382	-11.8804
9	0.7609	0.8056	1.2384	-0.2681	-0.3117	1.4462	0.3307	0.5177	-0.6453	0.001	0.4237	-0.1927	0.6024	0.8108	1.4855	0.587	0.1762	-0.0831	0.5727	-0.2804	0.403	-19.7638	-21.3857	-24.1737
10	1.1305	0.8045	2.1655	-0.5897	-0.2301	0.8616	0.2239	0.3309	-0.3287	-0.035	-0.0128	0.0117	0.1713	0.5495	0.3827	0.4382	0.0939	-0.004	0.4377	-0.0415	0.4152	-10.8207	-11.5746	-3.6933
11	1.3072	-0.7629	-0.8007	0.5144	0.1968	0.6888	-0.1173	-0.2026	0.0896	0.0878	0.0049	0.1443	-0.0791	0.1448	0	0.4363	-0.0144	0.0189	0.4208	0.0431	0.4142	-2.6272	-42.0048	37.6608
12	1.2073	0.0466	-0.1428	1.1761	0.1409	0.2152	0.0681	-0.0222	0.0575	0.047	-0.0452	0.1079	-0.1014	0.2143	0	0.3628	0.0064	0.0178	0.355	-0.0125	0.3405	-11.1598	-19.6295	28.9618
13	0.2697	0.0969	0.3852	0.7567	-0.42	0.7464	-0.0278	-0.1164	0.1284	0.1966	0.0298	-0.0762	-0.1341	-0.1148	-0	0.4091	-0.0032	0.01	0.3284	0.0027	0.3459	-5.6433	-16.9823	26.717
14	0.5465	-0.1182	-0.0061	1.9772	-0.4555	0.8198	-0.0073	-0.0442	0.0092	-0.0787	-0.0698	-0.3052	0.0578	0.1854	-0	0.3416	0.0398	0.0262	0.2751	0.0022	0.3959	4.9293	-35.3	19.9301
15	0.5182	0.703	-0.3733	0.3829	-1.0572	0.2872	0.2969	0.1165	-0.219	-0.0586	-0.1708	0.021	-0.0396	-0.0285	0	0.3886	0.0183	-0.0071	0.3245	-0.0298	0.4447	3.3584	2.9422	16.9608
16	0.281	-0.5671	0.4923	0.3543	-0.2999	0.3265	0.1549	0.2625	-0.0479	-0.2574	-0.128	-0.3404	0.0257	0.098	-0	0.4581	0.0385	0.0857	0.4479	-0.0041	0.4783	7.5273	-20.7663	11.8954
17	0.7893	0.1656	-0.2098	1.0998	0.2902	0.376	0.0802	-0.2304	0.3396	-0.0055	-0.0179	-0.2727	0.0044	0.2394	0	0.407	-0.0353	0.0009	0.4676	-0.048	0.513	39.1086	26.1588	32.605
18	1.1923	-0.0633	-0.0331	0.0711	-0.2021	0.2882	0.1302	-0.109	0.118	-0.0521	-0.0348	-0.0443	-0.0602	0.0475	-0	0.3304	0.0161	0.051	0.3107	-0.0273	0.3427	16.2686	21.8714	23.3427
19	1.3256	0.2919	0.2119	0.8767	-0.1879	1.0216	0.0425	0.0034	-0.0503	0.0314	0.0806	-0.1744	0.1075	0.1954	0	0.3408	0.061	0.0445	0.3993	-0.0179	0.3867	35.9216	11.57	18.2003
20	0.2832	-0.0279	0.0265	0.1139	-0.1928	0.1316	-0.1727	-0.0696	-0.2334	0.1275	0.1924	-0.2955	-0.2104	0.5154	-0	0.4523	0.0388	-0.0346	0.5007	0.0923	0.4598	8.3588	16.5779	-9.2144
21	0.2185	0.3418	0.0409	0.3412	0.3077	0.7314	-0.0036	0.2314	-0.0077	-0.6722	-0.305	0.494	-0.3127	0.0166	-0.0226	0.4896	-0.011	0.0163	0.3913	0.0405	0.4109	-1.2636	15.8852	7.6428
22	0.8758	0.6283	-0.4078	0.2274	-0.2885	0.066	-0.0269	0.4541	-0.3953	-0.1617	0.07	0.0757	0.1407	-0.2076	-0.0063	0.4962	0.1186	-0.0158	0.4431	-0.0862	0.49	26.0087	7.3999	7.9281

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 143 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 144 through 194 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 195 through 288 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 289 through 358 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 359 through 489 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 490 through 514 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 8 through 115 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 116 through 288 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 289 through 420 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 421 through 509 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 8 through 123 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 124 through 233 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 234 through 288 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 289 through 401 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 402 through 464 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 465 through 511 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 8 through 115 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 116 through 288 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 289 through 401 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 402 through 430 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 431 through 469 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 470 through 511 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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