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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9bhs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-9939 compound | ||||||
要素 | DDB1- and CUL4-associated factor 1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / WD-repeat (WD40リピート) / WDR / DCAF1 / SGC / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J遺伝子再構成 / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / 核小体 / positive regulation of protein catabolic process ...histone H2AT120 kinase activity / cell competition in a multicellular organism / V(D)J遺伝子再構成 / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / post-translational protein modification / B cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / 核小体 / positive regulation of protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein ubiquitination / リン酸化 / protein serine kinase activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.43 Å | ||||||
データ登録者 | kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Al-Awar, R. / Wilson, B. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of the WDR domain of human DCAF1 in complex with OICR-9939 compound 著者: kimani, S. / Dong, A. / Li, Y. / Seitova, A. / Al-Awar, R. / Wilson, B. / Ackloo, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 9bhs.cif.gz | 282.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb9bhs.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 9bhs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bhs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bh/9bhs | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35592.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCAF1, KIAA0800, RIP, VPRBP 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9Y4B6, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | 分子量: 518.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H19Cl2F2N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 30% PEG2000 Monoethyl Ether, 0.2 M Potassium Bromide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月6日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.43→50 Å / Num. obs: 108966 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 0.734 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 721964 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.43→42.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 2.064 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.058 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.638 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.43→42.5 Å
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拘束条件 |
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