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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wfi | ||||||
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タイトル | human glycine transporter 1 in complex with glycine in occluded conformation | ||||||
要素 | Isoform GlyT-1B of Sodium- and chloride-dependent glycine transporter 1 | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GlyT1 / glycine (グリシン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / glycine import across plasma membrane / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine transport / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / synaptic transmission, glycinergic ...glycine:sodium symporter activity / regulation of synaptic transmission, glycinergic / glycine transmembrane transporter activity / glycine import across plasma membrane / negative regulation of NMDA glutamate receptor activity / positive regulation of heme biosynthetic process / glycine transport / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / dense core granule / synaptic transmission, glycinergic / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / 神経伝達物質輸送体 / parallel fiber to Purkinje cell synapse / transport across blood-brain barrier / sodium ion transmembrane transport / lateral plasma membrane / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / basal plasma membrane / synaptic vesicle membrane / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / basolateral plasma membrane / postsynaptic density / エンドソーム / apical plasma membrane / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å | ||||||
データ登録者 | Wei, Y. / Zhao, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2024 タイトル: Transport mechanism and pharmacology of the human GlyT1. 著者: Yiqing Wei / Renjie Li / Yufei Meng / Tuo Hu / Jun Zhao / Yiwei Gao / Qinru Bai / Na Li / Yan Zhao / 要旨: The glycine transporter 1 (GlyT1) plays a crucial role in the regulation of both inhibitory and excitatory neurotransmission by removing glycine from the synaptic cleft. Given its close association ...The glycine transporter 1 (GlyT1) plays a crucial role in the regulation of both inhibitory and excitatory neurotransmission by removing glycine from the synaptic cleft. Given its close association with glutamate/glycine co-activated NMDA receptors (NMDARs), GlyT1 has emerged as a central target for the treatment of schizophrenia, which is often linked to hypofunctional NMDARs. Here, we report the cryo-EM structures of GlyT1 bound with substrate glycine and drugs ALX-5407, SSR504734, and PF-03463275. These structures, captured at three fundamental states of the transport cycle-outward-facing, occluded, and inward-facing-enable us to illustrate a comprehensive blueprint of the conformational change associated with glycine reuptake. Additionally, we identified three specific pockets accommodating drugs, providing clear insights into the structural basis of their inhibitory mechanism and selectivity. Collectively, these structures offer significant insights into the transport mechanism and recognition of substrate and anti-schizophrenia drugs, thus providing a platform to design small molecules to treat schizophrenia. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wfi.cif.gz | 108.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wfi.ent.gz | 80.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wfi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/8wfi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63769.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A9 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48067 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-GLY / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: human glycine transporter 1 (GlyT1) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 129157 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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