+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8z6g | ||||||
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Title | the AlgU-MucAcyto complex structure in Pseudomonas aeruginosa | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSCRIPTION / Pseudomonas aeruginosa / AlgU / MucA | ||||||
Function / homology | Function and homology information sigma factor antagonist activity / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / DNA binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.10109691906 Å | ||||||
Authors | Li, T. / Wang, Y.Z. / Bao, R. | ||||||
Funding support | China, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: the AlgU-MucAcyto complex structure in Pseudomonas aeruginosa Authors: Li, T. / Wang, Y.Z. / Bao, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8z6g.cif.gz | 169.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8z6g.ent.gz | 123.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8z6g.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/8z6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z6/8z6g | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 9945.164 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Anti-Sigma Factor MucA / Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) / Gene: CSB93_6114, DY940_22820 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A2R3IWP1 #2: Protein | Mass: 23145.270 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: extracellular function sigma transcription factor AlgU Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: algU, rpoE, rpoE_2, ALP65_02762, CAZ10_12515, CSB93_6115, DT376_02630, DY940_22815, GNQ48_23050, GUL26_31990, IPC1295_12635, IPC737_23130, PA52Ts2_1752, PAERUG_P19_London_7_VIM_2_05_10_02252 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A5JL21 #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.99 Å3/Da / Density % sol: 38.33 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 10% 2-Propanol,0.1M BICINE, ph8.5 NaOH,30% PEG1500 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NFPSS / Beamline: BL18U / Wavelength: 0.9776 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 14, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9776 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→40 Å / Num. obs: 86935 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 7 % / Biso Wilson estimate: 31.88 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.146 / Χ2: 1.055 / Net I/σ(I): 4.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.10109691906→36.5246214046 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97789050728 / Phase error: 47.4928584745 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.8692234347 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.10109691906→36.5246214046 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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