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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8w9n | ||||||
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タイトル | Structure of AtHKT1;1 in NaCl at 2.7 Angstroms resolution | ||||||
要素 | Sodium transporter HKT1 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / HKT / salt tolerance (耐塩性) / ion selectivity | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 potassium ion transmembrane transporter activity / response to osmotic stress / sodium ion transport / response to salt stress / potassium ion transport / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J.Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of AtHKT1;1 in NaCl at 2.7 Angstroms resolution 著者: Wang, J.Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8w9n.cif.gz | 177 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8w9n.ent.gz | 138.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8w9n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w9/8w9n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 37376MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57504.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: HKT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q84TI7 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of AtHKT1;1 in NaCl at 2.7 Angstroms resolution タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87784 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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