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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vq4 | |||||||||
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タイトル | CDK2-CyclinE1 in complex with allosteric inhibitor I-125A. | |||||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE/TRANSFERASE/INHIBITOR / kinase (キナーゼ) / CELL CYCLE-TRANSFERASE-INHIBITOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / homologous chromosome pairing at meiosis / RHOBTB3 ATPase cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / G1/S-Specific Transcription / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / homologous chromosome pairing at meiosis / RHOBTB3 ATPase cycle / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / G1/S-Specific Transcription / cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / G2期 / cyclin-dependent protein kinase activity / Y染色体 / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X染色体 / PTK6 Regulates Cell Cycle / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / centrosome duplication / Telomere Extension By Telomerase / G0 and Early G1 / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication initiation / cellular response to nitric oxide / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / サイクリン依存性キナーゼ / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / カハール体 / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / condensed chromosome / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / regulation of mitotic cell cycle / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / telomere maintenance / cyclin binding / post-translational protein modification / : / meiotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / male germ cell nucleus / potassium ion transport / G1/S transition of mitotic cell cycle / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / 遺伝的組換え / Wntシグナル経路 / Orc1 removal from chromatin / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cyclin D associated events in G1 / regulation of protein localization / G2/M transition of mitotic cell cycle / 細胞老化 / Regulation of TP53 Degradation / 核膜 / kinase activity / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Processing of DNA double-strand break ends / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / 遺伝子発現の調節 / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Ras protein signal transduction / DNA複製 / transcription regulator complex / chromosome, telomeric region / エンドソーム / クロマチンリモデリング / protein domain specific binding / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / DNA修復 / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / シグナル伝達 / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Hirschi, M. / Johnson, E. / Zhang, Y. / Liu, Z. / Brodsky, O. / Won, S.J. / Nagata, A. / Petroski, M.D. / Majmudar, J.D. / Niessen, S. ...Hirschi, M. / Johnson, E. / Zhang, Y. / Liu, Z. / Brodsky, O. / Won, S.J. / Nagata, A. / Petroski, M.D. / Majmudar, J.D. / Niessen, S. / VanArsdale, T. / Gilbert, A.M. / Hayward, M.M. / Stewart, A.E. / Nager, A.R. / Melillo, B. / Cravatt, B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Expanding the ligandable proteome by paralog hopping with covalent probes. 著者: Zhang, Y. / Liu, Z. / Hirschi, M. / Brodsky, O. / Johnson, E. / Won, S.J. / Nagata, A. / Petroski, M.D. / Majmudar, J.D. / Niessen, S. / VanArsdale, T. / Gilbert, A.M. / Hayward, M.M. / ...著者: Zhang, Y. / Liu, Z. / Hirschi, M. / Brodsky, O. / Johnson, E. / Won, S.J. / Nagata, A. / Petroski, M.D. / Majmudar, J.D. / Niessen, S. / VanArsdale, T. / Gilbert, A.M. / Hayward, M.M. / Stewart, A.E. / Nager, A.R. / Melillo, B. / Cravatt, B. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vq4.cif.gz | 264.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vq4.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8vq4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vq/8vq4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8vq3C 7kjsS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34056.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2, CDKN2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24941, サイクリン依存性キナーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 33053.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNE1, CCNE 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P24864 |
#3: 化合物 | ChemComp-A1AC5 / ( |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.94 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.21 M sodium citrate tribasic dihydrate, 19.5% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.842→84.271 Å / Num. obs: 63226 / % possible obs: 79.5 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 43.15 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.896→2.055 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 4.64 / Num. unique obs: 329 / CC1/2: 0.653 / % possible all: 18.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 7KJS 解像度: 1.9→45.23 Å / SU ML: 0.218 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.6956 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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