[日本語] English
万見
- PDB-8z6g: the AlgU-MucAcyto complex structure in Pseudomonas aeruginosa -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8z6g
タイトルthe AlgU-MucAcyto complex structure in Pseudomonas aeruginosa
要素
  • Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / AlgU / MucA
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist activity / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain / RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. ...Anti sigma-E protein RseA, N-terminal / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain superfamily / Anti sigma-E protein RseA, N-terminal domain / Anti sigma-E protein RseA, C-terminal domain / RNA polymerase sigma-70 RpoE type / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein / RNA polymerase sigma factor
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.10109691906 Å
データ登録者Li, T. / Wang, Y.Z. / Bao, R.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32360046 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: the AlgU-MucAcyto complex structure in Pseudomonas aeruginosa
著者: Li, T. / Wang, Y.Z. / Bao, R.
履歴
登録2024年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein
B: RNA polymerase sigma factor
C: Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein
D: RNA polymerase sigma factor
E: Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein
F: RNA polymerase sigma factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,2716
ポリマ－99,2716
非ポリマー00
水3,099172
1
A: Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein
B: RNA polymerase sigma factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0902
ポリマ－33,0902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11970 Å2
手法PISA
2
C: Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein
D: RNA polymerase sigma factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0902
ポリマ－33,0902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
3
E: Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein
F: RNA polymerase sigma factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0902
ポリマ－33,0902
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.525, 126.525, 42.841
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
Space group name HallP32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3

-
要素

#1: タンパク質 Anti sigma-E RseA, N-terminal domain protein / MucAcyto / Sigma factor AlgU negative regulatory protein


分子量: 9945.164 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Anti-Sigma Factor MucA / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: CSB93_6114, DY940_22820
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2R3IWP1
#2: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 23145.270 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: extracellular function sigma transcription factor AlgU
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: algU, rpoE, rpoE_2, ALP65_02762, CAZ10_12515, CSB93_6115, DT376_02630, DY940_22815, GNQ48_23050, GUL26_31990, IPC1295_12635, IPC737_23130, PA52Ts2_1752, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_02252
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A5JL21
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.33 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 10% 2-Propanol,0.1M BICINE, ph8.5 NaOH,30% PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.9776 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 86935 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 31.88 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.184.40.60443300.3180.6950.3070.6820.99997.1
2.18-2.265.50.57244980.6040.8680.2580.630.94899.4
2.26-2.376.30.51344220.7720.9330.2140.5581.00599.9
2.37-2.496.30.43144510.8720.9650.1790.4681.04299.6
2.49-2.657.20.37744680.9310.9820.1440.4041.04699.7
2.65-2.857.60.28744570.9740.9930.1060.3071.10999.6
2.85-3.147.60.2144280.9860.9970.0780.2251.11199.9
3.14-3.597.90.13644850.9940.9990.0490.1451.08799.9
3.59-4.528.60.08244670.99810.0280.0861.058100
2.101-2.13898.40.05544680.99910.0180.0581.06799.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.10109691906→36.5246214046 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97789050728 / 位相誤差: 47.4928584745
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245340191267 4014 4.61724276758 %
Rwork0.220575363238 82921 -
obs0.242877936787 86935 97.2318532603 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.8692234347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.10109691906→36.5246214046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5771 0 0 172 5943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007018648038885852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9878794249567899
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482448409721894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005944634643641042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.08661903692242
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1027-2.13890.3895491315671750.3539971056013720X-RAY DIFFRACTION81.9383259912
2.1389-2.17780.3619457920291750.3380219826213953X-RAY DIFFRACTION89.5559583145
2.1778-2.21970.3335698612122020.3016624059984157X-RAY DIFFRACTION91.9690265487
2.2197-2.2650.324722171541900.3059857233414105X-RAY DIFFRACTION91.7933810376
2.265-2.31420.3463588363581930.2898735479994112X-RAY DIFFRACTION93.497044111
2.3142-2.3680.349398396182070.2777156423914190X-RAY DIFFRACTION93.1939501779
2.368-2.42720.3161021788812030.272322166824167X-RAY DIFFRACTION93.1797853309
2.4272-2.49280.2924077681742160.2704385486984093X-RAY DIFFRACTION92.3927765237
2.4928-2.56610.2656062125961900.259241718164123X-RAY DIFFRACTION93.5344827586
2.5661-2.64880.2871573633141880.2516502362724231X-RAY DIFFRACTION94.2736185383
2.6488-2.74340.2737565165521980.2420314260834128X-RAY DIFFRACTION93.9035486806
2.7434-2.85320.2339379928061980.2463440303274252X-RAY DIFFRACTION93.7389770723
2.8532-2.98290.2475981486972000.2333986299544185X-RAY DIFFRACTION94.5976491863
2.9829-3.13990.3108252662821960.2336926430144189X-RAY DIFFRACTION94.3893645786
3.1399-3.33630.2079800802182080.2294510752564241X-RAY DIFFRACTION93.4964726631
3.3363-3.59340.2383713060012040.2249062425624177X-RAY DIFFRACTION94.5022624434
3.5934-3.95410.2966651197641960.2061095399264197X-RAY DIFFRACTION94.9118046133
3.9541-4.5240.2020694625392110.1996468924374239X-RAY DIFFRACTION94.7474295932
4.524-5.69140.2251486365651910.1973804200494216X-RAY DIFFRACTION94.8694869487
5.6914-27.39580.2542080331031980.2278666816474196X-RAY DIFFRACTION93.6189201249

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る