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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9biv | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Ubc13 with a New Active Site Loop Conformation | ||||||
要素 |
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キーワード | LIGASE (リガーゼ) / E2 / Conjugating / Enzyme (酵素) / Ubiquitin (ユビキチン) / Ubc13 / Mms2 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 error-free postreplication DNA repair / : / : / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / DNA double-strand break processing / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / postreplication repair / positive regulation of double-strand break repair ...error-free postreplication DNA repair / : / : / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / DNA double-strand break processing / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / postreplication repair / positive regulation of double-strand break repair / ユビキチン結合酵素 / positive regulation of intracellular signal transduction / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / antiviral innate immune response / regulation of DNA repair / ubiquitin ligase complex / negative regulation of TORC1 signaling / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / positive regulation of DNA repair / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / ubiquitin binding / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / G2/M DNA damage checkpoint / ISG15 antiviral mechanism / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Formation of Incision Complex in GG-NER / Aggrephagy / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / Processing of DNA double-strand break ends / T cell receptor signaling pathway / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å | ||||||
データ登録者 | Farraj, R.A. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Ubc13 with a New Active Site Loop Conformation 著者: Farraj, R.A. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9biv.cif.gz | 186.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9biv.ent.gz | 150.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 9biv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/9biv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/9biv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16380.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2V2, MMS2, UEV2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15819 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 17157.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2N, BLU / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61088, ユビキチン結合酵素 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.01 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: Ubc13-Mms2 heterodimer was concentrated to 12 mg/mL and stored in 50 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl, 1mM TCEP. Complex was left to slowly equilibrate from 277K to 298 overnight |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 37365 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.94 / CC star: 0.984 / Net I/σ(I): 5.37 |
反射 シェル | 解像度: 1.68→1.71 Å / Num. unique obs: 1843 / CC1/2: 0.94 / Rrim(I) all: 0.286 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→42.684 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.68→42.684 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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