+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 9bjl | |||||||||
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Title | Crystal structure of Influenza D virus Nucleoprotein (Oklahoma) | |||||||||
Components | Nucleoprotein | |||||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / INFLUENZA VIRUS / NUCLEOPROTEIN / Influenzavirus D Influenza D virus D/bovine | |||||||||
Function / homology | Function and homology information helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Influenza D virus | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.43 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of Influenza D virus Nucleoprotein (Oklahoma) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 9bjl.cif.gz | 720 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb9bjl.ent.gz | 594.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 9bjl.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bj/9bjl | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 63408.461 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Influenza D virus / Gene: NP / Plasmid: InvdC.18714.a.PQ11 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: W5RBB9 #2: Chemical | ChemComp-CL / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4 Details: 2.4M Malonate, pH 4.0, InvdC.18714.a.PQ11.PS38729 at 40 mg/mL. plate Liu-S-115 C2, Puck: PSL-0806, Cryo: 3.4M Malonate, pH 7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9786 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Apr 13, 2024 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.43→85.57 Å / Num. obs: 71662 / % possible obs: 91.9 % / Redundancy: 2.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 169069 |
Reflection shell | Resolution: 2.43→2.49 Å / % possible obs: 97.1 % / Redundancy: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. measured all: 13744 / Num. unique obs: 5626 / CC1/2: 0.591 / Rpim(I) all: 0.489 / Rrim(I) all: 0.802 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.43→85.57 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 27.03 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.43→85.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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